Job Description P0A6U3 Confidence 99.37% Date Thu Jan 5 11:03:55 GMT 2012 Rank 115 Aligned Residues 186 % Identity 22% Template d1trba1 SCOP info FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains Resolution 2.00

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	D	P	F	D	V	I	I	I	G	G	G	H	A	G	T	E	A	A	M	A	A	A	R	M	G	Q	Q	T	L	L	L	T	H	N	I	D	T	L	G	Q	M	S	C	N	P	A	I	G	G	I	G	K	G	H	L	V	K	E	V	D	A	L	G	G	L	M	A	K	A	I	D	Q	A	G	I	Q	F	R	I
Query Conservation
Alig confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	H	S	K	L	L	I	L	G	S	G	P	A	G	Y	T	A	A	V	Y	A	A	R	A	N	L	Q	P	V	L	I	T	G	M	E	K	G	G	Q	L	T	T	T	T	E	V	E	N	W	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													S												T	T	T									S	S	T	T	G	G	G	G	G		S	B				S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	N	A	S	K	G	P	A	V	R	A	T	R	A	Q	A	D	R	V	L	Y	R	Q	A	V	R	T	A	L	E	N	Q	P	N	L	M	I	F	Q	Q	A	V	E	D	L	I	V	E	N	D	R	V	V	G	A	V	T	Q	M	G	L	K	F	R	A	K	A	V	V	L	T	V	G	T	F	L	D	G	K	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.																				.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.																				.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	P	N	D	L	T	G	P	L	L	M	E	R	M	H	E	H	A	T	K	F	.	E	T	E	I	I	F	D	H	I	N	K	V	D	L	Q	N	R	P	F	.	.	R	L	N	G	D	N	G	E	Y	T	C	D	A	L	I	I	A	T	G	A	S	A	R	Y	H	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			S	S		B															T	.	T														S	S	S	S		.	.					S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.																				.	.
Template SS confidence
												54	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.		.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.			.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	I	G	L	D	N	Y	S	G	G	R	A	G	D	P	P	S	I	P	L	S	R	R	L	R	E	L	P	L	R	V	G	R	L	K	T	G	T	P	P	R	I	D	A	R	T	I	D	F	S	V	L	A	Q	Q	H	G	D	N	P	M	P	V	F	S	F	M	G	N	A	S	Q	H	P	Q	Q	V	P	C	Y
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	N	T	A	I	F	E	G	Q	L	E	L	E	N	G	Y	I	K	V	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S		G	G	G	T	T	T	S				T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	H	T	N	E	K	T	H	D	V	I	R	S	N	L	D	R	S	P	M	Y	A	G	V	I	E	G	V	G	P	R	Y	C	P	S	I	E	D	K	V	M	R	F	A	D	R	N	Q	H	Q	I	F	L	E	P	E	G	L	T	S	N	E	I	Y	P	N	G	I	S	T	S	L	P	F	D	V	Q	M	Q
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.			.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		I	V	R	S	M	Q	G	M	E	N	A	K	I	V	R	P	G	Y	A	I	E	Y	D	F	F	D	P	R	D	L	K	P	T	L	E	S	K	F	I	Q	G	L	F	F	A	G	Q	I	N	G	T	T	G	.	.	Y	E	E	A	A	A	Q	G	L	L	A	G	L	N	A	A	R	L	S	A	D	K
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.																	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	H	G	N	A	T	Q	T	.	S	I	P	G	V	F	A	A	G	D	V	M	D	H	I	Y	R	Q	A	I	T	S	A	G	T	G	C	M	A	A	L	D	A	E	R	Y	L	D	G	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S		T	T	B		.	S	S	T	T					G	G	G	G		S	S	S																						T		.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
																													268	.	270	.	.	.	.	.	.		.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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