Job Description P04825 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:58:23 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 811 % Identity 17% Template c3se6A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:endoplasmic reticulum aminopeptidase 2; PDBTitle: crystal structure of the human endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 Resolution 3.08 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		4	.	.	.	.	.	10		.	.	.	.		.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.		.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.
Predicted Secondary structure									.					.																													.																																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.					.																													.																																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	P	Q	A	K	Y	R	.	H	D	Y	R	.	A	P	D	Y	Q	I	T	D	I	D	L	T	F	D	L	D	A	Q	K	T	V	V	T	A	V	S	Q	A	.	V	R	H	G	A	S	D	A	P	L	R	L	N	G	E	D	L	K	L	V	S	V	H	I	N	D	E	P	W	T	A	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.					.																													.																																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.					.																													.																																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	N	G	E	R	F	P	W	Q	E	L	R	L	P	S	V	V	I	P	L	H	Y	D	L	F	V	H	P	N	L	T	S	L	D	F	V	A	S	E	K	I	E	V	L	V	S	N	A	T	Q	F	I	I	L	H	S	K	D	L	E	I	T	N	A	T	L	Q	S	E	E	Y	M	K	P	G	K	E	L	K	V
Template Known Secondary structure		S	S	S	S			S				S	S			T	T														T	T	T	T													S	S			S							S	S															S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
			74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.						.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.										.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.												.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.												.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	W	K	E	E	E	G	A	L	V	I	S	.	.	.	.	.	N	L	P	E	R	F	T	L	K	I	I	N	E	I	S	P	A	A	N	T	A	L	E	G	L	Y	Q	S	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	C	T	Q	C	E	A	E	G	F	R	H	I	T	Y	Y	L	D	R	P	D	V	L
Query Conservation		.												.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.												.	.	.	.	.																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.
Template Sequence		L	S	Y	P	A	H	E	Q	I	A	L	L	V	P	E	K	L	T	P	H	L	K	Y	Y	V	A	M	D	F	Q	A	K	L	G	.	.	D	G	F	E	G	F	Y	K	S	T	Y	R	T	L	G	G	E	T	R	I	L	A	V	T	D	F	E	P	T	Q	A	R	M	A	F	P	C	F	D	E	P	L	F	K
Template Known Secondary structure					G	G	G	T							S	S				T	T														B	.	.	S	S	S	S										T	T	S											T	T	T	T	G	G	G	T	S		B			S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.			.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	F	T	T	K	I	I	A	D	K	I	K	Y	P	F	L	L	S	N	G	N	R	V	A	Q	G	E	L	E	N	G	R	H	W	V	Q	W	Q	D	P	F	P	K	P	C	Y	L	F	A	L	V	A	G	D	F	D	V	L	R	D	T	F	T	T	R	S	G	R	E	V	A	L	E	L	Y	V	D	R	G
Query Conservation
Alig confidence															.	.																																																.	.	.	.
Template Conservation															.	.																																																.	.	.	.
Template Sequence		A	N	F	S	I	K	I	R	R	E	S	R	H	.	.	I	A	L	S	N	M	P	K	V	K	T	I	E	L	E	G	G	L	L	E	D	H	F	E	T	T	V	K	M	S	T	Y	L	V	A	Y	I	V	C	D	F	H	S	L	S	G	F	.	.	.	.	T	S	S	G	V	K	V	S	I	Y	A	S	P	D
Template Known Secondary structure		B										T	T		.	.					S	S									T	T	S											S	B		G	G	G															.	.	.	.		T	T										G	G
Template Predicted Secondary structure															.	.																																																.	.	.	.
