Job Description P23865 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:40:05 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 318 % Identity 22% Template c3djaA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:protein ct_858; PDBTitle: crystal structure of cpaf solved with mad Resolution 2.90 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	L	K	L	T	G	K	T	D	K	E	I	R	E	T	L	T	R	R	Y	K	F	A	I	R	R	L	A	Q	T	N	S	E	D	V	F	S	L	A	M	T	A	F	A	R	E	I	D	P	H	T	N	Y	L	S	P	R	N	T	E	Q	F	N	T	E	M	S	L	S	L	E	G	I	G	A	V	L	Q	M
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	K	E	Q	Y	L	G	W	D	L	V	Q	S	S	V	S	.	.	.	.	A	Q	Q	K	L	R	T	Q	E	N	P	S	T	S	F	C	Q	Q	V	L	A	D	F	I	G	G	L	N	D	F	H	A	G	V	T	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	A	I	E	S	A	Y	L	P	Y	T	V	Q	K	S	S
Template Known Secondary structure																		.	.	.	.								S	S	S																T	T			T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.															T
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.					.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.									.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	D	Y	T	V	I	N	S	M	V	A	G	G	P	A	A	K	S	K	A	I	S	V	G	D	K	I	V	G	V	G	Q	T	G	K	P	M	V	D	V	I	G	W	R	L	D	D	V	V	A	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	R	F	Y	F	V	D	I	.	.	.	.	.	X	T	F	S	S	E	.	I	R	V	G	D	E	L	L	E	V	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	P	V	Q	D	V	L	A	T	L	Y	G	S	N	H	K	G	T	A	A	E	E	S	A	A	L	R	T	L	F	S	R	X	A	S	L	G
Template Known Secondary structure		T	S								.	.	.	.	.		S	S			S	.	S		T	T							T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T									T	T	S		T	T																T				G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.							.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		127	.	.	130	.	.	.	.	.						.	.	.	.	140	.		.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.											.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	P	K	G	S	K	V	R	L	E	I	L	P	A	G	K	G	T	K	T	R	T	V	T	L	T	R	E	R	I	R	L	E	D	R	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.
Template Sequence		H	K	V	P	S	G	R	T	T	L	K	I	R	R	P	F	.	.	G	T	T	R	E	V	R	V	K	W	R	Y	V	P	E	G	V	G	D	L	A	T	I	A	P	S	I	R	A	P	Q	L	Q	G	Y	N	I	G	S	T	D	G	F	L	P	V	I	G	P	V	I	W	E	S	E	G	L	F	R	A	Y	I
Template Known Secondary structure							S									T	T	.	.	S																S							G	G	G										S	T	T		S	S		S				S	S			S					S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.			.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
			346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.											.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	K	M	S	V	K	T	V	G	K	E	K	V	G	V	L	D	I	P	G	F	Y	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	T	D	D	V	K	V	Q	L	Q	K	L	E	K	Q	N	V	S	S	V	I	I	D	L	R	S	N	G	G	G	A	L	T	E	A	V	S	L	S	G	L	F	I	P	A	G
Query Conservation		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	S	V	T	D	G	D	G	K	S	H	K	V	G	F	L	R	I	P	T	Y	S	W	Q	D	X	E	D	F	D	P	S	G	P	P	P	W	E	E	F	A	K	I	I	Q	V	F	S	S	N	T	E	A	L	I	I	D	Q	T	N	N	P	G	G	S	V	L	Y	L	Y	A	L	L	S	X	L	T	D	R	P
Template Known Secondary structure					B		T	T	S		B											B		G	G	G	S	T	T			T	T	S																			S								S	B			B											T	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		415	.	.	.	.																																																																						420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	I	V	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	N	N	G	K
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	L	P	K	H	R	X	I	L	T	Q	D	E	V	V	D	A	L	D	W	L	T	L	L	E	N	V	D	T	N	V	E	S	R	L	A	L	G	D	N	X	E	G	Y	T	V	D	L	Q	V	A	E	Y	L	K	S	F	G	R	Q	V	L	N	C	W	S	K	G	D	I	E	L	S	T	P	I	P	L	F
Template Known Secondary structure																										S	T	T			S										S			T	T														T	T									T	T			S	S		S		B		G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	R	E	D	S	D	T	D	G	Q	V	F	Y	K	G	P	L	V	V	L	V	D	R	F	S	A	S	A	S	E	I	F	A	A	A	M	Q	D	Y	G	R	A	L	V	V	G	E	P	T	F	G	K	G	T	V	Q	Q	Y	R	S	L	N	R	I	Y	D	Q	M	L	R	P	E	W	P	A	L	G	S	V	Q
Query Conservation
Alig confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	F	E	K	I	H	P	H	P	R	V	Q	Y	S	K	P	I	C	V	L	I	N	E	Q	D	F	S	C	A	D	F	F	P	V	V	L	K	D	N	D	R	A	L	I	V	G	T	R	T	A	G	A	G	G	F	V	F	N	V	Q	F	P	N	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	K	T	C	S
Template Known Secondary structure		G		S						S	S					S								T	T	B		T												T	T														S										S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.										.	.	540	.	.	.
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	I	Q	K	F	Y	R	V	N	G	G	S	T	Q	R	K	G	V	T	P	D	I	I	M	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	T	G	S	L	A	V	R	E	H	G	A	F	I	E	N	I	G	V	E	P	H	I	D	L	P
Template Known Secondary structure										T	T	S		B		T	T	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.