Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 478 % Identity 18% Template c3tpaA_ PDB info PDB header:heme binding protein Chain: A: PDB Molecule:heme-binding protein a; PDBTitle: structure of hbpa2 from haemophilus parasuis Resolution 2.00 Å

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		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.			.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.																																																					.	.	.
Query SS confidence																									.	.																																																					.	.	.
Query Sequence		Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	.	.	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	.	.	.
Query Conservation																									.	.																																																					.	.	.
Alig confidence																									.	.																.																																					.	.	.
Template Conservation																																										.
Template Sequence		T	L	V	N	C	I	A	T	A	P	M	K	L	S	P	A	I	T	N	D	A	N	D	F	N	A	S	S	Q	Q	V	Y	N	R	L	V	E	F	K	A	.	G	K	I	E	V	E	P	G	L	A	E	R	W	E	I	S	E	D	G	L	V	Y	T	F	Y	L	R	Q	N	V	K	F	H	S	N	K	T	F	S
Template Known Secondary structure								S	S			S		S		G	G	G		S	S	G	G	G	G	G	G	T								S					T	.	T	S	S	S				S	S								T	T	S									S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.		.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
					130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.														.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.			.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Query SS confidence		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Query Sequence		.	.	.	P	I	T	A	R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	.	.	S	L	P	V	F	P	E
Query Conservation		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Alig confidence		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	T	R	P	L	N	A	D	D	V	V	F	S	F	Q	R	Q	A	D	K	N	H	P	Y	H	N	V	S	A	G	T	Y	F	Y	F	N	W	M	N	L	P	S	I	L	K	S	V	E	K	V	D	D	Y	T	V	K	I	T	L	N	K	P	N	T	P	F	I	T	T	V	A	M	D	F	L	S	I	Y	S	K
Template Known Secondary structure			S	S																	T	T	S	T	T	T	T	G	G	G									T	T													T	T							S	S			T	T					T	T	S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
		192	.	.	.				.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.
Query SS confidence						.	.	.
Query Sequence		K	Y	W	K	.	.	.	D	H	K	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A
Query Conservation						.	.	.
Alig confidence						.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	A	D	Q	L	L	A	Q	G	K	P	E	T	L	D	Q	Q	P	I	G	T	G	P	F	I	F	Q	T	N	Q	T	D	H	A	V	R	Y	T	A	N	V	D	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	K	G	K	A	D	I	E	R	L	I	F	S	I	T	P	D	A	G	T	R	Y	A	K	L	K	A	G	E
Template Known Secondary structure										T	T		T	T					S				S	S	S					S	S			T	T								T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	T				S		S																			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.								.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	D	V	I	D	F	P	N	I	S	D	I	A	Q	M	K	K	D	P	Q	I	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	L	E	R	E	G	L	N	L	A	Y	I	G	L	N	T	T	K	P	E	L	N	N	V	K	V	R	Q	A	L	H	H	A	T	D	K	K	A	I	V	D	A	V	Y	Q	G	G	G	T	V
Template Known Secondary structure			S			S	S										T	T		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.								S									T	T	S	T	T	T	T	S										T												T	T	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.									.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	N	P	F	P	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	G	Y	N	P	H	L	P	Q	Y	E	F	N	L	E	K	A	K	A	L	L	A	E	A	G	Y	P	N	G	F	E	T	E	I	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S	S	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T			T	T																		T	T		T	T							.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.
Template SS confidence
		313	.	.	.	.	.	.	320																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.
Query SS confidence																																																												.
Query Sequence		Q	P	L	S	F	E	L	L	L	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	.	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	N	S
Query Conservation																																																												.
Alig confidence		.																																																										.																				.
Template Conservation		.																																																																														.
Template Sequence		.	W	V	Q	P	V	V	R	P	S	N	P	N	P	R	R	T	A	E	I	I	Q	A	D	W	A	K	I	G	V	K	A	K	L	V	T	H	E	W	A	D	F	N	K	R	T	R	E	G	E	F	A	A	G	T	Y	G	W	T	S	R	N	G	D	P	D	N	F	L	F	P	L	F	S	Q	A	N	I	.	P
Template Known Secondary structure		.				S	S		B	T	T	B	S																T	T																			T	T			S									S	S			T										G	G	G	T	.	T
Template Predicted Secondary structure		.																																																																														.
Template SS confidence
			356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.		.
		508	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Y	N	A	P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	W
Query Conservation
Alig confidence																									.																																.
Template Conservation																									.																																.
Template Sequence		G	T	N	Y	S	R	W	T	D	E	K	F	E	A	L	L	A	S	A	A	Q	I	Q	.	D	T	Q	T	R	A	K	L	Y	Q	Q	A	V	E	I	F	Q	Q	N	S	P	I	I	P	F	A	H	S	I	N	Y	.	V	P	L	N	K	R	V	Q	G	F	V	Q	N	P	F	G	Y	T	A	F	Y	G	V	S
Template Known Secondary structure		T	T		T	T																T			.																					S											.					T	T			S					T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure																									.																																.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.		.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.		.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
		588	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	K
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		512	.