Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 473 % Identity 20% Template c3ry3B_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:putative solute-binding protein; PDBTitle: putative solute-binding protein from yersinia pestis. Resolution 2.43 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	.	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	P	I	T	A
Query Conservation												.
Alig confidence												.																	.	.												.	.
Template Conservation																													.	.												.	.
Template Sequence		T	L	Q	L	A	I	G	D	E	P	T	E	G	F	D	P	X	L	G	W	S	H	G	S	Y	L	L	.	.	L	H	S	P	L	L	K	Q	N	E	D	.	.	F	S	W	D	S	L	L	L	S	Q	Y	Q	P	S	D	D	G	K	T	W	L	L	T	L	K	P	D	L	K	F	S	D	G	S	P	L	T	A
Template Known Secondary structure								S				S	S				G	G	G		S	S	S	S	T				.	.					S					T	T	.	.	S					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																													.	.												.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.			.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.			.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y
Query Conservation
Alig confidence																		.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template Sequence		K	D	V	A	F	T	Y	N	N	A	A	A	G	K	V	D	.	.	.	.	X	G	N	F	L	S	A	E	V	I	D	P	L	N	V	R	I	H	L	K	A	P	Q	S	T	F	V	N	V	L	G	S	L	G	I	V	S	A	D	K	Y	N	A	K	T	Y	A	Q	K	.	.	.	.	P	I	G	A	G	P	Y
Template Known Secondary structure												T				S		.	.	.	.		S	S									T	T							S	S			T	T						T	T	S					S	T	T			T	T	T	T	T	T	S	.	.	.	.				S	S	S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		106	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.					.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170					.	.	.	.	.	.	.
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		R	L	V	S	F	Q	P	G	Q	Q	X	I	V	E	A	N	P	Y	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	G	N	K	N	D	F	D	K	L	I	F	V	F	L	.	D	E	D	S	A	F	A	A	A	Q	S	G	Q	L	G	V	V	R	I	P	P	S	X	A	V	G	S	V	N	N	X	K	L	W	V	R	P	S
Template Known Secondary structure								T	T	T								T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	S				S		S								.											T	T			S						T	T	S						T	T								B
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.								200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.		.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		294	.	.	.			.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure						.	.
Query SS confidence						.	.
Query Sequence		I	I	K	D	.	.	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L
Query Conservation						.	.
Alig confidence						.	.																																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	N	R	G	I	V	F	P	T	T	P	A	G	K	K	D	A	H	G	Y	P	I	G	N	D	V	T	A	D	V	A	I	R	R	A	I	N	Y	A	I	N	R	Q	L	L	A	D	Q	I	X	E	G	H	A	I	P	A	Y	T	G	V	Q	G	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												S		S					T	T	S						T	T	T	T	S																					S	T	T						S	S	T	T	T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.			.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Query SS confidence																																																																			.	.
Query Sequence		L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	.	.	L	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F
Query Conservation																																																																			.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	N	N	P	D	S	A	I	K	D	G	D	I	D	K	A	K	Q	I	L	E	Q	A	G	W	Q	L	N	S	Q	G	T	R	.	E	K	N	G	L	P	A	K	I	T	L	W	Y	T	S	G	D	T	T	R	R	D	L	A	Q	A	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		T	T						S												T	T					T	T	S	S		.			T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template SS confidence
																					318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350		.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	N	S	T	Y	N	A	P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.											.
Template Conservation																										.	.	.											.
Template Sequence		R	S	X	L	K	P	I	G	I	D	V	D	L	K	S	G	S	W	E	T	V	E	R	N	.	.	.	X	H	A	N	P	T	L	F	G	W	.	G	S	L	D	P	X	E	L	Y	H	H	Y	S	S	N	A	A	G	V	E	Y	Y	N	P	G	Y	Y	K	N	P	X	V	D	K	H	L	Q	Q	A	L	D	A
Template Known Secondary structure						G	G	G	T																	.	.	.	T	T	T	S							.			S	S	T									G	G	G	T	T	S	T	T	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.											.
Template SS confidence
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.				.	.	.	.	.	.	.	.	410	.		.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.							.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	.	.	.	.	.	.	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	W
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.														.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation			.																																						.
Template Sequence		P	.	T	W	Q	Q	A	V	P	F	W	Q	Q	V	D	W	D	G	T	T	G	A	G	I	R	G	D	A	A	W	A	W	L	L	N	I	Q	H	T	.	Y	L	A	N	N	C	V	D	L	G	K	G	T	P	E	I	H	G	S	W	S	L	L	N
Template Known Secondary structure		S	.	S										T	T	T			S	S			S	S	T	T	T	T													.					T	T							S		B		S	S	T	T	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure			.																																						.
Template SS confidence
		454		.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.		.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.