Job Description P76472 Confidence 98.96% Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Rank 19 Aligned Residues 209 % Identity 15% Template c2b5dX_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: X: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of the novel alpha-amylase amyc from thermotoga2 maritima Resolution 2.20 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30		.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	E	I	L	S	K	H	.	N	I	Q	A	S	I	F	F	S	V	G	P	D	N	M	G	R	H	L	W	R	L	V	K	P	Q	F	L	W	K	M	L	R	S	N	A	A	S	L	Y	G	W	D	I	L	L	A	G	T	A	W	P	G	K	E	I	G	H	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	M	M	F	D	E	I	E	D	F	R	L	T	M	S	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	P	L	M	E	M	L	S	S	R	D	L	Q	E	K	Y	E	R	H
Template Known Secondary structure									S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
																																																	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100		.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	D	I	I	R	E	A	A	K	H	.	H	E	V	G	L	H	A	W	D	H	H	A	W	Q	A	R	S	G	N	W	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.											.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.
Template Sequence		M	E	K	L	I	E	L	A	N	K	E	V	E	R	T	K	K	E	H	P	L	K	H	K	M	A	K	F	Y	R	E	H	F	E	K	I	L	N	V	F	R	S	Y	D	G	N	I	L	E	G	F	K	K	Y	Q	E	T	G	K	L	E	I	V	T	C	N	A	T	H	.	.	.	.	A	F	L	P	L	Y	Q
Template Known Secondary structure																T	T	T	S																									T	T	T		T											T	S								T	T		.	.	.	.	B		G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.					.	.	.	150	.	.	.
				122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.									.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure		.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	R	Q	T	M	I	D	D	I	A	R	G	L	R	T	L	E	E	I	I	G	Q	P	V	T	C	S	A	A	A	G	W	R	A	D	Q	K	V	I	E	A	K	E	A	F	H	L	R	Y	N	S	D	C	R	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	M	P	F	R	P	L	L	E	S	G	N	P	G	T	A
Query Conservation		.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	Y	P	E	V	V	N	A	Q	I	T	V	G	V	K	N	Y	E	K	H	M	K	K	H	P	R	G	I	W	L	A	E	C	G	Y	Y	Q	G	L	D	L	Y	L	A	Q	N	N	V	E	Y	F	F	V	D	S	H	A	F	W	F	A	D	E	Q	P	R	Y	G	V	Y	R	P	I	M	T	P	S	G	V	F
Template Known Secondary structure		T																					S	S			S					G	G	G		B		T	T								T	T								T					T	S	S	S			T	T	G	G	G	S					T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	I	P	V	T	L	P	T	W	D	E	V	I	G	R	D	V	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	F	A	R	D	P	E	S	S	E	Q	V	W	S	A	A	V	G	Y	P	G	D	P	R	Y	R	E	F	Y	R	D	I	G	F	D	R	E	M	E	Y	I	K	D	Y	I	D	P	S	G	V	R	I	N	T	G	I	K	Y	H	R	I	T	S	K	S	L	D	A	S	Q	K	E	Y	Y	D	I	D	L	A	M
Template Known Secondary structure							G	G	G		G	G	G	G		T	T	T	S	G	G	G		T	T	S	B		T	T							S						G	G	G	S		T	T	S						S				B	B			S	S		S		G	G	G			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
								210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.							.	.	.	.	.	.	230	.	.							.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.		.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																								.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																								.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	A	E	D	F	N	G	W	L	L	N	R	I	L	R	.	.	.	.	.	.	D	K	G	T	P	V	Y	T	I	.	.	.	.	.	.	H	A	E	V	E	G	C	A	Y	Q	H	N	F	V	D	L	L	K	R	A	A	Q	E	.	G	V	T	F	C	P	L	S	E	L	L	S	E	T	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.							.	.	.															.
Template Conservation																																																	.	.	.
Template Sequence		E	A	V	E	E	H	A	R	D	F	L	H	K	K	E	S	Q	A	R	R	L	M	D	I	M	G	V	E	P	V	I	V	A	P	F	D	A	E	L	F	G	H	W	W	F	E	G	.	.	.	V	F	F	L	K	R	F	F	E	L	V	N	E	S	K	D	L	K	L	V	T	A	S	E	V	I	D	T	L	E
Template Known Secondary structure																											S	S										G	G	G	B	T	T	T	B	T	T		.	.	.															S	S
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360				.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		271	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	G	Q	V	V	R	G	N	I	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	V	Q	I	A	T	P	A	D	S	S
Template Known Secondary structure					B					S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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