Job Description P00963 Confidence 98.07% Date Thu Jan 5 10:57:25 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 278 % Identity 26% Template c1efwA_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:aspartyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of aspartyl-trna synthetase from thermus2 thermophilus complexed to trnaasp from escherichia coli Resolution 3.00 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	K	T	A	Y	I	A	K	Q	R	Q	I	S	F	V	K	S	H	F	S	R	Q	L	E	E	R	L	G	L	I	E	V	Q	A	P	I	L	S	R	V	G	D	G	T	Q	D	N	L	S	G	C	E	K	A	V	Q	V	K	V	K	A	L	P	D	A	Q	F	E	V	V	H	S	L	A	K	W	K	R	Q	T
Query Conservation
Alig confidence																									.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	R	R	M	Q	E	N	L	R	L	R	H	R	V	I	K	A	I	W	D	F	L	.	D	R	E	G	F	V	Q	V	E	T	P	F	L	T	K	S	T	P	E	G	.	.	.	.	.	.	.	A	R	D	F	L	V	P	Y	R	H	E	P	G	L	F	Y	A	L	P	Q	S	P	Q	L	F	K	Q	M	L
Template Known Secondary structure		T	S																						.			T	T								S	S	B				S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	S								T	T	S	T	T							S		S
Template Predicted Secondary structure																									.																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.								.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	G	Q	H	D	F	S	A	G	E	G	L	Y	T	H	M	K	A	L	R	P	D	E	D	R	L	S	P	L	H	S	V	Y	V	D	Q	W	D	W	E	R	V	M	G	D	G	E	R	Q	F	S	T	L	K	S	T	V	E	A	I	W	A	G	I	K	A	T	E	A	A	V	S	E	E	F	G	L	A	P	F
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.															.				.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.															.				.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	V	.	.	.	.	A	G	L	D	R	Y	F	Q	I	A	R	C	F	R	.	D	E	D	.	L	R	A	D	R	Q	P	D	F	T	Q	L	D	L	E	M	S	F	V	E	V	E	D	V	L	E	L	N	E	R	L	M	A	H	V	F	R	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	V	E
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	T	T													.		S		.			S	S			S											S																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.															.				.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		208	.					210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.		.	.	.		.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.													.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	D	Q	I	H	F	V	H	S	Q	E	L	L	S	R	Y	P	D	L	D	A	K	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	L	P	F	P	R	L	S	Y	E	E	A	M	E	R	Y	G	S	D	K	P	D	L	R	F	G	L	E	L	K	E	V	G	P	L	F	R	Q	S	G	F	R	V	F	Q	E	A	E	S	V	K	A	L	A	L	P	K	A	L	S	R	K	E	V	A	E	L	E	E	V	A	K	R	H	K	A	Q	G	L
Template Known Secondary structure				S	S														S	S	S	S			T	T	S						B		G	G	G	G	T	T		S						T		S								S	S																	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																													186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	A	I	A	K	D	L	G	A	V	F	L	V	G	I	G	G	K	L	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	W	A	R	V	E	E	G	G	F	S	G	G	V	A	K	F	L	E	P	V	R	E	A	L	L	Q	A	T	E	A	R	P	G	D	T	L	L	F	V	A	G	P	R	K	V	A	A	T	A	L	G	A	V	R	L	R	A	A	D	L	L	G	L	K	R	E	G	F	R	F	L	W	V	V	D	F	P	L	L
Template Known Secondary structure								T	T				S	T	T					G	G	G									T			T	T									S																				T					S										B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		207	.										.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.						.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	R	H	D	V	R	A	P	D	Y	D	D	W	S	T	P	S	E	L	G	H	A	G	L	N	G	D	I	L	.	.	.	.	.	V	W	N	P	V	L	E	D	A	F	E	L	S	S	M	G	I	R	V	D	A	.	D	T	L	K	H	Q	L	A	L	T	G	D	E
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.																						.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.									.													.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		E	W	D	E	E	E	E	A	W	T	Y	M	H	H	P	F	T	S	P	H	P	E	D	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	K	D	P	G	R	V	R	A	L	A	Y	D	L	V	L	N	G	.	V	E	V	G	G	G	S	I	R	I	H	D	P	R	L	Q	A	R	V	F	R	L	L	G	I	G
Template Known Secondary structure						S	S		S				S	S		T	T	B		B		T	T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	S		B	B	S	B						T	T	.							B	B	B			S											T	T
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.									.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.		.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		272	.				.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.
Query SS confidence				.	.	.
Query Sequence		D	R	.	.	.	L	E	L	E	W	H	Q	A	L	L	R	G	E	M	P	Q	T	I	G	G	G	I	G	Q	S	R	L	T	M	L	L	L	Q	L	P	H	I	G	Q	V
Query Conservation				.	.	.
Alig confidence				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	E	Q	R	E	K	F	G	F	F	L	E	A	L	E	Y	G	A	P	P	H	G	G	I	A	W	G	L	D	R	L	L	A	L	M	T	G	S	P	S	I	R	E	V
Template Known Secondary structure																G	G	G	T			S																	T		S	S	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.