Job Description P24169 Confidence 99.08% Date Thu Jan 5 11:40:44 GMT 2012 Rank 232 Aligned Residues 275 % Identity 13% Template d2hoxa1 SCOP info PLP-dependent transferase-like PLP-dependent transferases AAT-like Resolution 1.40

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		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.								190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.									.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	I	A	Q	Q	H	A	A	K	V	F	N	A	.	.	.	.	.	.	.	D	K	T	Y	F	V	L	N	G	T	S	S	S	N	K	V	V	L	N	A	L	L	T	P	G	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	F	D	R	N	N	H	K	S	N	H	H	G	A	L	L	Q	A	G	A	T	P	V	Y
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		F	E	L	E	K	T	I	K	E	L	H	E	V	V	G	N	A	A	A	K	D	R	Y	I	V	F	G	V	G	V	T	Q	L	I	H	G	L	V	I	S	L	S	P	N	M	T	A	T	P	D	A	P	E	S	K	V	V	A	H	A	P	F	Y	P	V	F	R	E	.	Q	T	K	Y	F	D	K	K	G	Y	V
Template Known Secondary structure																T		B			T	T							S														S			T	T	T		T	T	S									S	S								.					S			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170		.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.		.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure																																																				.
Query SS confidence																																																				.
Query Sequence		L	E	T	A	R	N	P	Y	G	F	I	G	G	I	D	A	H	C	F	E	E	S	Y	L	R	E	L	I	A	E	V	A	P	Q	R	A	K	E	A	R	P	F	R	L	A	V	I	Q	L	G	.	T	Y	D	G	T	I	Y	N	A	R	Q	V	V	D	K	I	G	H	L	C	D	Y	I	L	F	D	S	A	W
Query Conservation																																																				.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	A	G	N	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	V	N	V	S	N	P	E	Q	Y	I	E	M	V	T	S	P	N	N	P	E	G	L	L	R	H	.	.	.	.	.	.	.	A	V	I	K	G	C	K	S	I	Y	D	M	V	Y
Template Known Secondary structure						G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T	T		S		G	G	G							S	S		T	T	T						.	.	.	.	.	.	.		S	S	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.																											.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.								.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.		.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		V	G	Y	E	Q	F	I	P	M	M	A	D	C	S	P	L	L	L	D	L	N	E	N	D	P	G	I	L	V	T	Q	S	V	H	K	Q	Q	A	.	G	F	S	Q	T	S	Q	I	H	K	K	D	S	H	I	K	G	Q	Q	R	Y	V	P	H	K	R	M	N	N	A	F	M	M	H	A	S	T	S	P	F	Y
Query Conservation																																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.												.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	Y	W	P	H	Y	T	P	I	K	Y	K	A	D	E	D	.	.	.	.	I	L	L	F	T	M	S	K	F	T	G	H	S	G	S	R	F	G	W	A	L	I	K	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	Y	N	N	L	L	N	Y	M	T	K	N	T	E	G	T	P	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.		S	T	T	T	S				S		B			S	.	.	.	.										T	S		G	G	G											.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.					.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.										.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
		400								.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	.	.	.	.	.	.	.	L	F	A	A	L	N	I	N	A	K	M	H	E	G	V	S	G	R	N	M	W	M	D	C	V	V	N	G	I	N	A	R	K	L	I	L	D	N	C	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	P	F	V	P	E	L	V	D	G	K	P	W
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.																.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	T	Q	L	R	S	L	K	V	L	K	E	V	V	A	M	V	K	T	Q	K	G	T	.	M	R	D	L	N	T	F	G	F	K	K	L	R	E	R	W	V	N	I	T	A	L	L	D	Q	S	D	R	F	S	Y	Q	E	L	P	Q	S	E	Y	C	N	Y	F	R	R	M	R	P	P	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																						T	T	S	.	T	T	S																					T	T	S	S	S								S					T	T	T	T						.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.																																																		.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	S	Y	E	T	A	Q	I	A	V	D	L	R	F	F	Q	F	V	P	G	E	H	W	H	S	F	E	G	Y	A	E	N	Q	Y	F	V	D	P	C	K	L	L	L	T	T	P	G	I	D	A	R	N	G	E	Y	E	A	F	G	V	P	A	T	I	L	A	N	F	L	R	E	N	G	V	V	P	E	K	C	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	S	Y	A	W	V	K	C	E	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	K	D	C	Y	Q	T	F	Q	N	G	R	I	N	T	Q	N	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S								S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		S								T	T						G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																						360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.													.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
		536	.	.	.				540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.
Query SS confidence						.	.	.
Query Sequence		L	N	S	I	.	.	.	L	F	L	L	T	P	A	E	D	M	A	K	L	Q	Q	L	V	A	L	L	V	R	F
Query Conservation						.	.	.
Alig confidence						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	E	A	S	S	R	Y	V	R	L	S	L	I	K	T	Q	D	D	F	D	Q	L	M	Y	Y	L	K	D	M
Template Known Secondary structure		G	G	T	S		T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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