Job Description P0A6U3 Confidence 99.68% Date Thu Jan 5 11:03:55 GMT 2012 Rank 31 Aligned Residues 252 % Identity 24% Template d2bs2a2 SCOP info FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain Resolution 1.78

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.																												.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	F	D	V	I	I	I	G	G	G	H	A	G	T	E	A	A	M	A	A	A	R	M	G	Q	Q	T	L	L	L	T	H	N	I	D	T	L	G	Q	M	S	C	N	P	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	I	G	K	G
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	Y	C	D	S	L	V	I	G	G	G	L	A	G	L	R	A	A	V	A	T	Q	Q	K	G	L	S	T	I	V	L	S	L	I	P	V	K	R	S	H	S	A	A	A	Q	G	G	M	Q	A	S	L	G	N	S	K	M	S	D	G	D	N	E	D	L	H	F	M	D	T	V	K	G	S	D	W	G	C	D	Q
Template Known Secondary structure					S							S												T	T	T								S	S		G	G	G	S	G	G	G	G			S									S	G	G	G	T	T														T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		58	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	L	V	K	E	V	D	A	L	G	G	L	M	A	K	A	I	D	Q	A	G	I	Q	F	R	I	L	N	A	S	K	G	P	A	V	R	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	Q	A	D	R	V	L	Y	R	Q	A
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	V	A	R	M	F	V	N	T	A	P	K	A	I	R	E	L	A	A	W	G	V	P	W	T	R	I	H	K	G	D	R	M	A	I	I	N	A	Q	K	T	T	I	T	E	E	D	F	R	H	G	L	I	H	S	R	D	F	G	G	T	K	K	W	R	T	C	Y	T	A	D	A	T	G	H	T	M	L	F	A
Template Known Secondary structure																					T	T					B			S								S	S									G	G	G	T	T	S	B			B			T	T		S	S						S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.						.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	T	A	L	E	N	Q	P	N	L	M	I	F	Q	Q	A	V	E	D	L	I	V	E	N	D	R	V	V	G	A	V	T	Q	M	G	L	.	.	.	.	.	K	F	R	A	K	A	V	V	L	T	V	G	T	F	L	D	G	K	I	H	I	G	L	D	N	Y	S	G	G	R	A	G	D	P	P	S	I	P
Query Conservation																																							.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	A	N	E	C	L	K	L	G	V	S	I	Q	D	R	K	E	A	I	A	L	I	H	Q	D	G	K	C	Y	G	A	V	V	R	D	L	V	T	G	D	I	I	A	Y	V	A	K	G	T	L	I	A	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	G	R	I	Y	K	N	T	T	N	A	V	V	C	E	G
Template Known Secondary structure										T						S										T	T										T	T	T									S								.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G	S	S	S		S	S		T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.										.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	R	R	L	R	E	L	P	L	R	V	G	R	L	K	T	G	T	P	P	R	I	D	A	R	T	I	D	F	S	V	L	A	Q	Q	H	G	D	N	P	M	P	V	F	S	F	M	G	N	A	S	Q	H	P	Q	Q	V	P	C	Y	I	T	H	T	N	E	K	T	H	D	V	I	R	S	N	L	D	R	S
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	T	A	I	A	L	E	T	G	I	A	Q	L	G	N	M	G	G	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T	S	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	M	Y	A	G	V	I	E	G	V	G	P	R	Y	C	P	S	I	E	D	K	V	M	R	F	A	D	R	N	Q	H	Q	I	F	L	E	P	E	G	L	T	S	N	E	I	Y	P	N	G	I	S	T	S	L	P	F	D	V	Q	M	Q	I	V	R	S	M	Q	G	M	E	N	A	K	I	V	R	P	G	Y	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.											.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.									.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	E	Y	D	F	F	D	P	R	D	L	K	P	T	L	E	S	K	F	I	Q	G	L	F	F	A	G	Q	I	N	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	Y	E	E	A	A	A	Q	G	L	L	A	G	L	N	A	A	R	L	S	A	D	K	E	G	W	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	A
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	Y	R	G	E	A	.	K	L	K	G	L	F	S	A	G	E	A	A	C	W	D	M	H	G	F	N	R	L	G	G	N	S	V	S	E	A	V	V	A	G	M	I	V	G	E	Y	F	A	E	H	C	A	N	T	Q	V	D	L	E	T	K	T	L	E	K	F	V	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S	B		.	S	S	B	T					G	G	G					S	S	T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template SS confidence
												377	.	.	380	.	.	.		.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	S	Q	A	Y	L	G	V	L	V	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	E	A	Y	M	K	S	L	V	E
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.