Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 498 % Identity 19% Template c3ftoA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide-binding protein oppa; PDBTitle: crystal structure of oppa in a open conformation Resolution 2.38 Å

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		43	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.							.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.																															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.																															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	Y	V	N	P	A	A	P	.	K	G	G	Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	A	R	T	E	.	.	.	.	.	.	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V
Query Conservation											.																															.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																															.	.	.	.	.	.													.	.
Template Conservation																																																												.	.
Template Sequence		V	A	Y	Q	N	P	D	K	A	I	K	G	G	N	L	K	V	A	Y	Q	S	D	S	P	X	K	A	Q	W	L	S	G	L	S	N	D	A	T	F	A	T	X	S	G	P	G	G	G	Q	D	G	L	F	F	T	D	S	G	.	.	F	K	F	I	K	G	G	A	A	D	V	A	L	D	K	E	S	K	T	A
Template Known Secondary structure		S	B				S	S				S	S										S	S							S	T	T	T										T	G	G	G	T	T	T	T	B						T	T	.	.	S	B			S		S	S							T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.			.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	160	.	.	.	.	.				.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Query Sequence		E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	P	I	T	A	R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	L	V	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	T	V	K	A	I	A	P	.	.	.	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	T	L	R	K	D	L	K	W	S	D	G	S	E	V	T	A	K	D	Y	E	F	T	Y	E	T	I	A	N	P	A	Y	G	S	D	R	W	T	D	S	L	A	N	I	V	G	L	S	D	Y	H	T	G	K	A	K	T	I	S	G	I	T	F	P	D	G	E	N	G	K	V	I	K	V	Q	F	K	E	X
Template Known Secondary structure							T	T		B		T	T	S		B																G	G	G			S				G	G	G	G	G	B	T	T						T	T	S		S	S		T	T				T	T		T	T	S	S						B	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
		176	.	.	.	180	.	.	.	.				.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.						.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.															.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.															.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	E	D	M	L	S	L	F	.	.	.	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	.	.	.	.	.	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D
Query Conservation											.	.	.															.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.															.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	P	G	X	T	Q	S	G	N	G	Y	F	L	E	T	V	A	P	Y	Q	Y	L	K	D	V	A	P	K	D	L	A	S	S	P	K	T	T	T	K	P	L	V	T	G	P	F	K	P	E	N	V	V	A	G	E	S	I	K	Y	V	P	N	P	Y	Y	W	.	.	.	.	.	.	.	G	E	K	P	K	L	N
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	B	T	T		S	S	S			B								T	T	S		G	G	G	T	T	T	S	G	G	G	T	T	S					S	S								T	T	T								T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	S				S		S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.								.	.	.	.	.	250	.
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	T	Y	E	V	V	S	T	.	A	K	S	V	A	A	L	S	S	S	K	Y	D	I	I	N	G	X	V	S	S	Q	Y	K	Q	V	K	N	L	K	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	L	G	Q	Q	A	X	Y	I	S	L	X	Y	Y	N	L	G	H	Y	D	A	K	N	S	I	N	V	Q	D
Template Known Secondary structure											.									T	T			S							G	G	G						T		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.								S														T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.									.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K
Query Conservation
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	T	P	L	Q	D	Q	N	V	R	Q	A	I	G	Y	A	R	N	V	A	E	V	D	N	K	F	S	N	G	L	S	T	P	A	N	S	L	I	P	P	I	F	K	Q	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S
Template Known Secondary structure					G	G	G	S																					T	T	T	S					S	S	S	S		T	T	S	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															370	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.			.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.
Query SS confidence																																												.	.
Query Sequence		G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	.	.	L	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N
Query Conservation																																												.	.
Alig confidence																																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	G	Y	E	K	Q	D	L	D	K	A	N	K	L	L	D	E	D	G	W	K	L	N	K	S	T	G	Y	R	E	K	D	G	K	E	L	S	L	V	Y	A	A	R	V	G	D	A	N	A	E	T	I	A	Q	N	Y	I	Q	Q	W	K	K	I	G	V	K	V	S	L	Y	N	G	K	L	X	E	F	N	S
Template Known Secondary structure					S	S	S												T	T	T					S	S	S	S	S				T	T										B	S		S	T	T															T	T						G	G	G	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
		473	.								.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.		530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Query Sequence		R	M	.	.	.	.	.	.	.	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	N	S	T	Y	N	A	P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	.	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.																																																								.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.																				.	.									.	.	.																								.
Template Conservation																														.	.									.	.	.
Template Sequence		W	V	D	H	X	T	T	P	P	G	A	N	D	W	D	I	T	D	G	S	W	S	L	A	S	E	P	S	.	.	Q	Q	D	L	F	S	A	A	.	.	.	A	P	Y	N	F	G	H	F	N	D	S	E	I	T	K	D	L	N	D	I	D	S	A	K	S	E	N	P	T	Y	R	K	A	A	F	V	K	Y	Q
Template Known Secondary structure								S	T	T			S	S		S										S	S			.	.						S	T	T	.	.	.		T	T		T	T															T	S	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																														.	.									.	.	.
Template SS confidence
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480			.	.	.	.	.	.	.	.				.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	W	Y	D	V	N	K	A	A
Query Conservation
Alig confidence																				.
Template Conservation																				.
Template Sequence		E	D	X	N	K	K	A	Y	V	I	P	T	N	F	X	L	N	Y	.	T	P	V	N	K	R	V	V	G	X	T	L	D	Y	G	A	X	N	T	W	S	E	I	G	V	S	S	A	K	L	A
Template Known Secondary structure									S											.					T	T			S		B			T	T		S									S		S	S
Template Predicted Secondary structure																				.
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.		.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.