Job Description P23865 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:40:05 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 266 % Identity 18% Template d1k32a4 SCOP info ClpP/crotonase ClpP/crotonase Tail specific protease, catalytic domain Resolution 2.00

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		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	A	E	L	N	A	L	W	D	S	K	V	K	F	D	E	L	S	L	K	L	T	G	K	T	D	K	E	I	R	E	T	L	T	R	R	Y	K	F	A	I	R	R	L	A	Q	T	N	S	E	D	V	F	S	L	A	M	T	A	F	A	R	E	I	D	P	H	T	N	Y	L	S	P	R	N	T	E	Q	F	N
Query Conservation
Alig confidence												.																						.	.	.	.									.	.																																	.	.
Template Conservation												.																						.	.	.	.									.	.																																	.	.
Template Sequence		L	Q	M	Y	D	E	A	W	K	L	.	A	R	D	N	Y	W	N	E	A	V	A	K	E	I	S	E	R	I	Y	E	K	.	.	.	.	Y	R	N	L	V	P	L	C	.	.	K	T	R	Y	D	L	S	N	V	I	V	E	M	Q	G	E	Y	R	T	S	H	S	Y	E	M	G	G	T	F	T	D	K	.	.
Template Known Secondary structure												.						S																.	.	.	.			T	T	G	G	G		.	.		S														T	T			S											S		.	.
Template Predicted Secondary structure												.																						.	.	.	.									.	.																																	.	.
Template SS confidence
		687	.	.	690	.	.	.	.	.	.		.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.					.	.	720	.	.	.	.	.			.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	E	M	S	L	S	L	E	G	I	G	A	V	L	Q	M	D	D	D	Y	T	V	I	N	S	M	V	A	G	G	P	A	A	K	S	K	A	I	S	V	G	D	K	I	V	G	V	G	Q	T	G	K	P	M	V	D	V	I	G	W	R	L	D	D	V	V	A	L	I	K	G	P	K	G	S	K	V	R	L	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	F	R	S	D	D	R	F	.	I	R	Y	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																													758	.	760	.	.	.	.	.	.		.	.	.	770
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	P	A	G	K	G	T	K	T	R	T	V	T	L	T	R	E	R	I	R	L	E	D	R	A	V	K	M	S	V	K	T	V	G	K	E	K	V	G	V	L	D	I	P	G	F	Y	V	G	L	T	D	D	V	K	V	Q	L	Q	K	L	E	K	Q	N	V	S	S	V	I	I	D	L	R	S	N	G	G	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	W	V	E	A	N	R	R	Y	V	H	E	R	S	K	G	T	I	G	Y	I	H	I	P	D	M	G	M	M	G	L	N	E	F	Y	R	L	F	I	N	E	.	.	S	S	Y	Q	G	L	I	V	D	V	R	F	N	G	G	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T	T	S									B	S															.	.	T	T	S	S							T	T				B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.
Template SS confidence
																							862	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.			.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	T	E	A	V	S	L	S	G	L	F	I	P	A	G	P	I	V	Q	V	R	D	N	N	G	K	V	R	E	D	S	D	T	D	G	Q	V	F	Y	K	G	P	L	V	V	L	V	D	R	F	S	A	S	A	S	E	I	F	A	A	A	M	Q	D	Y	G	R	A	L	V	V	G	E	P	T	F	G	K	G
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.																									.	.	.	.
Template Sequence		F	V	S	Q	.	.	.	L	I	I	E	K	L	M	N	K	R	I	G	Y	D	N	P	R	R	G	T	L	S	P	Y	.	.	.	.	P	T	N	S	V	R	G	K	I	I	A	I	T	N	E	Y	A	G	S	D	G	D	I	F	S	F	S	F	K	K	L	G	L	G	K	L	I	G	T	R	T	W	G	G	V
Template Known Secondary structure		S				.	.	.							T		B								S	S	S						.	.	.	.	S	T	T		B		S								T	T			T												T	T	S						S
Template Predicted Secondary structure						.	.	.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		919	920	.	.				.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.					.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.
		479		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.		.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
Predicted Secondary structure			.																																					.
Query SS confidence			.																																					.
Query Sequence		T	.	V	Q	Q	Y	R	S	L	N	R	I	Y	D	Q	M	L	R	P	E	W	P	A	L	G	S	V	Q	Y	T	I	Q	K	F	Y	R	V	N	.	G	G	S	T	Q	R	K	G	V	T	P	D	I	I	M	P	T	G	N	E	E	T	E	T	G	E	K
Query Conservation			.																																					.
Alig confidence			.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	G	I	T	P	K	R	R	L	I	D	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	T	Q	P	E	F	A	F	W	F	R	D	A	G	F	G	V	E	N	Y	G	V	D	P	D	V	E	I	E	Y	A	P	H	D	Y	L	S	G	K	D
Template Known Secondary structure									B		T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											B	T	T	T	B	T	T	T	T	T	T					S												T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		992	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.													.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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