Job Description P42640 Confidence 98.54% Date Thu Jan 5 12:02:01 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 253 % Identity 18% Template d1y6va1 SCOP info Alkaline phosphatase-like Alkaline phosphatase-like Alkaline phosphatase Resolution 1.60

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		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240					.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.								.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	R	D	T	G	I	D	T	Y	V	L	I	V	G	E	S	V	R	V	D	N	M	S	L	.	.	.	.	Y	G	Y	T	R	S	T	T	P	Q	V	E	A	Q	R	K	Q	I	K	L	F	N	Q	A	I	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	P	Y	T	A	L	S	V	P	L	S	L	T	A	D	S	V
Query Conservation																											.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	S	D	K	P	A	K	N	I	I	L	L	I	G	D	G	M	G	D	S	E	I	T	A	A	R	N	Y	A	E	G	A	G	G	F	F	K	G	I	D	A	L	P	L	T	G	Q	Y	T	H	Y	A	L	N	K	K	T	G	K	P	D	Y	V	T	D	S	A	A	S	A	T	A	W	S	T	G	V	K	T
Template Known Secondary structure		T				S			S								T	T														T		T	T				T	T	G	G	G		S												T	T	T		S			S	S													S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
		285	.						.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	.	.	.	.	.	H	D	I	H	N	Y	P	D	N	I	I	N	M	A	N	Q	A	G	F	Q	T	F	W	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	N	G	A	L	G	V	D	I	H	E	K	D	H	P	T	I	L	E	M	A	K	A	A	G	L	A	T	G	N	V	S	T	A	E	L	Q	D	A	T	P	A	A	L	V	A	H	V	T	S	R	K	C	Y	G	P	S	A	T	S	E	K	C	P	G	N	A	L	E	K	G	G	K	G	S	I	T	E	Q	L
Template Known Secondary structure		B	T	T		B	S	B		T	T			B											T	T											T	T	S					T	T	T			B	S		T	T			S									T	T	T		G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
																																																										312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	S	A	F	R	Q	N	G	T	A	V	T	S	I	A	M	R	A	M	E	T	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	A	R	A	D	V	T	L	G	G	G	A	K	T	F	A	E	T	A	T	A	G	E	W	Q	G	K	T	L	R	E	Q	A	Q	A	R	G	Y	Q	L	V	S	D	A	A	S	L	N	S	V	T	E	A	N	Q	Q	K	P	L	L	G	L	F	A	D	G	N	M	P	V	R	W	L	G	P	K	A	T	Y
Template Known Secondary structure							S								G	G	G	G	S	B	B	S	S	S	T	T	B	T	S	B								T	T						S											S	S	S	S							S	S	S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		196	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
																			334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	V	R	G	F	D	E	L	L	L	P	H	L	S	Q	A	L	Q	Q	N	T	Q	Q	K	K	L	I	V	L	H	L	N	G	S	H	E	P	A	C	S	A	Y	P	Q	S	S	A	V	F	Q	P	Q	D	D	Q	D	A	C	Y	D	N	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	G	N	I	D	K	P	A	V	T	C	T	P	N	P	Q	R	N	D	S	V	P	T	L	A	Q	M	T	D	K	A	I	E	L	L	S	K	N	.	E	K	G	F	F	L	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	A	S	I	D	K	Q	D	H	A	A	N	P	C	G	Q	I	G	E
Template Known Secondary structure		T					S			B						T	T	S		T	T	S															T	T		.	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T								T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.		.	.	.	.	.	.	320	.														.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.		.	.	.	.	.	420	.	.	.	.				.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.											.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.											.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	H	Y	T	D	S	L	L	G	Q	V	F	E	L	L	K	D	R	.	R	A	S	V	M	Y	F	A	D	H	.	.	.	G	L	E	R	D	P	T	K	K	N	V	Y	F	H	G	G	R	E	A	S	Q	Q	A	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	M	F	I
Query Conservation																				.											.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.											.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	D	L	D	E	A	V	Q	R	A	L	E	F	A	K	K	E	G	N	T	L	V	I	V	T	A	D	H	A	H	A	S	Q	I	V	A	P	D	T	K	A	P	G	L	T	Q	A	L	N	T	K	D	G	A	V	M	V	M	S	Y	G	N	S	E	E	D	S	Q	E	H	T	G	S	Q	L	R	I	A	A
Template Known Secondary structure																				S	S								S	S	B		S						T	T				S	S								T	T	S	S								S		S	S	S	S				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	Y	S	P	V	L	G	D	G	V	D	R	T	T	E	N	N	I	F	S	T	A	Y	N	N	Y	L	I	N	A	W	M	G	V	T
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	G	P	H	A	.	.	.	.	.	.	.	A	N	V	V	G	L	T	D	Q	T	D	L	F	Y	T	M	K	A	A	L	G	L	K
Template Known Secondary structure			S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	S																T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.								.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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