Job Description P00956 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:19 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 809 % Identity 18% Template c1wz2B_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: B: PDB Molecule:leucyl-trna synthetase; PDBTitle: the crystal structure of leucyl-trna synthetase and trna(leucine)2 complex Resolution 3.21 Å

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		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	L	A	K	R	E	P	G	M	L	A	R	W	T	D	D	D	L	Y	G	I	I	R	A	A	K	K	G	K	K	T	F	I	L	H	D	G	P	P	Y	A	N	G	S	I	H	I	G	H	S	V	N	K	I	L	K	D	I	I	V	K	S	K	G	L	S	G	Y	D	S	P	Y	V	P	G	W	D	C	H	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	F	K	A	I	E	E	K	W	Q	K	R	W	L	E	A	K	I	F	E	P	N	I	R	D	K	P	K	E	K	K	F	Y	I	T	V	A	F	P	Y	L	S	G	H	L	H	V	G	H	A	R	T	Y	T	I	P	D	V	I	A	R	F	K	R	M	Q	G	Y	N	V	L	F	P	M	A	W	H	I	T	G
Template Known Secondary structure																		T	T	T	S			S	T	T	S		G	G	G			B							B		S	S			B																				T	T				B					B	B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120												.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.			.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Query Sequence		L	P	I	E	L	K	V	E	Q	E	Y	G	K	P	G	E	K	F	T	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	R	A	K	C	R	E	Y	A	A	T	Q	V	D	G	Q	R	K	D	F	I	R	L	G	V	L	G	D	W	S	H	P	Y	L	T	M	D	.	.	F	K	T	E	A	N	I	I
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	P	I	V	G	I	A	E	R	I	K	N	R	D	P	K	T	I	W	I	Y	R	D	V	Y	K	V	P	E	E	I	L	W	T	F	E	D	P	I	N	I	V	K	Y	F	M	K	A	A	K	E	T	F	I	R	A	G	F	S	V	D	W	S	R	E	F	Y	T	T	S	L	F	P	P	F	S	K	F	I	E
Template Known Secondary structure		S											T	T										T	T	S									G	G	G	S																		T	T	T					T	T	S			B		S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.			.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.
Query SS confidence																																								.	.
Query Sequence		R	A	L	G	K	I	I	G	N	G	H	L	H	K	G	A	K	P	V	H	W	C	V	D	C	R	S	A	L	A	E	A	E	V	E	Y	Y	D	.	.	K	T	S	P	S	I	D	V	A	F	Q	A	V	D	Q	D	A	L	K	A	K	F	A	V	S	N	V	N	G	P	I	S	L	V	I	W	T	T	T	P
Query Conservation																																								.	.
Alig confidence																																								.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	Q	F	W	K	L	K	E	K	G	Y	I	V	K	G	A	H	R	V	R	W	D	P	V	V	G	T	P	L	G	D	H	D	L	M	E	G	E	D	V	P	I	L	D	Y	I	I	I	K	F	E	L	R	E	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	I	Y	L	P	A	A	T	L	R	P
Template Known Secondary structure							T	T	T	T	T													T	T	T	S		B			S	S	S		S	S																			S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S									S		G
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220													.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.					.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.
Query Sequence		W	T	L	P	A	N	R	A	I	S	I	A	P	D	F	D	Y	A	L	V	Q	I	.	.	.	.	D	G	Q	A	V	I	L	A	K	D	L	V	E	S	V	M	Q	R	I	G	V	T	D	Y	T	I	L	G	T	V	K	G	A	E	L	E	L	L	R	F	T	H	P	F	M	G	F	D	V	P	A	I	L	G
Query Conservation																								.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.																					.	.
Template Conservation																																																.	.
Template Sequence		E	T	V	Y	G	V	T	N	M	W	V	N	P	N	A	T	Y	V	K	A	K	V	R	R	K	D	K	E	E	T	W	I	V	S	K	E	A	A	Y	K	L	S	F	Q	D	R	.	.	E	I	E	V	I	E	E	F	K	G	E	K	L	I	G	K	Y	V	R	N	P	V	S	G	D	E	V	I	I	L	P	A
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G								S	S	S										S	S																		S	S		.	.										S	S	T	T	S	S						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.
Template SS confidence
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.			.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	H	V	T	L	D	A	G	T	G	A	V	H	T	A	P	G	H	G	P	D	D	Y	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	Q	K	Y	G	L	E	T	A	N	P	V	G	P	D	G	T	Y	L	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	F	V	D	P	D	N	A	T	G	V	V	M	S	V	P	A	H	A	P	F	D	H	V	A	L	E	D	L	K	R	E	T	E	I	L	E	K	Y	D	I	D	P	R	I	V	F	P	A	V	E	E	V	N	K	L	G	I	K	S	Q	K	D	K	E	K	L	E	Q	A	T	K	T	I	Y	K	A	E	Y	H
Template Known Secondary structure		S	S			S	S	S	T	T	S						T	T	S		T	T	T	T	T	T	T	S			S			S					T	T										S	S			T	T	T	S	S	S				S	S		T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
						367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	T	Y	P	T	L	D	G	V	N	V	F	K	A	N	D	I	V	V	A	L	L	Q	E	K	G	A	L	L	H	V	E	K	M	Q	H	S	Y	P	C	C	W	R	H	K	T	P	I	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	V	S	M	D	Q	K	G	L	R	A	Q	S	L	K	E	I	K	G	V	Q
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	I	F	K	V	P	P	Y	E	G	K	P	V	Q	E	V	K	E	A	I	A	K	E	M	L	E	K	G	I	A	E	I	M	Y	E	F	A	E	K	N	V	I	S	R	F	G	N	R	A	V	I	K	I	I	H	D	Q	W	F	I	D	Y	G	N	P	E	W	K	E	K	A	R	K	A	L	E	R	M	K
Template Known Secondary structure		S		B			S	S	S	S		S	S	B					T	T	T	T								T	S								S	S	S			B		S	S	S	S	B							S	S						S			T	T										T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500				.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.
