Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 474 % Identity 18% Template d1uqwa_ SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 2.72

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.		.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	.	P	G	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	P	I	T	A
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.																.	.
Template Conservation																																							.	.
Template Sequence		D	V	V	V	A	V	G	S	N	F	T	T	L	D	P	Y	D	A	N	D	T	L	S	Q	A	V	A	K	S	F	Y	Q	G	L	F	G	L	.	.	D	K	E	X	K	L	K	N	V	L	A	E	S	Y	T	V	S	D	D	G	I	T	Y	T	V	K	L	R	E	G	I	K	F	Q	D	G	T	D	F	N	A
Template Known Secondary structure								S	S					S		G	G	G			S								T	T	T				S				.	.		T	T	S					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																																							.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.			.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.			.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure																	.	.
Query SS confidence																	.	.
Query Sequence		R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	.	.	P	Q	F	R	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G
Query Conservation																	.	.
Alig confidence																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	V	K	A	N	L	D	R	A	S	D	P	A	N	H	L	K	R	H	N	L	Y	K	N	I	A	K	T	E	A	I	D	P	T	T	V	K	I	T	L	K	Q	P	F	S	A	F	I	N	I	L	A	H	P	A	T	A	X	I	S	P	A	A	L	E	K	Y	G	K	E	I	G	F	Y	P	V	G	T	G
Template Known Secondary structure												T		G	G	G			T	T	G	G	G	T	T	T									T	T							S	S			T	T						T	S	T	T													G	G	G	T	T	T	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.																																																		.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.																																																		.	.
Template Sequence		P	Y	E	L	D	T	W	N	Q	T	D	F	V	K	V	K	K	F	A	G	Y	W	Q	.	.	.	.	.	.	P	G	L	P	K	L	D	S	I	T	W	R	P	V	A	D	N	N	T	R	A	A	X	L	Q	T	G	E	A	Q	F	A	F	P	I	P	Y	E	Q	A	T	L	L	E	K	N	K	N	I	.	.
Template Known Secondary structure		S								T	T	T								T	T		S	S	.	.	.	.	.	.	T	T					S																				T	S		S				S													T	T		.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.																																																		.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.							.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	E	L	X	A	S	P	S	I	X	Q	R	Y	I	S	X	N	V	T	Q	K	P	F	D	N	P	K	V	R	E	A	L	N	Y	A	I	N	R	P	A	L	V	K	V	A	F	A	G	Y	A	T	P	A	T	G	V	V	P	P	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.																	T	T	S	T	G	G	G	S																						T	T						S	S	S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	L	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	A	Q	S	Y	K	P	W	P	Y	D	P	V	K	A	R	E	L	L	K	E	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	G	F	S	T	T	L	W	S	S	H	N	H	S	T	A	Q	K	V	L	Q	F	T	Q	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T																						T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T												S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																					296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320											.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.						.	.	.	480	.	.	.	.	.	.		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.		.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.											.																				.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.											.																				.
Query Sequence		S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	.	.	.	.	.	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	.	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	.	N	S	T	Y	N	A	P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N
Query Conservation																											.	.	.	.	.											.																				.
Alig confidence																											.	.	.	.	.											.																				.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	A	Q	V	G	I	K	A	Q	V	T	A	X	D	A	G	Q	R	A	A	E	V	E	G	K	G	Q	K	E	S	G	V	R	X	F	Y	T	G	W	S	A	S	T	G	E	A	D	W	A	L	S	P	L	F	A	S	Q	N	W	P	P	T	L	F	N	T	A	F	Y	S	N	K	Q	V	D	D	F	L	A
Template Known Secondary structure						T	T																	T	T	S			T	T	T													T	T	S	B											G	G	G	T	T	T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	I	A	A	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	W	Y	D
Query Conservation
Alig confidence								.																																.
Template Conservation								.																																.
Template Sequence		Q	A	L	K	T	N	.	D	P	A	E	K	T	R	L	Y	K	A	A	Q	D	I	I	W	Q	E	S	P	W	I	P	L	V	V	E	K	L	V	.	S	A	H	S	K	N	L	T	G	F	W	I	X	P	D	T	G	F	S	F	E	D	A	D	L	Q
Template Known Secondary structure					T			.																																.					T	T			S					T	T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure								.																																.
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.		.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.		.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.