Job Description P00956 Confidence 99.42% Date Thu Jan 5 10:57:19 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 280 % Identity 20% Template c2o5rA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:glutamyl-trna synthetase 1; PDBTitle: crystal structure of glutamyl-trna synthetase 1 (ec 6.1.1.17)2 (glutamate-trna ligase 1) (glurs 1) (tm1351) from thermotoga maritima3 at 2.5 a resolution Resolution 2.34 Å

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		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	Y	A	N	G	S	I	H	I	G	H	S	V	N	K	I	L	K	D	I	I	V	K	S	K	G	L	S	G	Y	D	S	P	Y	V	P	G	W	D	C	H	G	L	P	I	E	L	K	V	E	Q	E	Y	G	K	P	G	E	K	F	T	A	A	E	F	R	A	K	C	R	E	Y	A	A	T	Q	V	D	G
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	S	P	T	G	F	L	H	V	G	G	A	R	T	A	L	F	N	F	L	F	A	R	.	.	.	.	.	K	E	K	G	K	F	I	L	R	I	E	D	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	E	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	E	Y	E	E	K
Template Known Secondary structure							S			B																.	.	.	.	.			T							B			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure															.											.	.	.	.
Query SS confidence															.											.	.	.	.
Query Sequence		Q	R	K	D	F	I	R	L	G	V	L	G	D	.	W	S	H	P	Y	L	T	M	D	F	.	.	.	.	K	T	E	A	N	I	I	R	A	L	G	K	I	I	G	N	G	H	L	H	K	G	A	K	P	V	H	W	C	V	D	C	R	S	A	L	A	E	A	E	V	E	Y	Y	D	K	T	S	P	S	I	D
Query Conservation															.											.	.	.	.
Alig confidence															.											.	.	.	.																							.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	X	E	S	L	R	W	L	G	L	L	W	D	E	G	P	D	V	G	G	D	H	G	P	Y	R	Q	S	E	R	V	E	I	Y	R	E	H	A	E	R	L	V	K	E	G	K	A	Y	Y	V	.	.	.	.	.	Y	A	Y	P	E	E	I	E	E	X	R	E	K	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T				S	B	B	T	T	T	B		T	T				B	G	G	G	G														T	T	S					.	.	.	.	.				S	T	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.						.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	F	Q	A	V	D	Q	D	A	L	K	A	K	F	A	V	S	N	V	N	G	P	I	S	L	V	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	A	N	R	A	I	S	I	A	P	D	F	D	Y	A	L	V	Q	I	D	G	Q	A	V	I	L	A	K	D	L	V	E	S	V	M	Q	R	I	G	V	T	D	Y	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	G	T	V	K	G	A	E	L	E	L	L	R	F	T	H	P	F	M	G	F	D	V	P	A	I	L	G	D	H	V	T	L	D	A	G	T	G	A	V	H	T	A	P	G	H	G	P	D	D	Y	V	I	G	Q	K	Y	G	L	E	T	A	N	P	V	G	P	D	G	T	Y	L	P	G	T	Y	P	T	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	G	K	A	P	H	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T					B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																										121	.	.	.	.	.	.	.
		372	.	.			.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.				.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.																																							.	.	.
Query SS confidence					.	.																																							.	.	.
Query Sequence		D	G	V	.	.	N	V	F	K	A	N	D	I	V	V	A	L	L	Q	E	K	G	A	L	L	H	V	E	K	M	Q	H	S	Y	P	C	C	W	R	H	K	T	P	.	.	.	I	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	V	S	M	D	Q	K	G	L	R	A	Q	S	L	K	E	I	K	G	V	Q	W	I	P	D
Query Conservation					.	.																																							.	.	.
Alig confidence					.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	Q	E	X	F	E	K	F	D	T	P	E	R	R	R	E	Y	E	E	K	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	A	V	F	F	K	X	P	R	K	D	Y	V	L	N	D	V	V	K	G	E	V	V	F	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	T	T	T												T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S							T	T	T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150													.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	G	Q	A	R	I	E	S	M	V	A	N	R	P	D	W	C	I	S	R	Q	R	T	W	G	V	P	M	S	L	F	V	H	K	D	T	E	E	L	H	P	R	T	L	E	L	M	E	E	V	A	K	R	V	E	V	D	G	I	Q	A	W	W	D	L	D	A	K	E	I	L	G	D	E	A	D	Q	Y	V	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	I	G	D	F	V	I	X	R	S	N	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	Y	N	F	A	C	V	V	D	D	X	L	X	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S		B						T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B													T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	D	T	L	D	V	W	F	D	S	G	S	T	H	S	S	V	V	D	V	R	P	E	F	A	G	H	A	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	H	R	G	W	F	M	S	S	L	M	I	S	T	A	M	K	G	K	A	P	Y	R	Q	V	L	T	H	G	F	T	V	D	G	Q	G	R	K	M	S	K	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																		.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																		.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	H	V	I	R	G	D	D	H	L	S	.	N	T	L	R	Q	L	A	L	Y	E	A	F	E	K	A	P	P	.	.	V	F	A	H	V	S	T	I	L	G	P	D	G	K	K	L	S	K	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						G	G	G			.												T	T					.	.											T	T	S	S	B			G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																		.	.
Template SS confidence
																															207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.		.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.			.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
		607	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.				.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.
Query Sequence		I	G	N	T	V	S	P	Q	D	V	M	N	K	L	G	A	D	I	L	R	L	W	V	A	S	.	.	.	T	D	Y	T	G	E	M	A	V	S	D	E	I	L	K	R	A
Query Conservation																											.	.	.
Alig confidence																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	G	A	T	S	V	E	A	F	R	D	X	G	Y	L	P	E	A	L	V	N	Y	L	A	L	L	G	W	S	H	P	E	G	K	E	L	L	T	L	E	E	L	I	S	S
Template Known Secondary structure		G	S			B								T												T	S	S	B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.