Job Description P13656 Confidence 99.40% Date Thu Jan 5 11:33:39 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 264 % Identity 18% Template c3qokA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative chitinase ii; PDBTitle: crystal structure of putative chitinase ii from klebsiella pneumoniae Resolution 2.60 Å

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		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.				600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.			.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.								.	.	.	.	.	.	650	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.																														.	.																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.																														.	.																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	H	V	Y	A	P	Y	V	D	F	T	L	N	T	.	.	.	I	P	D	L	A	A	L	A	K	N	H	N	V	N	H	F	T	L	A	F	V	V	S	K	D	A	N	T	C	.	.	L	P	T	W	G	T	A	Y	G	M	Q	N	Y	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	K	I	K	A	L	R	E
Query Conservation																	.	.	.																														.	.																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.									.	.	.																														.	.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.
Template Sequence		P	L	X	S	V	G	.	Y	F	N	G	G	G	D	V	T	A	G	P	G	G	D	I	D	K	L	D	V	R	Q	I	T	H	L	N	Y	S	F	G	L	I	Y	N	D	E	K	D	E	T	N	A	A	L	K	D	P	A	H	L	H	E	I	W	L	S	P	K	V	Q	A	D	L	Q	K	L	P	A	L	R	K
Template Known Secondary structure								.					S			S	S	S		S				G	G	G				T	T		S														T	T				G	G	G	G		G	G	G	T	T	S												T	T
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.		.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
				653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.				.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.					.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																										.	.	.																											.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																										.	.	.																											.	.	.	.
Query Sequence		.	.	A	G	G	D	V	M	L	S	I	G	G	A	N	N	A	P	L	A	A	S	C	K	N	V	D	.	.	.	D	L	M	Q	H	Y	Y	D	I	V	D	N	L	N	L	K	V	L	D	F	D	I	E	G	T	W	.	.	.	.	V	A	D	Q	A	S	I	E	R	R	N	L	A	V	K	K	V	Q	D	K
Query Conservation		.	.																										.	.	.																											.	.	.	.
Alig confidence		.	.																										.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	N	P	D	L	K	V	L	L	S	V	G	G	W	G	A	R	G	F	S	G	A	A	A	T	A	E	S	R	A	V	F	I	R	S	A	Q	K	I	I	Q	Q	Y	G	L	D	G	I	D	L	D	W	E	F	P	V	N	G	A	W	G	L	V	A	S	Q	P	A	D	R	D	N	F	T	A	L	L	K	S	L
Template Known Secondary structure				T	T										T	T								T	S	S																			T		S							S		T	T	T					T	S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		724	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.			.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.						.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.																						.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.																						.	.	.	.	.
Query Sequence		W	K	S	E	G	K	D	I	A	I	W	Y	T	L	P	I	L	P	T	G	L	T	P	E	G	M	N	V	L	S	D	.	.	A	K	A	K	G	V	E	L	A	G	V	N	V	M	T	M	D	Y	G	N	A	.	.	.	.	.	I	C	Q	S	A	N	T	E	G	Q	N	I	H	G	K	C	A	T	S	A	I
Query Conservation																																	.	.																						.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.						.	.																						.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	A	V	G	E	Q	K	L	V	T	I	A	V	G	A	N	A	E	.	.	.	.	.	.	.	S	P	K	S	W	V	D	V	K	A	V	A	P	V	L	N	Y	I	N	L	X	T	Y	D	X	A	Y	G	T	Q	Y	F	N	S	N	L	Y	D	S	S	H	W	P	T	V	A	A	A	D	K	Y	S	A	D
Template Known Secondary structure							S	S	S								S		T		.	.	.	.	.	.	.					T	S						G	G	G		S												T	T				S	S		S	S			S	S	S				S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.								200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
		797	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	810	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	L	H	S	Q	L	K	G	L	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	S	D	A	E	I	D	A
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	V	V	N	N	Y	L	A	A	G	L	K	P	S	Q	X	N	L	G	I	G	F	Y	G	R	V	P	K	R	A	V	E	P	G	I	D	W	T	K	A	D	A	Q	N	N	P	V	T	Q	P	Y	F	G	P	Q	Q	I	A	L	F	A	S	L	G	Y	D	L	S	K	D	T	Y	V	K	Y	N	D	I	V	G
Template Known Secondary structure											T			G	G	G							S						G	G	G	T	S		B			T	T	S	T	T	G	G	G	S		S	B															T	T			T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
		818	.	820	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	M	G	T	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	V	G	V	N	D	V	Q	G	E	V	F	Y	L	S	D	A	R	L	V	M	Q	D	A	Q	K	R	N	L	G	M	V	G	I	W	S	I	A	R	D
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	L	N	D	P	Q	K	R	F	T	E	H	W	D	D	E	A	K	V	P	W	L	S	V	Q	S	A	E	G	K	P	L	F	A	L	S	Y	E	N	.	.	.	.	.	.	.	P	R	S	V	A	I	K	A	D	Y	I	K	A	K	G	L	A	G	A	X	F	W	E	Y	G	A	D
Template Known Secondary structure			T	T	T		T	T									T	T	T	T									T	T	S											.	.	.	.	.	.	.															T		S							G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.								.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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