Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 475 % Identity 16% Template c2grvC_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: C: PDB Molecule:lpqw; PDBTitle: crystal structure of lpqw Resolution 2.40 Å

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		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.				.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.							.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.																	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence																									.	.	.																	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		Q	I	T	L	S	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	.	.	.	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	.	.	.	.	.	.	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	.	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R
Query Conservation																									.	.	.																	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence																									.	.	.																	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation
Template Sequence		Q	I	I	M	A	I	D	S	I	G	P	G	F	N	P	H	L	L	S	D	Q	S	P	V	N	A	A	I	A	S	L	V	L	P	S	S	F	R	P	V	P	D	P	T	S	P	T	G	S	R	W	E	L	D	T	T	L	L	E	S	A	E	V	T	Q	E	N	P	F	T	V	T	Y	K	I	R	P	E	A	Q
Template Known Secondary structure								S				S		S		T	T	B	G	G	G		S											S			S							T	T	S	T	T	S							T	T	T									T	T	T	T								T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.		.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.																			.																																					.	.	.
Query SS confidence																							.																			.																																					.	.	.
Query Sequence		F	H	D	G	S	P	I	T	A	R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	.	E	G	V	P	Q	F	R	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	.	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	H	K	L	.	.	.
Query Conservation																							.																			.																																					.	.	.
Alig confidence																							.																			.																							.	.													.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.
Template Sequence		W	T	D	N	A	P	I	A	A	D	D	Y	W	Y	L	W	R	Q	M	V	S	Q	P	G	V	V	D	P	A	G	Y	D	L	I	T	G	V	Q	S	V	E	G	G	K	Q	A	V	V	T	F	S	Q	P	Y	P	A	W	R	E	L	F	N	D	.	.	I	L	P	A	H	I	V	K	D	I	P	G	G	F	G
Template Known Secondary structure			T	T	S		B																	T	T	B	S			T	T	G	G	G								T	T	T	T							S	S			T	T	G	G	G	S	S		S	.	.								T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170			.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.		.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.																																																					.
Query SS confidence																								.																																																					.
Query Sequence		S	D	P	L	A	T	P	P	L	A	S	G	P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	.	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	.	E	N	D	A
Query Conservation																								.																																																					.
Alig confidence																								.													.	.	.	.	.	.	.																																		.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	A	R	A	M	P	V	T	G	G	Q	F	R	V	E	T	I	D	P	Q	R	D	E	I	L	L	A	R	N	D	R	F	W	.	.	.	.	.	.	.	S	V	P	A	K	P	D	L	V	L	F	R	R	G	G	A	P	A	A	L	A	D	S	I	R	N	G	D	T	Q	V	A	Q	V	H	G	G	A
Template Known Secondary structure			T	T	S	S				S			S	S								T	T	T	T								T	T		S	.	.	.	.	.	.	.	S	S			S		S									S											T	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220								.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.				350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.
Query Sequence		K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F	D	K	K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	.	.	.	N	S	Y	F	Q
Query Conservation																																																																										.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.																																																					.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	T	F	A	Q	L	S	A	I	P	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	R	T	A	R	I	V	T	P	R	V	M	Q	L	T	L	R	A	Q	Q	P	K	L	A	D	P	Q	V	R	K	A	I	L	G	L	I	D	V	D	L	L	A	S	V	G	A	G	D	D	N	T	V	T	L	A	Q	A	Q	V	R	S
Template Known Secondary structure									T	S	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T	S	G	G	G		S											S												S	S	S								S	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270									.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	T	E	Y	A	A	R	N	Y	P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	D	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	P	T	A	P	P	A	M	T	R	D	D	A	L	E	L	L	R	D	A	G	Y	V	S	E	P	V	R	E	R	I	V	K	D	G	V	P	L	T	I	V
Template Known Secondary structure		T	T	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.																																		.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
		435	.			.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure				.	.																																		.
Query SS confidence				.	.																																		.
Query Sequence		L	L	.	.	L	P	A	S	S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	.	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	N	S	T	Y	N	A
Query Conservation				.	.																																		.
Alig confidence				.	.																																		.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	V	A	S	N	D	P	T	S	V	A	V	A	N	T	A	A	D	Q	L	R	N	V	G	I	D	A	S	V	L	A	L	D	P	V	A	L	Y	G	D	A	L	V	N	N	R	V	D	A	V	V	G	W	R	Q	A	G	G	D	L	A	T	V	L	A	S	R	Y	G	C	R	A	L	Q	A	P	S	N	I
Template Known Secondary structure						T	T																		T	T																T	T	T	T	T	T			S									S	S												S	T	T					S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	V	Q	S	P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.																													.
Template Conservation																						.	.	.																													.
Template Sequence		T	G	I	C	D	R	S	I	Q	P	R	I	D	A	A	L	D	G	T	D	.	.	.	D	I	A	D	V	I	Q	A	V	E	P	R	L	W	N	M	A	T	V	L	P	I	L	Q	D	T	T	I	.	V	A	A	G	P	S	V	Q	N	V	S	L	T	G	A	V	P	V	G	I
Template Known Secondary structure		T	S				G	G	G									T	T	S	S	.	.	.																T													.					T	T			S			S				T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.																													.
Template SS confidence
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.				.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.