Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 511 % Identity 16% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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		51	.	.	.	.	.	.	.			.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.
Query SS confidence										.	.
Query Sequence		P	K	G	G	Q	I	T	L	.	.	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G
Query Conservation										.	.
Alig confidence										.	.																																			.																				.
Template Conservation																																														.																				.
Template Sequence		E	R	N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	.	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	.	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	T	T	B	T	T	T	B			S					T	.	T	T	T					S	S									T	T	.								S	S		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																														.																				.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.		.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.		.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.		.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.				.	.
Predicted Secondary structure																										.																									.																										.	.	.
Query SS confidence																										.																									.																										.	.	.
Query Sequence		S	P	I	T	A	R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	.	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	.	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	L	S	D	.	.	.	P	L
Query Conservation																										.																									.																										.	.	.
Alig confidence																										.																									.																										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	L	T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	N	T	P	I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A
Template Known Secondary structure			B																	T	T	S	T	T	G	G	G	G	G	T									T	T							S	S																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R
Query Conservation
Alig confidence																				.																	.	.
Template Conservation																				.																	.	.
Template Sequence		N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	.	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	.	.	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K	G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K
Template Known Secondary structure			S	S				S	S	S								T	T	.								T	T								.	.							S								S												T	S						S			T	T
Template Predicted Secondary structure																				.																	.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.			.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Template Sequence		K	A	Y	G	I	V	T	.	.	.	.	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N	P	A	G	I	L	P	L	P	G	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T			B		.	.	.	.	S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S					T	T				S	S			.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.																																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		258	.	260	.	.	.	.					.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.			.	.	.	440
Predicted Secondary structure																																																							.																					.	.
Query SS confidence																																																							.																					.	.
Query Sequence		P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	.	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	.	.	L	P	A	S
Query Conservation																																																							.																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.																					.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D	K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T													S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																							330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.			490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.					.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.																	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.																	.	.	.	.
Query Sequence		S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	M	.	.	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	.	.	.	.	N	S	T	Y	N	A	P	G	V
Query Conservation																																																			.	.																	.	.	.	.
Alig confidence																																																			.	.																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D	L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D	D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y
Template Known Secondary structure																T	T	T																				T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570		.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.		.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.																	.
Query SS confidence																																																										.																	.
Query Sequence		Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	.	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	.	W	Y	D	V	N	K
Query Conservation																																																										.																	.
Alig confidence																		.																																								.																	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L	N	R	S	N	.	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L	L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W	Q	L	T	G
Template Known Secondary structure															T			.																					S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G	G	G	T	G
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.		.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		593	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	A	K	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	K	T	L
Template Known Secondary structure		G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		548	.	550	.