Job Description P77304 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 12:27:31 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 406 % Identity 12% Template c3o7pA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-fucose-proton symporter; PDBTitle: crystal structure of the e.coli fucose:proton symporter, fucp (n162a) Resolution 3.20 Å

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		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	I	F	S	I	E	L	W	E	R	F	G	Y	Y	G	L	Q	G	I	M	A	V	Y	L	V	K	Q	L	G	M	S	E	A	D	S	I	T	L	F	S	S	F	S	A	L	V	Y	G	L	V	A	I	G	G	W	L	G	D	K	V	L	G	T	K	R	V	I	M	L	G	A	I	V	L	A	I	G	Y	A
Query Conservation
Alig confidence																																																															.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		Y	I	I	P	F	A	L	L	C	S	L	F	F	L	W	A	V	A	N	N	L	N	D	I	L	L	P	Q	F	Q	Q	A	F	F	Q	A	G	L	I	Q	S	A	F	Y	F	G	Y	F	I	I	P	I	P	A	G	I	L	M	K	K	L	.	S	Y	K	A	G	I	I	T	G	L	F	L	Y	A	L	G	A	A
Template Known Secondary structure		T	T																													T	T			T	T													T	T											S	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
		104	.	.	.	.	.			110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure								.	.
Query SS confidence								.	.
Query Sequence		L	V	A	W	S	G	.	.	H	D	A	G	I	V	Y	M	G	M	A	A	I	A	V	G	N	G	L	F	K	A	N	P	S	S	L	L	S	T	C	Y	E	K	N	D	P	R	L	D	G	A	F	T	M	Y	Y	M	S	V	N	I	G	S	F	F	S	M	I	A	T	P	W	L	A	A	K	Y	G	W	S	V
Query Conservation								.	.
Alig confidence								.	.																																						.	.
Template Conservation																																															.	.
Template Sequence		L	F	W	P	A	A	E	I	M	N	Y	T	L	F	L	V	G	L	F	I	I	A	A	G	L	G	C	L	E	T	A	A	N	P	F	V	T	V	L	G	P	E	S	S	G	.	.	H	F	R	L	N	L	A	Q	T	F	A	S	F	G	A	I	I	A	V	V	F	G	Q	S	L	I	L	S	N	V	P	H	Q
Template Known Secondary structure		T							T	T																														S	S		G	G	G		.	.																									T	T	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.
Template SS confidence
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.			.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
		182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	A	L	S	V	V	G	L	L	I	T	I	V	N	F	A	F	C	Q	R	W	V	K	Q	Y	G	S	K	P	D	F	E	P	I	N	Y	R	N	L	L	L	T	I	I	G	V	V	A	L	I	A	I	A	T	W	L	L	H	N	Q	E	V	A	R	M	A	L	G	V	V	A	F	G	I	V	V	I	F	G
Query Conservation
Alig confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Q	D	V	L	D	K	M	S	P	E	Q	L	S	A	Y	K	H	S	L	V	L	S	V	Q	T	P	Y	M	I	I	V	A	I	V	L	L	V	A	L	L	I	M	L	T	K	F	P	A	L	Q	S	D	N	H	S	D	A	K	Q	G	S	F	S	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S																	T	T																			S						T	T	T					S	S	T	T	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	A	F	A	M	K	G	A	A	R	R	K	M	I	V	A	F	I	L	M	L	E	A	I	I	F	F	V	L	Y	S	Q	M	P	T	S	L	N	F	F	A	I	R	N	V	E	H	S	I	L	G	L	A	V	E	P	E	Q	Y	Q	A	L	N	P	F	W	I	I	I	G	S	P	I	L	A	A	I	Y	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	R	L	A	R	I	R	H	W	R	W	A	V	L	A	Q	F	C	Y	V	G	A	Q	T	A	C	W	S	Y	L	I	R	Y	A	V	E	E	I	P	G	M	T	A	G	F	A	A	N	Y	L	T	G	T	M	V	C	F	F	I	G	R	F	T	G	T	W	L	I	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	M	G	D	T	L	P	M	P	T	K	F	A	I	G	M	V	M	C	S	G	A	F	L	I	L	P	L	G	A	K	F	A	S	D	A	G	I	V	S	V	S	W	L	V	A	S	Y	G	L	Q	S	I	G	E	L	M	I	S	G	L	G	L	A	M	V	A	Q	L	V	P	Q	R	L	M	G	F	I	M	G
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Template Sequence		R	F	A	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	L	A	A	Y	A	L	I	A	M	A	L	C	L	I	S	A	F	A	G	G	H	V	G	L	I	A	L	T	L	C	S	A	F	M	S	I	Q	Y	P	T	I	F	S	L	G	I	K	N	L	G	Q	D	T	K	Y	G	.	.	S
Template Known Secondary structure			S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				S																	T	T											S	S		G	G	G					.	.
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Template SS confidence
		321	.	.	.	.															.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.			.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	W	F	L	T	T	A	G	A	N	L	I	G	G	Y	V	A	G	M	M	A	V	P	D	N	V	T	D	P	L	M	S	L	E	V	Y	G	R	V	F	L	Q	I	G	V	A	T	A	V	I	A	V	L	M	L	L	T	A	P	K	L
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	F	I	V	M	T	I	I	G	G	G	I	V	T	P	V	M	G	F	V	S	D	A	A	G	N	I	P	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	I	P	A	L	C	F	A	V	I	F	I	F	A	R	F	R	S	Q	T
Template Known Secondary structure							G	G	G																	T	S	S	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G															T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.											.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.