Job Description P0AC53 Confidence 97.78% Date Thu Jan 5 11:17:11 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 321 % Identity 17% Template c3m2tA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:probable dehydrogenase; PDBTitle: the crystal structure of dehydrogenase from chromobacterium2 violaceum Resolution 2.30 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	C	D	L	V	I	F	G	A	K	G	D	L	A	R	R	K	L	L	P	S	L	Y	Q	L	E	K	A	G	Q	L	N	P	D	T	R	I	I	G	V	G	R	A	D	W	D	K	A	A	Y	T	K	V	V	R	E	A	L	E	T	F	M	K	E	T	I	D	E	G	L	W	D	T	L	S	A	R	L	D
Query Conservation
Alig confidence												.															.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation												.															.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template Sequence		S	L	I	K	V	G	L	V	G	I	.	G	A	Q	X	Q	E	N	L	L	P	S	L	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	X	Q	D	I	R	I	V	A	A	C	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	E	R	A	R	R	V	H	R	F	.	.
Template Known Secondary structure												.	S						T							T	.	.	.	.	.	.	.		T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S					G	G	G	G	G	T	.	.
Template Predicted Secondary structure												.															.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.		.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.								.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	C	N	L	D	V	N	D	T	A	A	F	S	R	L	G	A	M	L	D	Q	K	N	R	I	T	I	N	Y	F	A	M	P	P	S	T	F	G	A	I	C	K	G	L	G	E	A	K	L	N	A	K	P	A	R	V	V	M	E	K	P	L	G	T	S	L	A	T	S	Q	E	I	N	D	Q	V	G	E	Y	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																							.																							.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																							.																							.	.	.	.	.																								.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	I	S	D	I	P	V	L	D	N	V	P	A	X	L	N	Q	V	P	L	D	A	V	.	V	X	A	G	P	P	Q	L	H	F	E	X	G	L	L	A	X	S	K	G	V	N	.	.	.	.	.	V	F	V	E	K	P	P	C	A	T	L	E	E	L	E	T	L	I	D	A	A	R	R	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	S		S					S	S								S			S			.				S															T	T			.	.	.	.	.					S		S		S	S														.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																							.																							.	.	.	.	.																								.	.
Template SS confidence
							49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.						.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.			.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.				.	240	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.																																											.	.	.
Query SS confidence																															.	.																																											.	.	.
Query Sequence		E	E	C	Q	V	Y	R	I	D	H	Y	L	G	K	E	T	V	L	N	L	L	A	L	R	F	A	N	S	L	.	.	F	V	N	N	W	D	N	R	T	I	D	H	V	E	I	T	V	A	E	E	V	G	I	E	G	R	W	G	Y	F	D	K	A	G	Q	M	R	D	M	I	Q	N	.	.	.	H	L	L	Q
Query Conservation																															.	.																																											.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.																																											.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	V	V	S	G	V	G	X	N	F	K	F	A	R	P	V	R	Q	L	R	E	X	T	Q	V	D	E	F	G	E	T	L	H	I	Q	L	N	H	Y	A	N	K	P	R	A	P	L	W	G	L	D	S	T	L	R	S	F	L	L	A	Q	A	I	H	T	I	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T																							T	S	G	G	G																S	S			T	T		S										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	L	C	M	I	A	M	S	P	P	S	D	L	S	A	D	S	I	R	D	E	K	V	K	V	L	K	S	L	R	R	I	D	R	S	N	V	R	E	K	T	V	R	G	Q	Y	T	A	G	F	A	Q	G	K	K	V	P	G	Y	L	E	E	E	G	A	N	K	S	S	N	T	E	T	F	V	A	I	R	V	D
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	I	T	F	G	D	G	E	L	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Q	S	S	V	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	H	D	D	A	L	I	V	R	A	D	X	A
Template Known Secondary structure									S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	200	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	N	W	R	W	A	G	V	P	F	Y	L	R	T	G	K	R	L	P	T	K	C	S	E	V	V	V	Y	F	K	T	P	E	L	N	L	F	K	E	S	W	Q	D	L	P	Q	N	K	L	T	I	R	L	Q	P	D	E	G	V	D	I	Q	V	L	N	K	V	P	G	L	D	H	K	H	N	L	Q	I	T
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	S	.	.	.	.	G	A	T	A	S	L	L	A	G	T	S	F	P	Y	F	E	F	D	X	K	L	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	T	L	V	E	L	D	N	L	W	N	I	T	L	H	E	P	E	H	A	T	R	P	T	G	A	A	K	R	W	R	G
Template Known Secondary structure			T	T	.	.	.	.	S									S		S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S							T	T	T							T	T			B	T	T	T	B	S		T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		215	.	.					.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	D	L	S	Y	S	E	T	F	N	Q	T	H	L	A	D	A	Y	E	R	L	L	L	E	T	M	R	G	I	Q	A	L	F	V	R	R	D	E	V	E	E	A	W	K	W	V	D	S	I	T	E	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	W	Q	P	G	P	L	D	S	G	Y	E	R	S	G	Y	H	G	E	L	H	Q	F	F	Q	A	I	R	E	H	R	R	F	E	A	D	F	A	S	L	L	P	T	Y	R	V	I	E	E	I	C	S	A
Template Known Secondary structure							T	T			S	S	T	T	T	S														T	T				T	T	S	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.