Job Description P00956 Confidence 99.70% Date Thu Jan 5 10:57:19 GMT 2012 Rank 47 Aligned Residues 392 % Identity 16% Template c1g59A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:glutamyl-trna synthetase; PDBTitle: glutamyl-trna synthetase complexed with trna(glu). Resolution 2.40 Å

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		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	P	Y	A	N	G	S	I	H	I	G	H	S	V	N	K	I	L	K	D	I	I	V	K	S	K	G	L	S	G	Y	D	S	P	Y	V	P	G	W	D	C	H	G	L	P	I	E	L	K	V	E	Q	E	Y	G	K	P	G	E	K	F	T	A	A	E	F	R	A	K	C	R	E	Y	A	A	T	Q	V	D	G
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	S	P	T	G	D	P	H	V	G	T	A	Y	I	A	L	F	N	Y	A	W	A	R	.	.	.	.	.	R	N	G	G	R	F	I	V	R	I	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	R	A	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	G	A	E	E	R
Template Known Secondary structure						S	S	S		B																.	.	.	.	.		T	T							B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure															.											.	.	.	.
Query SS confidence															.											.	.	.	.
Query Sequence		Q	R	K	D	F	I	R	L	G	V	L	G	D	.	W	S	H	P	Y	L	T	M	D	F	.	.	.	.	K	T	E	A	N	I	I	R	A	L	G	K	I	I	G	N	G	H	L	H	K	G	A	K	P	V	H	W	C	V	D	C	R	S	A	L	A	E	A	E	V	E	Y	Y	D	K	T	S	P	S	I	D
Query Conservation															.											.	.	.	.
Alig confidence															.											.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	L	A	A	L	K	W	L	G	L	S	Y	D	E	G	P	D	V	A	A	P	T	G	P	Y	R	Q	S	E	R	L	P	L	Y	Q	K	Y	A	E	E	L	L	K	R	G	W	A	Y	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T				S	B		S	S	S			S	S	S		S	B	G	G	G	G													T	T	T	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	F	Q	A	V	D	Q	D	A	L	K	A	K	F	A	V	S	N	V	N	G	P	I	S	L	V	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	A	N	R	A	I	S	I	A	P	D	F	D	Y	A	L	V	Q	I	D	G	Q	A	V	I	L	A	K	D	L	V	E	S	V	M	Q	R	I	G	V	T	D	Y	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	G	T	V	K	G	A	E	L	E	L	L	R	F	T	H	P	F	M	G	F	D	V	P	A	I	L	G	D	H	V	T	L	D	A	G	T	G	A	V	H	T	A	P	G	H	G	P	D	D	Y	V	I	G	Q	K	Y	G	L	E	T	A	N	P	V	G	P	D	G	T	Y	L	P	G	T	Y	P	T	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	T	P	E	E	L	E	Q	I	R	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	G	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																															106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	120	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.					.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.
Query Sequence		D	G	V	N	V	F	K	A	N	D	I	V	V	A	L	L	Q	E	K	G	A	L	L	H	V	E	K	M	Q	H	S	Y	P	C	C	W	R	H	K	T	.	.	.	.	P	I	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	V	S	M	D	Q	K	G	L	R	A	Q	S	L	K	E	I	K	G	V	Q	W	I	P	D	W
Query Conservation																																										.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	R	A	R	N	I	P	P	E	E	A	E	E	R	A	R	R	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	H	V	I	R	L	K	V	P	R	P	G	T	T	E	V	K	D	E	L	R	G	V	V	V	Y	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	S											T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S								T	T	T							G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Q	A	R	I	E	S	M	V	A	N	R	P	D	W	C	I	S	R	Q	R	T	W	G	V	P	M	S	L	F	V	H	K	D	T	E	E	L	H	P	R	T	L	E	L	M	E	E	V	A	K	R	V	E	V	D	G	I	Q	A	W	W	D	L	D	A	K	E	I	L	G	D	E	A	D	Q	Y	V	K	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	I	P	D	V	V	L	L	K	S	D	G	Y	.	.	.	.	P	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	S								T	T	S		.	.	.	.	B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	D	T	L	D	V	W	F	D	S	G	S	T	H	S	S	V	V	D	V	R	P	E	F	A	G	H	A	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	H	R	G	W	F	M	S	S	L	M	I	S	T	A	M	K	G	K	A	P	Y	R	Q	V	L	T	H	G	F	T	V	D	G	Q	G	R	K	M	S	K	S	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.								.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.								.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	H	L	A	N	V	V	D	D	.	H	L	M	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	D	V	I	R	A	E	E	W	L	V	S	T	P	I	H	V	L	L	Y	R	.	A	F	G	W	E	A	P	.	.	R	F	Y	H	M	P	L	L	R	N	P	D	K	T	K	I	S	K	R	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.									.			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.								G	G	G	T	T	T										.		T	T					.	.									B		T	T	S	S	B			T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.								.	.
Template SS confidence
								188	.	190	.	.	.	.	.		.	.	.	.										200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.		.	.	.	.	.	.	.			.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	T	V	S	P	Q	D	V	M	N	K	L	G	A	D	I	L	R	L	W	V	A	S	T	D	Y	T	G	E	M	A	V	S	D	E	I	L	K	R	A	A	D	S	Y	R	R	I	R	N	T	A	R	F	L	L	A	N	L	N	G	F	D	P	A	K	D	M	V	K	P	E	E	M	V	V	L	D	R	W
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	T	S	L	D	W	Y	K	A	E	G	F	L	P	E	A	L	R	N	Y	L	C	L	M	G	F	S	M	P	D	G	R	E	I	F	T	L	E	E	F	I	Q	A	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	E	R	V	S	L	G	G	P	V	F	D	L	E	K	L	R	W	M	N	G	K
Template Known Secondary structure		S			B							T	T													T	T	B			T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	B			S			B
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.													.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		688	.	690	.								.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.			.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.																																				.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.																																				.	.
Query Sequence		A	V	G	C	.	.	.	.	.	.	.	A	K	A	A	Q	E	D	I	L	K	A	Y	E	A	Y	D	F	H	E	V	V	Q	R	L	M	R	F	C	S	V	E	M	G	S	F	.	.	Y	L	D	I	I	K	D	R	Q	Y	T	A	K	A	D	S	V	A	R	R	S	C	Q	T	A	L	Y	H	I	A	E	A
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.																																				.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.																																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	I	R	E	V	L	S	L	E	E	V	A	E	R	V	K	P	F	L	R	E	A	G	L	S	W	E	S	E	A	Y	L	R	R	A	V	E	L	M	R	P	R	F	D	T	L	K	E	F	P	E	K	A	R	Y	L	F	T	E	D	Y	P	V	S	E	K	A	Q	R	K	L	E	E	G	L	P	L	L	K	E
Template Known Secondary structure						T	S																T	T				S													G	G	G		S	S	T	T						S	G	G	G	T		S																					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
		759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	R	W	M	A	P	I	L	S	F	T	A	D	E	V	W	G	Y	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	P	R	L	R	A	Q	E	E	W	T	E	A	A	L	E	A	L	L
Template Known Secondary structure		T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.