Job Description P77234 Confidence 88.31% Date Thu Jan 5 12:26:39 GMT 2012 Rank 84 Aligned Residues 160 % Identity 12% Template d1d8da_ SCOP info alpha-alpha superhelix Protein prenylyltransferase Protein prenylyltransferase Resolution 2.00

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		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.			.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60			.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.																																							.	.
Query SS confidence															.	.																																							.	.
Query Sequence		N	L	S	I	D	E	I	I	E	R	A	E	K	.	.	G	D	C	E	A	Q	Y	I	V	G	F	Y	Y	N	R	D	S	A	I	D	S	P	D	D	E	K	A	F	Y	W	L	K	L	A	A	E	Q	G	.	.	H	C	E	A	Q	Y	S	L	G	Q	K	Y	T	E	D	K	S	R	H	K	D	N	E	Q	A
Query Conservation															.	.																																							.	.
Alig confidence															.	.																.	.	.	.																				.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	A	F	K	L	T	R	D	A	I	E	L	N	A	A	N	Y	T	V	W	H	F	R	R	V	L	L	R	S	.	.	.	.	L	Q	K	D	L	Q	E	E	M	N	Y	I	I	A	I	I	E	E	Q	P	K	N	Y	Q	V	W	H	H	R	R	V	L	V	E	W	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																T	T															.	.	.	.	T	T																		T	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.					.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	W	L	K	K	A	A	L	Q	G	H	T	F	A	S	N	A	L	G	W	T	L	D	R	G	E	A	P	N	Y	K	E	A	V	V	W	Y	Q	I	A	A	E	S	G	M	S	Y	A	Q	N	N	L	G	W	M	Y	R	N	G	N	G	V	A	K	D	Y	A	L	A	F	F	W	Y	K	Q	A	A	L	Q
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	H	S	D	A	Q	N	N	L	A	D	L	Y	E	D	G	K	G	V	A	Q	N	K	T	L	A	A	F	W	Y	L	K	S	A	Q	Q	G	N	R	H	A	Q	F	Q	I	A	W	D	Y	N	A	G	E	G	V	D	Q	D	Y	K	Q	A	M	Y	W	Y	L	K	A	A	A	Q	G	S	V	G	A	Y	V	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	P	S	Q	E	L	E	F	I	A	D	I	L	N	Q	D	A	K	N	Y	H
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																												180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.			.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.			290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.			310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.																.	.																					.	.
Query SS confidence																															.	.																.	.																					.	.
Query Sequence		I	G	Y	M	Y	K	H	G	Q	G	V	E	K	D	Y	Q	A	A	F	E	W	F	T	K	A	A	E	C	N	.	.	D	A	T	A	W	Y	N	L	A	I	M	Y	H	Y	G	.	.	E	G	R	P	V	D	L	R	Q	A	L	D	L	Y	R	K	V	Q	S	S	.	.	G	T	R	D	V	S	Q	E	I	R
Query Conservation																															.	.																.	.																					.	.
Alig confidence																															.	.																.	.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	W	Q	H	R	Q	W	V	I	Q	E	F	R	L	W	D	N	E	L	Q	Y	V	D	Q	L	L	K	E	D	V	R	N	N	S	V	W	N	Q	R	H	F	V	I	S	N	T	T	G	Y	S	D	R	A	V	L	E	R	E	V	Q	Y	T	L	E	M	I	K	L	V	P	H	N	E	S	A	W	N	Y	L	K
Template Known Secondary structure														T			T	T													T	T															T	T		S		S																		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		320	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	I
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		282	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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