Job Description P75835 Confidence 98.66% Date Thu Jan 5 12:14:49 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 434 % Identity 10% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.				30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.
Query Sequence		G	N	V	Q	E	K	Q	L	R	W	Y	N	I	A	L	M	S	F	I	T	V	W	G	F	G	N	V	.	.	.	V	N	N	Y	A	N	Q	G	L	V	V	V	F	S	W	V	F	I	F	A	L	Y	F	T	P	Y	A	L	I	V	G	Q	L	G	S	T	F	K	D	G	K	G	G	V	S	T	W	I	K	H
Query Conservation																													.	.	.
Alig confidence																													.	.	.																									.																	.	.
Template Conservation																																																								.																	.	.
Template Sequence		X	X	X	A	G	K	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	.	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	T	.	.	I	P	E	F	V	E	K
Template Known Secondary structure							S																	S					T									T		G	G	G														.					T							T	T			S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.																	.	.
Template SS confidence
		17	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.			.	.	.	90	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.
Query SS confidence																						.
Query Sequence		T	M	G	P	G	L	A	Y	L	A	A	W	T	Y	W	V	V	H	I	P	.	Y	L	A	Q	K	P	Q	A	I	L	I	A	L	G	W	A	M	K	G	D	G	S	L	I	K	E	Y	S	V	V	A	L	Q	G	L	T	L	V	L	F	I	F	F	M	W	V	A	S	R	G	M	K	S	L	K	I	V	G	S
Query Conservation																						.
Alig confidence																						.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	N	K	K	L	K	T	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L
Template Known Secondary structure			T																			T																	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T				S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.											.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.											.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	A	G	I	A	M	F	V	M	S	L	L	Y	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	A	V	T	A	P	A	I	T	E	V	H	I	A	T	T	N	I	T	W	E	T	F	I	P	H	I	D	F	T	Y	I	T	T	I	S	M	L	V	F	A	V	G	G	A	E	K	I	S	P	Y	V	N	Q	T
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	V	S	F	I	G	G	T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A
Template Known Secondary structure																		T	T	S														G	G	G	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G	G	S		T	T					S	T									T	T	T	T									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260											.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	P	G	K	E	F	P	K	G	M	L	C	L	A	V	M	V	A	V	C	A	I	L	G	S	L	A	M	G	M	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	S	R	N	I	P	D	D	L	M	T	N	G	Q	Y	Y	A	F	Q	K	L	G	E	Y	Y	N	M	G	N	T	L	M	V	I	Y	A	I
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	S	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F	L	K	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	V	V	F	A
Template Known Secondary structure		S	S																			G	G	G	T	T																						T	T			S					S	S	S	G	G	G							T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	N	T	L	G	Q	V	A	A	L	V	F	S	I	D	A	P	L	K	V	L	L	G	D	A	D	S	K	Y	I	P	A	S	L	C	R	T	N	A	S	G	T	P	V	N	G	Y	F	L	T	L	V	L	V	A	I	L	I	M	L	P	T	L	G	I	G	D	M	N	N	L	Y	K	W	L	L	N	L	N	S
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.										.
Template Conservation																							.	.	.										.
Template Sequence		A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S	T	A	T	I	F	.	.	.	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	.	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G
Template Known Secondary structure																							.	.	.				T						.		S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S											T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.										.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	M	P	L	R	Y	L	W	V	F	V	A	F	I	A	V	V	R	L	A	Q	K	Y	K	P	E	Y	V	F	I	R	N	K	P	L	A	M	T	V	G	I	W	C	F	A	F	T	A	F	A	C	L	T	G	I	F	P	K	M	E	A	F	T	A	E	W	T	F	Q	L	A	L	N	V	A	T	P	F	V
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	T	T	S	K	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	.	.	.	.	.	.	T	L	L	F
Template Known Secondary structure		T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T																						T	S	S	S											.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.							.	.	.	.
		459	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	G	L	G	L	I	F	P	L	L	A	R	K	A	N	S	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D
Template Known Secondary structure												T	T		S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.