Job Description P77304 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 12:27:31 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 369 % Identity 12% Template c2gfpA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:multidrug resistance protein d; PDBTitle: structure of the multidrug transporter emrd from2 escherichia coli Resolution 3.50 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	Y	L	I	F	S	I	E	L	W	E	R	F	G	Y	Y	G	L	Q	G	I	M	A	V	Y	L	V	K	Q	L	G	M	S	E	A	D	S	I	T	L	F	S	S	F	S	A	L	V	Y	G	L	V	A	I	G	G	W	L	G	D	K	V	L	G	T	K	R	V	I	M	L	G	A	I	V	L	A	I	G	Y
Query Conservation
Alig confidence																										.																																						.
Template Conservation																										.																																						.
Template Sequence		L	L	M	L	V	L	L	V	A	V	G	Q	M	A	Q	T	I	Y	I	P	A	I	A	D	.	M	A	R	D	L	N	V	R	E	G	A	V	Q	S	V	M	G	A	Y	L	L	T	Y	G	V	S	Q	L	F	Y	G	P	I	S	D	R	V	.	G	R	R	P	V	I	L	V	G	M	S	I	F	M	L	A	T
Template Known Secondary structure																										.			T	T	S	S	S	T	T																			T	T						T	T	S	.
Template Predicted Secondary structure																										.																																						.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	V	A	W	S	G	H	D	A	G	I	V	Y	M	G	M	A	A	I	A	V	G	N	G	L	F	K	A	N	P	S	S	L	L	S	T	C	Y	E	K	N	D	P	R	L	D	G	A	F	T	M	Y	Y	M	S	V	N	I	G	S	F	F	S	M	I	A	T	P	W	L	A	A	K	Y	G	W	S	V	A
Query Conservation
Alig confidence														.																																.	.
Template Conservation														.																																.	.
Template Sequence		L	V	A	V	T	T	S	S	L	T	V	L	.	I	A	A	S	A	M	Q	G	M	G	T	G	V	G	G	V	M	A	R	T	L	P	R	D	L	Y	E	R	T	Q	L	.	.	R	H	A	N	S	L	L	N	M	G	I	L	V	S	P	L	L	A	P	L	I	G	G	L	L	D	T	M	W	N	W	R	A	C
Template Known Secondary structure														.																												T	S	S		.	.		S																							S	S
Template Predicted Secondary structure														.																																.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130			.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	A	L	S	V	V	G	L	L	I	T	I	V	N	F	A	F	C	Q	R	W	V	K	Q	Y	G	S	K	P	D	F	E	P	I	N	Y	R	N	L	L	L	T	I	I	G	V	V	A	L	I	A	I	A	T	W	L	L	H	N	Q	E	V	A	R	M	A	L	G	V	V	A	F	G	I	V	V	I	F	G	K
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	F	L	L	V	L	C	A	G	V	T	F	S	M	A	R	W	M	P	E	T	R	P	V	D	A	P	R	T	R	L	L	T	S	Y	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			S	S				S	T	T	T						T	T	T		S	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	F	A	M	K	G	A	A	R	R	K	M	I	V	A	F	I	L	M	L	E	A	I	I	F	F	V	L	Y	S	Q	M	P	T	S	L	N	F	F	A	I	R	N	V	E	H	S	I	L	G	L	A	V	E	P	E	Q	Y	Q	A	L	N	P	F	W	I	I	I	G	S	P	I	L	A	A	I	Y	N	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	G	N	S	G	F	N	C	Y	L	L	M	L	I	G	G	L	A	G	I	A	A	F	E	A	C	S	G	V	L	M	G	A	V	L	G	L	S	S	M	T	V	S	I	L	F	I	L	P	I	P	A	A	F	F	G	A	W	F	A	G	R	P	N	K	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													S		S	S																	T														T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	G	D	T	L	P	M	P	T	K	F	A	I	G	M	V	M	C	S	G	A	F	L	I	L	P	L	G	A	K	F	A	S	D	A	G	I	V	S	V	S	W	L	V	A	S	Y	G	L	Q	S	I	G	E	L	M	I	S	G	L	G	L	A	M	V	A	Q	L	V	P	Q	R	L	M	G	F	I	M	G	S
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template Sequence		F	S	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	W	Q	S	V	I	C	C	L	L	A	G	L	L	M	W	I	P	D	W	F	G	V	M	N	V	W	T	L	L	V	P	A	A	L	F	F	F	G	A	G	M	L	F	P	L	A	T	S	G	A	M	E	P	F	P	.	F	L	A	G	T	A	G	A	L
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	S	S	S	S	S																											T	S	S	T	T						T				.
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template SS confidence
		270	.	.	.											.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	F	L	T	T	A	G	A	N	L	I	G	G	Y	V	A	G	M	M	A	V	P	D	N	V	T	D	P	L	M	S	L	E	V	Y	G	R	V	F	L	Q	I	G	V	A	T	A	V	I	A	V
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	G	L	Q	N	I	G	S	G	V	L	A	S	L	S	A	M	L	P	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	Q	G	S	L	G	L	L	M	T	L	M	G	L	L	I	V	L
Template Known Secondary structure														S	T	T		T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.												360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.