Query Sequence		W	I	P	D	W	G	Q	A	R	I	E	S	M	V	A	N	R	P	D	W	C	I	S	R	Q	R	T	W	G	V	P	M	S	L	F	V	H	K	D	T	E	E	L	H	P	R	T	L	E	L	M	E	E	V	A	K	R	V	.	.	.	E	V	D	G	I	Q	A	W	W	D	L	D	A	K	E	I	L	G	D
Query Conservation																																																												.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	P	E	T	R	R	A	Q	F	E	A	I	I	D	W	L	D	K	K	A	C	A	R	K	I	G	L	G	T	P	L	P	W	D	P	E	W	V	I	E	S	L	S	D	S	T	I	Y	M	A	Y	Y	T	I	S	R	H	I	N	K	L	R	Q	E	G	K	L	D	P	E	K	L	T	P	E	F	F	D	Y
Template Known Secondary structure				S	S	T	T										S								B	S	S	S	S	S				T	T		T	T	S								T	T	S	T																T	T				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.
Query SS confidence																																.
Query Sequence		E	A	D	Q	Y	V	K	V	P	D	T	L	D	V	W	F	D	S	G	S	T	H	S	S	V	V	D	V	R	P	.	E	F	A	G	H	A	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	H	R	G	W	F	M	S	S	L	M	I	S	T	A	M	K	G	K	A	P	Y	R	Q	V	L	T	H	G	F	T	V	D	G
Query Conservation																																.
Alig confidence																																.
Template Conservation
Template Sequence		I	F	L	E	E	F	S	E	D	K	E	K	E	L	E	K	K	T	G	I	P	A	E	I	I	H	E	M	K	E	E	F	E	Y	W	Y	P	L	D	W	R	C	S	G	K	D	L	I	P	N	H	L	T	F	F	I	F	N	H	V	A	I	F	R	E	E	H	W	P	K	G	I	A	V	N	G	F	G	T	L
Template Known Secondary structure		T	T	T	S															T																		S		S						G	G	G	T	T	T													S		S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630		.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.
Query SS confidence																																		.
Query Sequence		Q	G	R	K	M	S	K	S	I	G	N	T	V	S	P	Q	D	V	M	N	K	L	G	A	D	I	L	R	L	W	V	A	.	S	T	D	Y	T	G	E	M	A	V	S	D	E	I	L	K	R	A	A	D	S	Y	R	R	I	R	N	T	A	R	F	L	L	A	N	L	N	G	F	D	P	A	K	D	M	V	K
Query Conservation																																		.
Alig confidence																																		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	L	N	F	I	D	A	I	E	E	N	G	A	D	V	V	R	L	Y	I	M	S	L	A	E	H	D	S	D	F	D	W	R	R	K	E	V	G	K	L	R	K	Q	I	E	R	F	Y	E	L	I	S	Q	F	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	V	K	G
Template Known Secondary structure		S	S	S				T	T	T					B							T	T															T	T																													S	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.									.	.	.	.	.
		678	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	E	E	M	V	V	L	D	R	W	A	V	G	C	A	K	A	A	Q	E	D	I	L	K	A	Y	E	A	Y	D	F	H	E	V	V	Q	R	L	M	R	F	C	S	V	E	M	G	S	F	Y	L	D	I	I	K	D	R	Q	Y	T	A	K	A	D	S	V	A	R	R	S	C	Q	T	A	L	Y	H	I	A	E
Query Conservation
Alig confidence																																															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	V	E	L	K	D	I	D	R	W	M	L	H	R	L	N	K	A	I	K	E	T	T	N	A	L	E	E	F	R	T	R	T	A	V	Q	W	A	F	Y	S	I	M	N	D	.	L	R	W	Y	L	R	R	T	E	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	E	A	K	R	Y	V	L	R	T	L	A	D
Template Known Secondary structure																													T	T										T							.								T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		719	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.		.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.										.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	V	R	W	M	A	P	I	L	S	F	T	A	D	E	V	W	G	Y	L	P	G	E	R	E	K	Y	V	F	T	G	E	W	Y	E	G	L	F	G	L	A	D	S	E	A	M	N	D	A	F	W	D	E	L	L	K	V	R	G	E	V	N	K	V	I	E	Q	A	R	A	D	K	K	V	G	G	S	L	E
Query Conservation
Alig confidence																								.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	W	V	R	L	M	A	P	F	T	P	H	I	C	E	E	L	W	E	K	L	G	.	.	G	E	G	F	V	S	L	A	K	W	P	E	P	V	E	E	W	W	N	E	T	I	E	A	E	.	.	.	.	.	.	E	E	F	I	R	S	V	M	E	D	I	K	E	I	I	E	V	A	K	I	E	N	A	K	R
Template Known Secondary structure								T	T	T	S											S	S	.	.			S		G	G	G	S							S	S										.	.	.	.	.	.																	T	S					S	B
Template Predicted Secondary structure																								.	.																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		789	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810			.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.							.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860
		838	.	840	.	.	.						.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	V	T	L	Y	.	.	.	.	.	A	E	P	E	L	S	A	K	L	T	A	L	G	D	E	L	R	F	V	L	L	T	S	G	A
Query Conservation								.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	Y	I	Y	T	A	E	D	W	K	W	K	V	A	E	V	V	S	E	K	R	D	F	K	S	S	M	E	E	L	M	K	D	S	E	I
Template Known Secondary structure								T	T	T	T	T	T	T					T	T	T		S	S	S								T	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		861	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.