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230			.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.					.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	L	D	R	A	P	W	A	M	T	S	L	K	N	S	M	K	W	D	E	E	R	F	G	L	E	Y	D	L	D	I	Y	M	I	V	A	V	D	F	F	N	M	G	A	M	E	N	K	G	L	N	I	F	N	S	K	Y	V	L	A	R	T	D	T	A	T	D	K	D	Y	L	D	I	E	R	V	I	G	H	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	R	N	Q	T	H	Y	A	L	Q	A	S	L	K	L	L	D	F	Y	E	K	Y	F	D	I	Y	Y	P	L	S	K	L	D	L	I	A	I	P	D	F	A	P	G	A	M	E	N	W	G	L	I	T	Y	R	E	T	S	L	L	F	D	P	K	T	S	S	A	S	D	K	L	W	V	T	R	V	I	A	H	E
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	G																			T					S	S								S	S		S	S	S					T	T						G	G	G	T				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.
Query SS confidence																																																																							.	.
Query Sequence		Y	F	H	N	W	T	G	N	R	V	T	C	R	D	W	F	Q	L	S	L	K	E	G	L	T	V	F	R	D	Q	E	F	S	S	D	L	G	S	R	A	V	N	R	I	N	N	V	R	T	M	R	G	L	Q	F	A	E	D	A	S	P	M	A	H	P	I	R	P	D	.	.	M	V	I	E	M	N	N	F	Y
Query Conservation																																																																							.	.
Alig confidence																																																						.																	.	.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		L	A	H	Q	W	F	G	N	L	V	T	M	E	W	W	N	D	I	W	L	N	E	G	F	A	K	Y	M	E	L	I	A	V	N	A	T	Y	P	E	L	Q	F	D	D	Y	F	L	N	V	C	F	E	.	V	I	T	K	D	S	L	N	S	S	R	P	I	S	K	P	A	E	T	P	T	Q	I	Q	E	M	F
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	B	T	T	T				S	S	G	G	G	T																				G	G	G													.			T	T	T	T	S	T	T				S	S					S							T	S
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.		.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.			.	.	.		.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.				.
Query SS confidence																																																									.	.				.
Query Sequence		T	L	T	V	Y	E	K	G	A	E	V	I	R	M	I	H	T	L	L	G	E	E	N	F	Q	K	G	M	Q	L	Y	F	E	R	H	D	G	S	A	A	T	C	D	D	F	V	Q	A	M	E	D	A	S	N	V	.	.	D	L	S	.	H	F	R	R	W	Y	S	Q	S	G	T	P	I	V	T	V	K	D	D
Query Conservation																																																									.	.				.
Alig confidence																																																									.	.				.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	V	S	Y	N	K	G	A	C	I	L	N	M	L	K	D	F	L	G	E	E	K	F	Q	K	G	I	I	Q	Y	L	K	K	F	S	Y	R	N	A	K	N	D	D	L	W	S	S	L	S	N	S	L	G	E	N	A	E	V	K	E	M	M	T	T	W	T	L	Q	K	G	I	P	L	L	V	V	K	Q	D
Template Known Secondary structure		S																																			T	T																																S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	N	P	E	T	E	Q	Y	T	L	T	I	S	Q	R	T	P	A	T	P	D	Q	A	E	K	Q	P	L	H	I	P	F	A	I	E	L	Y	D	N	E	G	K	V	I	P	L	Q	K	G	G	H	P	V	N	S	V	L	N	V	T	Q	A	E	Q	T	F	V	F	D	N	V	Y	F	Q	P	V	P	A	L	L
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.												.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.												.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Sequence		G	C	.	.	.	.	.	.	S	L	R	L	Q	Q	E	R	F	L	Q	.	.	G	Q	E	R	Y	L	W	H	I	P	L	T	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	S	S	S	N	V	I	H	R	H	I	L	K	S	K	T	D	T	L	D	L	P	E	K	T	S	.	.	W	V	K	F	N
Template Known Secondary structure		T	T	.	.	.	.	.	.												.	.				S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S											S	S							S	S			S	.	.					S
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.												.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template SS confidence
		556	.							.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.			.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.													.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.			.	610	.	.	.
