Job Description P42640 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 12:02:01 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 245 % Identity 16% Template c3m8yC_ PDB info PDB header:isomerase Chain: C: PDB Molecule:phosphopentomutase; PDBTitle: phosphopentomutase from bacillus cereus after glucose-1,6-bisphosphate2 activation Resolution 2.10 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.				.	.	.	.	.	.	240	.	.	.														.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	D	T	Y	V	L	I	V	G	E	S	V	.	.	.	R	V	D	N	M	S	L	Y	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	S	T	T	P	Q	V	E	A	Q	R	K	Q	I	K	L	F	N	Q	A	I	S	G	A	P	Y	T	A	L	S	V	P	L	S	L	T	A	D	S	V
Query Conservation															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	K	R	I	F	L	V	V	M	D	S	V	G	I	G	E	A	P	D	A	E	Q	F	G	D	L	G	S	D	T	I	G	H	I	A	E	H	M	N	G	L	Q	M	P	N	M	V	K	L	G	.	.	.	.	.	L	G	N	I	R	E	M	K	G	I	S	K	V	E	K	P	L	G	Y	Y	T	K	M	Q
Template Known Secondary structure				S								T	T				S	B		T	T	T	T	T	T	T		T	T												T	S										T	.	.	.	.	.							B	T	T	B				S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.						.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	S	H	D	I	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	D	N	I	I	N	M	A	N	Q	A	G	F	Q	T	F	W	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	S	T	G	K	D	M	T	G	H	W	E	I	M	G	L	Y	I	D	T	P	F	Q	V	F	P	E	G	F	P	K	E	L	L	D	E	L	E	E	K	T	G	R	K	I	I	G	N	K	P	A	S	G	T	E	I	L	D	E	L	G	Q	E	Q	M	E	T	G	S	L	I	V	Y	T	S	A	D	S	V
Template Known Secondary structure				S	S											T	T					S						T	T															S																																		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
																																																																										312	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	S	A	F	R	Q	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	I	A	A	H	E	E	V	V	P	L	D	E	L	Y	K	I	C	K	I	A	R	E	L	T	L	D	E	K	Y	M	V	G	R	V	I	A	R	P	F	V	G	E	P	G	N	F	T	R	T	P	N	R	H	D	Y	A	L	K	P	F	G	R	T	V	M	N	E	L	K	D	S	D	Y	D	V	I	A	I
Template Known Secondary structure								T	T	T	S																T	T	S	G	G	G			S											T	T						S										S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	T	A	V	T	S	I	A	M	R	A	M	E	T	V	Y	V	R	G	F	D	E	L	L	L	P	H	L	S	Q	A	L	Q	Q	N	T	Q	Q	K	K	L	I	V	L	H	L	N	G	S	H	E	P	A	C	S	A	Y	P	Q	S	S	A	V	F	Q	P	Q	D	D	Q	D	A	C	Y	D	N	S	I	H	Y
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	K	I	S	D	I	Y	D	G	E	G	V	T	E	S	L	R	T	K	S	N	M	D	G	M	D	K	L	V	D	T	L	N	M	.	.	D	F	T	G	L	S	F	L	N	L	V	D	F	D	A	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	R	R	D	P	Q	G	Y	G	E	A	L	Q	E
Template Known Secondary structure		T	T					T	T	T	T	T		S						S	S													T	S	.	.																T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.			.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.													290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	S	L	L	G	Q	V	F	E	L	L	K	D	R	R	A	S	V	M	Y	F	A	D	H	G	L	E	R	D	P	T	K	K	N	V	Y	F	H	G	G	R	E	A	S	Q	Q	A	Y	H	V	P	M	F	I	W	Y	S	P	V	L	G	D	G	V	D	R	T	T	E	N	N	I	F	S	T	A	Y	N	N
Query Conservation
Alig confidence															.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation															.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Sequence		Y	D	A	R	L	P	E	V	F	A	K	L	K	.	E	D	D	L	L	L	I	T	A	D	H	G	N	D	P	I	H	P	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	T	R	E	Y	V	P	L	L	A	Y	S	P	S	M	K	E	G	G	.	.	.	Q	E	L	P	L	R	Q	T	F	A	D	I	G
Template Known Secondary structure				T	T										.	T	T								S	S	B			T	T	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B		B									T	T		T	T			.	.	.		B				B	S	S	T
Template Predicted Secondary structure															.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.		.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.											.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.				.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	I	N	A	W	M	G	V	T	K	P	E	Q	P	Q	T	L	E	E	V
Query Conservation
Alig confidence															.	.
Template Conservation															.	.
Template Sequence		A	T	V	A	E	N	F	G	V	K	M	P	E	.	.	Y	G	T	S	F	L
Template Known Secondary structure									T					S	.	.	S					S
Template Predicted Secondary structure															.	.
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.			.	.	.	.	.	.

---

Phyre is for academic use only

Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions