Job Description P42640 Confidence 98.43% Date Thu Jan 5 12:02:01 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 249 % Identity 10% Template c2w0yB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:alkaline phosphatase; PDBTitle: h.salinarum alkaline phosphatase Resolution 1.7 Å

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		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.				.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query Sequence		T	G	I	D	T	Y	V	L	I	V	G	E	S	V	R	V	D	N	M	S	L	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	R	S	T	T	P	Q	V	E	A	Q	R	K	Q	I	K	L	F	N	Q	A	I	.	.	.	S	G	A	P	Y	T	A	L	S	V	P	L	S	L	T
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	P	A	A	N	A	I	A	Y	I	V	D	G	M	G	Q	T	Q	I	S	A	A	R	Y	L	N	A	Y	K	T	A	P	E	R	F	P	L	N	V	S	P	A	E	T	P	T	G	F	D	A	F	S	S	R	G	S	M	T	T	F	P	D	D	P	Y	E	T	T	T	D	S	A	A	A	A	T	A	F	A	S
Template Known Secondary structure			S		S								T	T																			T	T	T	T	T	G	G	G	S	T	T	T	S			T	G	G	G	S	S												S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290										.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	D	S	V	L	S	H	D	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	P	D	N	I	I	N	M	A	N	Q	A	G	F	Q	T	F	W	L	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	K	T	Y	N	G	A	I	G	G	V	Q	T	S	G	G	G	F	Q	R	V	D	T	V	L	E	R	A	S	A	Q	G	Y	A	T	G	L	I	T	T	T	E	A	T	H	A	T	P	A	A	F	A	A	H	V	E	D	R	G	N	Q	T	E	I	A	R	Q	Y	I	E	E	T	Q	P	D	V	I	L	G
Template Known Secondary structure		S					T	T		B	S					T	T	T																T											T	T	S										B	S	S	T	T												T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
																																										312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	S	A	F	R	Q	N	G	T	A	V	T	S	I	A	M	R	A	M	E	T	V	Y	V	R	G	F	D	E	L	L	L	P	H	L	S	Q	A	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	R	R	D	F	E	A	D	A	S	N	G	G	T	L	V	D	A	A	R	D	N	G	Y	T	I	A	E	T	A	A	E	L	D	A	V	D	D	P	P	V	L	G	L	F	S	Q	E	S	H	L	D	Y	Y	L	D	R	K	N	D	P	E	N	T	Q	P	N	L	D	A	M	V	D	A	G	V	D	L	L
Template Known Secondary structure				G	G	G	G	G	S	B		T	T	S	S	B								T	T						S									S	S								S	S	S												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.			.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.				.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.												.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.												.	.	.
Query Sequence		Q	Q	N	T	Q	Q	K	K	L	I	V	L	H	L	N	G	S	H	E	P	A	C	S	A	Y	P	Q	S	S	A	V	F	Q	P	Q	D	D	Q	D	A	C	Y	D	N	S	I	H	Y	T	D	S	L	L	G	Q	V	F	E	L	L	K	D	.	.	R	R	A	S	V	M	Y	F	A	D	H	.	.	.	G	L
Query Conservation																																																																.	.												.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																			.	.												.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Sequence		S	G	D	P	D	K	G	F	F	L	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	S	G	R	V	D	H	A	G	H	A	N	Y	P	A	Q	V	A	.	.	E	Q	Y	E	A	T	Q	V	A	G	Q	L	V	E	Y	A	E	T	T	A	E	P	T	F	L	V	S	T	G	D	H	E	C	G	G	L
Template Known Secondary structure					S	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T		T	T				.	.																				S	S									S	S			S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.													.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.			.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.																																																																	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	R	D	P	T	K	K	N	V	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	G	R	E
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	G	R	D	S	P	Y	E	V	E	Y	D	V	L	A	A	Q	K	A	T	T	S	R	L	R	D	L	L	A	G	V	R	S	A	D	E	L	E	S	I	V	A	A	H	T	G	I	T	A	L	T	D	R	E	V	A	K	L	R	D	A	P	G	S	I	S	T	I	L	A	E	R	A	G	I	A	F	T	T
Template Known Secondary structure		B	S	S		S	S		S									T			S										T	T															S	S																G	G	G										T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	Q	Q	A	Y	H	V	P	M	F	I	W	Y	S	P	V	L	G	D	G	V	D	R	T	T	E	N	N	I	F	S	T	A	Y	N	N	Y	L	I	N	A	W	M	G	V	T
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	H	T	G	T	D	V	P	V	F	A	H	G	P	N	A	.	.	.	.	.	.	.	A	R	F	D	A	A	R	D	N	T	A	V	A	D	A	L	A	A	A	L	G	V	S
Template Known Secondary structure		S	S												S	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	S	S				T	T											T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.								450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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