Job Description P00956 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:57:19 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 416 % Identity 18% Template c1iq0A_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:arginyl-trna synthetase; PDBTitle: thermus thermophilus arginyl-trna synthetase Resolution 2.30 Å

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		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	K	K	T	F	I	L	H	D	G	P	P	Y	A	N	G	S	I	H	I	G	H	S	V	N	K	I	L	K	D	I	I	V	K	S	K	G	L	S	G	Y	D	S	P	Y	V	P	G	W	D	C	H	G	L	P	I	E	L	K	V	E	Q	E	Y	G	K	P	G	E	K	F	T	A	A	E	F	R	A	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	R	P	G	V	V	L	V	E	H	T	S	V	N	P	N	K	E	L	H	V	G	H	L	R	N	I	A	L	G	D	A	I	A	R	I	L	A	Y	A	G	R	E	V	L	V	L	N	Y	I	D	D	T	G	R	Q	A	A	E	T	L	F	A	L	R	H	Y	G	L	T	W	D	G	K	E	K	Y	D	H	F
Template Known Secondary structure																T	T	S			B																				T	T											T	T	S													T	T					S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		126																																	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	Y	A	A	T	Q	V	D	G	Q	R	K	D	F	I	R	L	G	V	L	G	D	W	S	H	P	Y	L	T	M	D	F	K	T	E	A	N	I	I	R	A	L	G	K	I	I
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																																																										.	.
Template Sequence		A	G	R	A	Y	V	R	L	H	Q	D	P	E	Y	E	R	L	Q	P	A	I	E	E	V	L	H	A	L	E	R	G	E	L	R	E	E	V	N	R	I	L	L	A	Q	M	A	T	M	H	A	L	N	A	R	Y	D	.	.	L	L	V	W	E	S	D	I	V	R	A	G	L	L	Q	K	A	L	A	L	L	E
Template Known Secondary structure													T	T	T	G	G	G													T	T	T	T																		T	T				S	.	.											T	T										T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.			.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.					.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.
Query Sequence		G	N	G	H	L	H	K	G	A	K	.	.	.	.	P	V	H	W	C	V	D	C	R	S	A	L	A	E	A	E	V	E	Y	Y	D	K	T	S	P	S	I	D	V	A	F	Q	A	V	D	Q	D	A	L	K	A	K	F	A	V	S	N	V	N	G	P	I	S	L	V	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	A
Query Conservation												.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	S	P	H	V	F	R	P	R	E	G	K	Y	A	G	A	L	V	M	D	A	S	P	V	I	P	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S	T	T					S	S	S	T	T	T	T							T	T	T	S		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	R	A	I	S	I	A	P	D	F	D	Y	A	L	V	Q	I	D	G	Q	A	V	I	L	A	K	D	L	V	E	S	V	M	Q	R	I	G	V	T	D	Y	T	I	L	G	T	V	K	G	A	E	L	E	L	L	R	F	T	H	P	F	M	G	F	D	V	P	A	I	L	G	D	H	V	T	L	D	A	G	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	E	D	P	F	F	V	L	L	R	S	N	G	T	A	T	Y	Y	A	K	D	I	A	F	Q	F	W	K	M	G	I	L	E	G	L	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	S									T	T	S		B														T	T	S	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
									286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	A	V	H	T	A	P	G	H	G	P	D	D	Y	V	I	G	Q	K	Y	G	L	E	T	A	N	P	V	G	P	D	G	T	Y	L	P	G	T	Y	P	T	L	D	G	V	N	V	F	K	A	N	D	I	V	V	A	L	L	Q	E	K	G	A	L	L	H	V	E	K	M	Q	H	S	Y	P	C	C	W	R	H
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	P	I	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	V	S	M	D	Q	K	G	L	R	A	Q	S	L	K	E	I	K	G	V	Q	W	I	P	D	W	G	Q	A	R	I	E	S	M	V	A	N	R	P	D	W	C	I	S	R	Q	R	T	W	G	V	P	M	S	L	F	V	H	K	D	T	E	E	L	H	P	R	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Y	E	N	P	Y	Y	P	G	L	R	T	S	A	P	E	G	E	A	Y	T	P	K	A	E	E	T	I	N	V	V	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S	S		T	T																S							.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
																																																	322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	L	M	E	E	V	A	K	R	V	E	V	D	G	I	Q	A	W	W	D	L	D	A	K	E	I	L	G	D	E	A	D	Q	Y	V	K	V	P	D	T	L	D	V	W	F	D	S	G	S	T	H	S	S	V	V	D	V	R	P	E	F	A	G	H	A	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	H	R	G	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	R	Q	S	.	.	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S		.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Template SS confidence
																																																																										354	.	.	.	.			.
		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.				.	.	.	.	.	.	.	600	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	M	S	S	L	M	I	S	T	A	M	K	G	K	A	P	Y	R	Q	V	L	T	H	.	.	.	G	F	T	V	D	G	Q	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	M	S	K	S	I	G	N	T	V	S	P	Q	D	V	M	N	K	L	G	A	D	I	L	R
Query Conservation																									.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Q	A	L	V	R	A	A	L	A	L	A	G	Y	P	A	L	A	E	K	A	H	H	L	A	Y	E	T	V	L	L	E	G	R	Q	M	S	G	A	V	S	V	D	E	V	L	E	E	A	T	R	R	A	R	A	I	V	E	E	K	N	P	D	H	P	D	K	E	E	A	A	R	M	V	A	L	G	A	I	R
Template Known Secondary structure													T	T						T	T												T	T	B		S					B																					T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		627	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.		.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		L	W	V	A	S	T	D	Y	T	G	E	M	A	V	S	D	E	I	L	K	R	.	A	A	D	S	Y	R	R	I	R	N	T	A	R	F	L	L	A	N	L	N	G	F	D	P	A	K	D	M	V	K	P	E	E	M	V	V	L	D	R	W	A	V	G	C	A	K	A	A	Q	E	D	I	L	K	A	Y	E	A
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.																						.
Template Conservation																																													.
Template Sequence		F	S	M	V	K	T	E	P	K	K	Q	I	D	F	R	Y	Q	E	A	L	S	F	E	G	D	T	G	P	Y	V	Q	Y	A	H	A	R	A	H	S	I	L	R	K	.	A	G	E	W	G	A	P	D	L	S	Q	A	T	P	Y	E	R	A	L	A	L	D	L	L	D	F	E	E	A	V	L	E	A	A	E	E
Template Known Secondary structure							S		T	T	S												S	S	S	S	S																		.									G	G	G													T	T
Template Predicted Secondary structure																																													.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
		706	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.						.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	F	H	E	V	V	Q	R	L	M	R	F	C	S	V	E	M	G	S	F	Y	.	.	.	.	.	L	D	I	I	K	D	R	Q	Y	T	A	K	A	D	S	V	A	R	R	S	C	Q	T	A	L	Y	H	I	A	E	A	L	V	R	W	M
Query Conservation																								.	.	.	.	.
Alig confidence																.								.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		R	T	P	H	V	L	A	Q	Y	L	L	D	L	A	.	A	S	W	N	A	Y	Y	N	A	R	E	N	G	Q	P	A	T	P	V	L	T	A	P	E	G	L	R	E	L	R	L	S	L	V	Q	S	L	Q	R	T	L	A	T	G	L	D	L	L
Template Known Secondary structure		T														.												T	T			S	S		S	T	T	S		T	T																							T
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.		.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.