Job Description P42640 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 12:02:01 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 243 % Identity 14% Template c2i09A_ PDB info PDB header:isomerase Chain: A: PDB Molecule:phosphopentomutase; PDBTitle: crystal structure of putative phosphopentomutase from streptococcus2 mutans Resolution 2.00 Å

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		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.							.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	I	D	T	Y	V	L	I	V	G	E	S	V	.	.	.	.	.	.	R	V	D	N	M	S	L	Y	G	Y	T	R	S	T	T	P	Q	V	E	A	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	I	K	L	F	N	Q	A	I	S	G	A	P	Y	T	A	L	S
Query Conservation																.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	F	N	R	I	H	L	V	V	L	D	S	V	G	I	G	A	A	P	D	A	N	N	F	S	N	A	G	V	P	D	G	A	S	D	T	L	G	H	I	S	K	T	V	G	L	N	V	P	N	M	A	K	I	G	L	G	N	I	P	R	D	T	P	L	K	T	V	P	A	E	N	H	P	T	G	Y	V	T
Template Known Secondary structure					S								T	T				S	B		T	T	G	G	G	S			T	T			G	G	G											T											T	G	G	G	S			S	S			T	T					S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		275	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	L	S	L	T	A	D	S	V	L	S	H	D	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	E	E	V	S	L	G	K	D	T	M	T	G	H	W	E	I	M	G	L	N	I	T	E	P	F	D	T	F	W	N	G	F	P	E	E	I	I	S	K	I	E	K	F	S	G	R	K	V	I	R	E	A	N	K	P	Y	S	G	T	G	E	L	I	I	Y	T	S	A	D	P	V	L	Q	I	A	A	H	E
Template Known Secondary structure							S	S			S									T	T				S	S						T	T															S			B		G	G	G		S	B							B						S	S	S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
																																													291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	P	D	N	I	I	N	M	A	N	Q	A	G	F	Q	T	F	W	L	S	S	Q	S	A	F	R	Q	N	G	T	A	V	T	S	I	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	I	P	L	D	E	L	Y	R	I	C	E	Y	A	R	S	I	T	L	E	R	P	A	L	L	G	R	I	I	A	R	P	T	A	N	R	H	D	Y	A	L	S	P	F	A	P	T	V	L	N	K	L	A	D	A	G	V	S	T	Y	A	V	G	K	I	N	D	I	F	N	G	S	G	I	T	N	D	M	G
Template Known Secondary structure		T	T	S																	S	S	T	T	S			S																		S	S										T	T							T	T					T	T	T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	A	M	E	T	V	Y	V	R	G	F	D	E	L	L	L	P	H	L	S	Q	A	L	Q	Q	N	T	Q	Q	K	K	L	I	V	L	H	L	N	G	S	H	E	P	A	C	S	A	Y	P	Q	S	S	A	V	F	Q	P	Q	D	D	Q	D	A	C	Y	D	N	S	I	H	Y	T	D	S	L	L	G	Q	V
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	S	N	S	H	G	V	D	T	L	I	K	T	M	G	L	S	A	F	T	K	G	F	S	F	T	N	L	V	D	F	D	A	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	R	R	N	A	H	G	Y	R	D	C	L	H	E	F	D	E	R	L	P	E	I
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.		S	S															S	S			S														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		265									.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.													.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	E	L	L	K	D	R	R	A	S	V	M	Y	F	A	D	H	G	L	E	R	D	P	T	K	K	N	V	Y	F	H	G	G	R	E	A	S	Q	Q	A	Y	H	V	P	M	F	I	W	Y	S	P	V	L	G	D	G	V	D	R	T	T	E	N	N	I	F	S	T	A	Y	N	N	Y	L	I	N	A	W	M	G
Query Conservation
Alig confidence							.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation							.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template Sequence		I	A	A	M	K	.	V	D	D	L	L	L	I	T	A	D	H	G	N	D	P	T	Y	A	G	T	D	H	T	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	P	L	L	A	Y	S	P	S	F	.	.	.	.	.	T	G	N	G	V	L	P	V	G	H	Y	A	D	I	S	A	T	I	A	D	N	F	G
Template Known Secondary structure				T			.	T	T								S	S	B			T	T	S	S	S	S	S		B		B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T		.	.	.	.	.	S										T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure							.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.											.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.						.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		488	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	K	P	E	Q	P	Q	T	L	E	E	V
Query Conservation
Alig confidence							.	.
Template Conservation							.	.
Template Sequence		V	D	T	A	M	.	.	I	G	E	S	F	L
Template Known Secondary structure						S	.	.	S
Template Predicted Secondary structure							.	.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.			.	.	.	.	.	.

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions