Job Description P00956 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:19 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 341 % Identity 20% Template c3tqoA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:cysteinyl-trna synthetase; PDBTitle: structure of the cysteinyl-trna synthetase (cyss) from coxiella2 burnetii. Resolution 2.30 Å

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		43	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	K	K	G	K	K	T	F	I	L	H	D	G	P	P	Y	A	N	G	S	I	H	I	G	H	S	V	N	K	I	L	K	D	I	I	V	K	S	K	G	L	S	G	Y	D	S	P	Y	V	P	G	W	D	C	H	G	L	P	I	E	L	K	V	E	Q	E	Y	G	K	P	G	E	K	F	T	A	A	E	F
Query Conservation
Alig confidence																		.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	P	I	E	S	G	K	V	K	L	Y	V	C	G	X	T	.	V	Y	D	Y	X	H	I	G	H	G	R	S	W	I	I	F	D	X	V	V	R	Y	L	R	X	R	G	Y	E	V	T	F	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	G	E	N	K	E	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S	S	T	T										B	.	T	T	S			B																				T	T									B	B													T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.		.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	K	C	R	E	Y	A	A	T	Q	V	D	G	Q	R	K	D	F	I	R	L	G	V	L	G	D	W	S	H	P	Y	L	T	M	D	F	K	T	E	A	N	I	I	R	A	L	G	K	I	I	G	N	G	H	L	H	K	G	A	K	P	V	H	W	C	V	D	C	R	S	A	L	A	E	A	E	V	E	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																								.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																								.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	A	A	L	A	E	R	F	I	Q	I	L	H	E	D	E	K	A	L	R	V	L	S	P	.	.	.	D	Q	E	P	R	A	T	Q	Y	V	P	E	I	I	K	L	I	Q	K	L	L	D	N	Q	Y	A	Y	T	G	Q	N	G	D	V	F	F	D	V	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.																			T					.	.	.	S	B			B	G	G	G																T	S					T	T	S						T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																								.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.				110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	D	K	T	S	P	S	I	D	V	A	F	Q	A	V	D	Q	D	A	L	K	A	K	F	A	V	S	N	V	N	G	P	I	S	L	V	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	A	N	R	A	I	S	I	A	P	D	F	D	Y	A	L	V	Q	I	D	G	Q	A	V	I	L	A	K	D	L	V	E	S	V	M
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	R	I	G	V	T	D	Y	T	I	L	G	T	V	K	G	A	E	L	E	L	L	R	F	T	H	P	F	M	G	F	D	V	P	A	I	L	G	D	H	V	T	L	D	A	G	T	G	A	V	H	T	A	P	G	H	G	P	D	D	Y	V	I	G	Q	K	Y	G	L	E	T	A	N	P	V	G	P	D	G	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	P	G	T	Y	P	T	L	D	G	V	N	V	F	K	A	N	D	I	V	V	A	L	L	Q	E	K	G	A	L	L	H	V	E	K	M	Q	H	S	Y	P	C	C	W	R	H	K	T	P	I	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	V	S	M	D	Q	K	G	L	R	A	Q	S	L	K	E	I	K	G	V	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	D	Y	G	K	L	S	H	R	H	L	D	S	K	R	D	P	L	D	F	V	L	W	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	T	T	T	T		S					S	S	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																									150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	I	P	D	W	G	Q	A	R	I	E	S	M	V	A	N	R	P	D	W	C	I	S	R	Q	R	T	W	G	V	P	M	S	L	F	V	H	K	D	T	E	E	L	H	P	R	T	L	E	L	M	E	E	V	A	K	R	V	E	V	D	G	I	Q	A	W	W	D	L	D	A	K	E	I	L	G	D	E	A	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	P	G	E	P	K	W	D	S	P	W	G	E	G	R	P	G	W	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S			B			T	T		S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	Y	V	K	V	P	D	T	L	D	V	W	F	D	S	G	S	T	H	S	S	V	V	D	V	R	P	E	F	A	G	H	A	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	H	R	G	W	F	M	S	S	L	M	I	S	T	A	M	K	G	K	A	P	Y	R	Q	V	L	T	H	G	F	T	V	D	G	Q	G	R	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	C	S	A	X	S	S	S	I	L	G	Q	P	F	D	I	H	G	G	G	L	D	L	K	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	E	A	G	E	E	K	P	F	V	K	L	W	X	H	A	G	L	L	E	.	I	N	K	E	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	S								G	G	G	T	T	T														S	S														.		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Template SS confidence
																					208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.		.	.	.	.	.
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660											.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	S	K	S	I	G	N	T	V	S	P	Q	D	V	M	N	K	L	G	A	D	I	L	R	L	W	V	A	S	T	D	Y	T	G	E	M	A	V	S	D	E	I	L	K	R	A	A	D	S	Y	R	R	I	R	N	T	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	L	L	A	N	L	N	G	F	D	P	A
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		X	S	K	S	L	G	N	I	I	S	I	R	E	A	L	K	E	S	D	V	E	V	L	R	Y	F	L	L	S	G	H	Y	R	N	P	L	S	Y	S	K	E	N	L	E	N	G	R	L	A	L	E	R	F	Y	L	A	L	R	G	L	P	V	S	S	Y	T	D	R	F	Y	E	A	X	D	D	D	F	N	T	.
Template Known Secondary structure				T	T	T	T				B								S												S		T	T	S																								T	T															T	B	T				.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	D	M	V	K	P	E	E	M	V	V	L	D	R	W	A	V	G	C	A	K	A	A	Q	E	D	I	L	K	A	Y	E	A	Y	D	F	H	E	V	V	Q	R	L	M	R	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	A	F	A	L	L	F	E	X	V	R	E	I	N	R	F	R	D	N	N	Q	I	E	K	A	A	V	L	A	A	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.