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.																																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.																																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		C	E	F	S	A	P	V	K	L	E	Y	K	W	S	D	Q	Q	.	L	T	F	L	M	R	H	A	R	N	D	F	S	R	W	D	A	A	Q	S	L	L	A	T	Y	I	K	L	N	V	A	R	H	Q	Q	G	Q	P	L	S	L	P	V	H	V	A	D	A	F	R	A	V	L	L	D	E	K	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.																																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																			.																																																										.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	D	S	N	G	Y	Y	I	V	H	Y	E	G	H	G	W	D	Q	L	I	T	Q	L	N	Q	N	H	T	L	L	R	P	K	D	R	V	G	L	I	H	D	V	F	Q	L	V	G	A	G	R	L	T	L	D	K	A	L	D	M	T	Y	Y	L	Q	H	E	T	S	S	P	A	L	L	E	G	L	S	Y	L	E
Template Known Secondary structure		G	G	G		S	S							T	T													G	G	G	S																		T	T	S	S									T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		625	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.
															608	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	P	A	L	A	A	E	I	L	T	L	P	S	V	N	E	M	A	E	L	F	D	I	I	D	P	I	A	I	A	E	V	R	E	A	L	T	R	T	L	A	T	E	L	A	D	E	L	L	A	I	Y	N	A	N	Y	Q	S	E	Y	R	V	E	H	E	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	Y	H	M	M	D	R	R	N	I	S	D	I	S	E	N	L	K	R	Y	L	L	Q	Y	F	K	P	V	I	D	R	Q	S	W	S	D	K	G	S	V	W	D	R	M	L	R	S	A	L	L	K	L	A	C	D	L	N	H	A	P	C	I	Q	K	A	A	E	L	F	S	Q	W	M	E	S	S	G	K	L
Template Known Secondary structure										S																T	T									S	S			S																		T	T																		T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		705	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.
		675	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	K	R	T	L	R	N	A	C	L	R	F	L	A	F	G	E	T	H	L	A	D	V	L	V	S	K	Q	F	H	E	A	N	N	M	T	D	A	L	A	A	L	S	A	A	V	A	A	Q	L	P	C	R	D	A	L	M	Q	E	Y	D	D	K	W	H	Q	N	G	L	V	M	D	K	W	F	I	L	Q	A
Query Conservation
Alig confidence																	.	.																																				.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.																																				.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	I	P	T	D	V	L	K	I	V	Y	S	V	G	A	.	.	Q	T	T	A	G	W	N	Y	L	L	E	Q	Y	E	L	S	M	S	S	A	E	Q	N	K	I	L	Y	A	L	S	T	S	K	H	Q	.	.	.	E	K	L	L	K	L	I	E	L	G	M	E	G	K	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																T	.	.	T	S															S													T	T					.	.	.														S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.																																				.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		785	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.			800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.				.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850
		755	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.		.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.
Query SS confidence																																																															.
Query Sequence		T	S	P	A	A	N	V	L	E	T	V	R	G	L	L	Q	H	R	S	F	T	M	S	N	P	N	R	I	R	S	L	I	G	A	F	A	G	S	N	P	A	A	F	H	A	E	D	G	S	G	Y	L	F	L	V	E	M	L	T	D	L	.	N	S	R	N	P	Q	V	A	S	R	L	I	E	P	L	I	R	L
Query Conservation																																																															.
Alig confidence		.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation		.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	K	T	Q	N	L	A	A	L	L	H	A	I	A	R	R	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	Q	L	A	W	D	F	V	R	E	N	W	T	H	L	L	K	K	F	D	L	G	S	Y	D	I	R	M	I	I	S	G	T	T	A	H	F	S	S	K	D	K	L	Q	E	V	K	L	F	F	E	S
Template Known Secondary structure		.	.		G	G	G											S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.																				S		T	T	S									T	T	T	T	T			S
Template Predicted Secondary structure		.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				851	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.									.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920
		834	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	R	Y	D	A	K	R	Q	E	K	M	R	A	A	L	E	Q	L	K	G	L	E	N	L	S	G	D	L	Y	E	K	I	T	K	A	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	E	A	Q	G	S	H	L	D	I	F	Q	T	V	L	E	T	I	T	K	N	I	K	W	L	E	K	N	L	P	T	L	R	T	W	L
Template Known Secondary structure		S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		921	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.