Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 464 % Identity 18% Template c3t66A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:nickel abc transporter (nickel-binding protein); PDBTitle: crystal structure of nickel abc transporter from bacillus halodurans Resolution 2.80 Å

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		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	P	I	T	A	R
Query Conservation
Alig confidence																	.																							.															.
Template Conservation																	.																							.															.
Template Sequence		H	I	H	F	L	F	N	V	S	T	N	S	L	D	P	.	H	V	D	M	T	Y	I	P	V	R	A	G	I	T	E	T	L	V	R	V	D	E	.	E	N	V	T	I	A	P	W	L	A	E	S	W	D	.	S	T	D	G	Q	H	W	T	I	K	L	R	E	D	V	T	F	Q	N	G	K	E	M	D	A	E
Template Known Secondary structure								S				S				T	.	T	T		S	S						T	T	S		B		S					T	.	T	T		S				S	S						.		S	S	S	S								S	S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																	.																							.															.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y	R
Query Conservation
Alig confidence																.														.																																	.	.	.	.	.
Template Conservation																.														.																																	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	V	K	A	S	L	E	R	A	L	D	E	S	V	.	A	I	E	N	A	L	K	I	D	E	I	E	A	.	D	G	Y	T	L	H	I	T	T	K	E	P	F	P	E	F	I	S	E	L	V	N	P	N	V	S	I	I	D	V	T	E	.	.	.	.	.	E	D	F	T	N	H	P	V	G	T	G	P	F	A
Template Known Secondary structure												T	T			.														.		T	T							S	S			T	T	T	G	G	G	G	G	S	G	G	G		B	B		T	T	S	.	.	.	.	.			T	T	T				B	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																.														.																																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.		.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.						150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y	I
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	S	F	T	P	G	S	K	L	E	L	V	R	Y	D	E	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	D	G	A	S	K	L	D	S	V	T	F	S	F	N	E	D	A	S	A	R	S	L	A	L	E	S	G	Q	A	D	I	V	Y	R	P	E	V	E	S	I	E	T	L	Q	A	N	E	G	I	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T	T								T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	T				S		S																			T	T	S		S				S			T	T	T							S	T	T		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.																																																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.								.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
		295	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	M	V	E	A	T	E	T	F	R	T	H	N	L	T	M	N	L	D	R	D	S	L	K	D	V	N	V	R	R	A	V	D	V	L	L	D	R	Q	E	I	V	D	T	I	M	L	G	Y	A	E	V	A	D	G	P	F	I	P	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.								S									T	T	S	T	G	G	G	S											S									T	T	T	T	S					S	S	S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.			.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.
Query Sequence		M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	L	.	.	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S
Query Conservation																																																																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.															.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	A	P	S	Y	E	K	K	E	T	G	T	D	I	A	I	Q	Y	L	E	E	A	G	Y	T	L	E	N	Q	.	.	.	M	Q	K	D	G	E	P	L	H	F	T	V	L	T	Y	G	S	R	A	E	L	P	L	I	A	Q	V	F	Q	S	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T										S												T							.	.	.				T	T											S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.
Template SS confidence
																		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.				.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.		.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
Predicted Secondary structure																																						.
Query SS confidence																																						.
Query Sequence		L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	.	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	N	S	T	Y	N	A	P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	Q	G
Query Conservation																																						.
Alig confidence																																						.																.	.	.																									.
Template Conservation																																																						.	.	.																									.
Template Sequence		A	K	Q	I	G	I	E	V	E	I	R	Q	I	E	V	P	E	E	Y	M	A	S	N	R	D	W	D	L	I	T	Y	S	N	V	T	S	P	R	G	D	A	G	Y	Y	L	N	A	T	Y	H	P	T	.	.	.	G	A	L	N	F	S	S	V	N	D	P	E	L	T	G	I	I	D	E	L	N	R	T	V	.
Template Known Secondary structure					T	T									S	S	S	T					T		T	T										S		T	T	S											S	T	T	.	.	.		T	T			S																T			.
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.																									.
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.				.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	Q	D	V	R	A	K	L	T	E	Q	A	A	A	Y	I	D	E	Q	K	I	H	S	F	L	I	H	P	S	A	V	V	A	Y	D	E	N	K	V	K	N	W	V	T	T	R	S	E	Y	Y	M	I
Template Known Secondary structure																				T	T																T	T	T		B						S	S	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.