Job Description P76472 Confidence 98.62% Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Rank 22 Aligned Residues 205 % Identity 24% Template d1ufaa2 SCOP info 7-stranded beta/alpha barrel Glycoside hydrolase/deacetylase AmyC N-terminal domain-like Resolution 2.20

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		23	.	.	.	.	.	.	30						.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	E	I	L	S	K	H	.	.	.	.	.	N	I	Q	A	S	I	F	F	S	V	G	P	D	N	M	G	R	H	L	W	R	L	V	K	P	Q	F	L	W	K	M	L	R	S	N	A	A	S	L	Y	G	W	D	I	L	L	A	G	T	A	W	P	G	K	E	I	G	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	I	R	V	L	E	R	L	R	A	E	G	V	E	A	P	F	T	L	G	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	L	A	E	Q	L	A	D	A	R	I	K	E	G
Template Known Secondary structure												T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
																																																			90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100		.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	D	I	I	R	E	A	A	K	H	.	H	E	V	G	L	H	A	W	D	H	H	A	W	Q	A	R	S	G	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.											.	.	.	.
Template Conservation																																																																									.	.	.	.
Template Sequence		F	W	A	Y	A	K	D	R	L	E	R	A	Q	G	D	Y	Q	R	Y	R	G	T	A	L	E	A	S	A	R	H	Q	V	A	F	W	E	L	T	L	D	H	F	Q	R	L	S	G	D	L	V	A	A	F	R	K	A	E	E	G	G	Q	V	E	L	I	T	S	N	A	T	H	.	.	.	.	G	Y	S	P	L
Template Known Secondary structure																					T	T	S	T	T																					T	T	T													T	S								T	T		.	.	.	.			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.					.	.	.	150	.
		120		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	.	D	R	Q	T	M	I	D	D	I	A	R	G	L	R	T	L	E	E	I	I	G	Q	P	V	T	C	S	A	A	A	G	W	R	A	D	Q	K	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	K	E	A	F	H	L	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation			.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	Y	D	E	A	L	W	A	Q	I	K	T	G	V	S	T	Y	R	R	H	F	A	K	D	P	T	G	F	W	L	P	E	X	A	Y	R	P	K	G	P	W	K	P	P	V	E	G	P	P	E	G	V	R	P	G	V	D	E	L	L	X	R	A	G	I	R	Y	T	F	V	D	A	H	L	V	Q	G	G	E
Template Known Secondary structure			S																					S	S				B				G	G	G		B			S						S	S	S	S	S															T	T														S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
			170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	N	S	D	C	R	G	A	M	P	F	R	P	L	L	E	S	G	N	P	G	T	A	Q	I	P	V	T	L	P	T	W	D	E	V	I	G	R	D	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																			.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		P	L	S	P	V	E	S	Q	E	A	T	Y	H	V	H	E	L	E	S	.	G	L	R	V	L	A	R	N	P	E	T	T	L	Q	V	W	S	A	D	Y	G	Y	P	G	E	G	L	Y	R	E	F	H	R	K	D	P	L	S	G	L	H	H	W	R	V	T	H	R	K	A	D	L	A	E	K	A	P	Y	D	P
Template Known Secondary structure										G	G	G	G	S					T	T	.	S						B											T	T	T	S	G	G	G	S	T	T	S	B		S	S				T	T	T										S	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
												210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.								.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.		.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.																									.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.																									.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	D	F	N	G	W	L	L	N	R	I	L	R	D	K	G	T	P	V	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	I	H	A	E	V	E	G	C	A	Y	Q	H	N	F	V	D	L	L	K	R	A	A	Q	E	.	G	V	T	F	C	P	L	S	E	L	L	S	E	T	L	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.									.	.	.														.
Template Conservation																																																	.	.	.
Template Sequence		E	A	A	F	A	K	T	E	E	H	A	R	H	F	V	G	L	L	E	R	L	A	G	R	H	P	E	G	V	I	L	S	P	Y	D	A	E	L	F	G	H	W	W	Y	E	G	V	.	.	.	A	W	L	E	A	V	L	R	L	L	A	Q	N	P	K	V	R	P	V	T	A	R	E	A	V	Q	G	P	A	V
Template Known Secondary structure																											T	T									G	G	G	B	T	T	T	B	T	T			.	.	.												T		S	S										T		S
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.				.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
		272	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	Q	V	V	R	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	T	A	L	P	E	G
Template Known Secondary structure							S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		396	.	.	.	400	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions