Job Description P0ABI8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:15:34 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 513 % Identity 38% Template c1m56G_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: G: PDB Molecule:cytochrome c oxidase; PDBTitle: structure of cytochrome c oxidase from rhodobactor2 sphaeroides (wild type) Resolution 2.30 Å

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		42	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.																									.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Y	L	W	K	E	W	L	T	S	V	D	H	K	R	L	G	I	M	Y	I	I	V	A	I	V	M	L	L	R	G	F	A	D	A	I	M	M	R	S	Q	Q	A	L	A	S	A	G	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	L	P	P	H
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	F	F	T	R	W	F	M	S	T	N	H	K	D	I	G	V	L	Y	L	F	T	G	G	L	V	G	L	I	S	V	A	F	T	V	Y	M	R	M	E	L	M	A	P	G	V	Q	F	M	C	A	E	H	L	E	S	G	L	V	K	G	F	F	Q	S	L	W	P	S	A	V	E	N	C	T	P	N	G	H
Template Known Secondary structure																																													S	S	S		S	S	S	B	S	G	G	G	T	S										T	S				G	G	G			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.						.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																									.																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Y	D	Q	I	F	T	A	H	G	V	I	M	I	F	F	V	A	M	P	F	V	I	.	G	L	M	N	L	V	V	P	L	Q	I	G	A	R	D	V	A	F	P	F	L	N	N	L	S	F	W	F	T	V	V	G	V	I	L	V	N	V	S	L	G	V	G	E	.	.	.	.	.	F	A	Q	T	G	W	L
Query Conservation																									.																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																									.																																													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	W	N	V	M	I	T	G	H	G	I	L	M	M	F	F	V	V	I	P	A	L	F	G	G	F	G	N	Y	F	M	P	L	H	I	G	A	P	D	M	A	F	P	R	M	N	N	L	S	Y	W	L	Y	V	A	G	T	S	L	A	V	A	S	L	F	A	P	G	G	N	G	Q	L	G	S	G	I	G	W	V
Template Known Secondary structure																		T						T	T	T	T	T	T	T	T						T		S	S		S																						G	G	G	S			T	T	T			S			S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Y	P	P	L	S	G	I	E	Y	S	P	G	V	G	V	D	Y	W	I	W	S	L	Q	L	S	G	I	G	T	T	L	T	G	I	N	F	F	V	T	I	L	K	M	R	A	P	G	M	T	M	F	K	M	P	V	F	T	W	A	S	L	C	A	N	V	L	I	I	A	S	F	P	I	L	T	V	T	V	A
Query Conservation
Alig confidence									.	.
Template Conservation									.	.
Template Sequence		L	Y	P	P	L	S	T	.	.	S	E	S	G	Y	S	T	D	L	A	I	F	A	V	H	L	S	G	A	S	S	I	L	G	A	I	N	M	I	T	T	F	L	N	M	R	A	P	G	M	T	M	H	K	V	P	L	F	A	W	S	I	F	V	T	A	W	L	I	L	L	A	L	P	V	L	A	G	A	I	T
Template Known Secondary structure				T	T				.	.				S	S																														S			T	T			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure									.	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180			.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	T	L	D	R	Y	L	G	T	H	F	F	T	N	D	M	G	G	N	M	M	M	Y	I	N	L	I	W	A	W	G	H	P	E	V	Y	I	L	I	L	P	V	F	G	V	F	S	E	I	A	A	T	F	S	R	K	R	L	F	G	Y	T	S	L	V	W	A	T	V	C	I	T	V	L	S	F	I	V	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		M	L	L	T	D	R	N	F	G	T	T	F	F	Q	P	S	G	G	G	D	P	V	L	Y	Q	H	I	L	W	F	F	G	H	P	E	V	Y	I	I	V	L	P	A	F	G	I	V	S	H	V	I	A	T	F	A	K	K	P	I	F	G	Y	L	P	M	V	Y	A	M	V	A	I	G	V	L	G	F	V	V	W
Template Known Secondary structure									S				S	S		G	G	G	T																																						T	S			T	T															T	T	S		G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	H	F	F	T	M	G	A	G	A	N	V	N	A	F	F	G	I	T	T	M	I	I	A	I	P	T	G	V	K	I	F	N	W	L	F	T	M	Y	Q	G	R	I	V	F	H	S	A	M	L	W	T	I	G	F	I	V	T	F	S	V	G	G	M	T	G	V	L	L	A	V	P	G	A	D	F	V	L	H
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	H	H	M	Y	T	A	G	L	S	L	T	Q	Q	S	Y	F	M	M	A	T	M	V	I	A	V	P	T	G	I	K	I	F	S	W	I	A	T	M	W	G	G	S	I	E	L	K	T	P	M	L	W	A	L	G	F	L	F	L	F	T	V	G	G	V	T	G	I	V	L	S	Q	A	S	V	D	R	Y	Y	H
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	T	T	S	S																T																T	T	S																														S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	L	F	L	I	A	H	F	H	N	V	I	I	G	G	V	V	F	G	C	F	A	G	M	T	Y	W	W	P	K	A	F	G	F	K	L	N	E	T	W	G	K	R	A	F	W	F	W	I	I	G	F	F	V	A	F	M	P	L	Y	A	L	G	F	M	G	M	T	R	R	L	S	Q	Q	I	D	P	Q	F
Query Conservation
Alig confidence																																																																																.
Template Conservation																																																																																.
Template Sequence		D	T	Y	Y	V	V	A	H	F	H	Y	V	M	S	L	G	A	V	F	G	I	F	A	G	I	Y	F	W	I	G	K	M	S	G	R	Q	Y	P	E	W	A	G	K	L	H	F	W	M	M	F	V	G	A	N	L	T	F	F	P	Q	H	F	L	G	R	Q	G	M	P	R	R	Y	I	D	Y	P	E	A	.	F
Template Known Secondary structure		T	B													T	T																		S																								S								T	T		B	S	S		S	S			S	T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																																.
Template SS confidence
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.		490
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.				.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure																																													.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.
Query Sequence		H	T	M	L	M	I	A	A	S	G	A	V	L	I	A	L	G	I	L	C	L	V	I	Q	M	Y	V	S	I	R	D	R	D	Q	N	R	D	L	T	G	D	P	W	.	.	.	G	G	R	T	L	E	W	A	T	S	S	P	P	P	F	Y	N	F	A	V	V	P	H	V	H	E
Query Conservation																																													.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.							.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.
Template Sequence		A	T	W	N	F	V	S	S	L	G	A	F	L	S	F	A	S	F	L	F	F	L	G	V	I	F	Y	T	L	T	R	G	A	R	.	.	.	V	T	A	N	N	Y	W	N	E	H	A	D	T	L	E	W	T	L	T	S	P	P	P	E	H	T	F	E	Q	L	P	K	R	E	D
Template Known Secondary structure																																				.	.	.			S	S		S	S		T	T			S	G	G	G	G	S		S	S			S	S	T	T	S	S				G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.
Template SS confidence
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.				.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.