Job Description P33913 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:42 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 493 % Identity 18% Template c1ztyA_ PDB info PDB header:sugar binding protein, signaling protein Chain: A: PDB Molecule:chitin oligosaccharide binding protein; PDBTitle: crystal structure of the chitin oligasaccharide binding2 protein Resolution 2.30 Å

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		55	.	.	.	.				60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure							.	.	.
Query SS confidence							.	.	.
Query Sequence		Q	I	T	L	S	.	.	.	A	L	G	T	F	D	N	F	N	R	Y	A	L	R	G	N	P	G	A	R	T	E	Q	L	Y	D	T	L	F	T	T	S	D	D	E	P	G	S	Y	Y	P	L	I	A	E	S	A	R	Y	A	D	D	Y	S	W	V	E	V	A	I	N	P	R	A	R	F	H	D	G	S	P	I
Query Conservation							.	.	.
Alig confidence							.	.	.																			.
Template Conservation																												.
Template Sequence		E	L	T	I	V	P	D	F	Y	P	T	M	V	R	N	F	N	P	Y	L	A	T	N	L	R	T	.	T	T	D	F	I	Y	E	P	L	V	V	F	N	E	M	K	G	N	T	P	V	F	R	L	A	E	S	Y	K	M	A	D	D	L	M	S	V	T	F	D	I	R	K	G	V	K	W	S	D	G	E	A	F
Template Known Secondary structure							S				S	S							T	T		S	S	S		T	T	.	S	B	T	T	T	B			S					G	G	G	T	T					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																												.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.		.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.		.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.																																													.
Query SS confidence																							.																																													.
Query Sequence		T	A	R	D	V	E	F	T	F	Q	K	F	M	T	E	G	V	P	Q	F	R	.	L	V	Y	K	G	T	T	V	K	A	I	A	P	L	T	V	R	I	E	L	A	K	P	G	K	E	D	M	L	S	L	F	S	L	P	V	F	P	E	K	Y	W	K	D	.	H	K	L	S	D	P	L	A	T	P	P	L	A
Query Conservation																							.																																													.
Alig confidence																							.																																													.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	D	D	V	V	Y	S	F	G	L	L	K	A	K	P	E	L	D	Q	R	G	I	N	K	W	V	T	S	V	E	K	V	D	E	Y	K	V	R	F	R	L	S	E	A	N	S	N	V	P	Y	E	I	S	L	I	P	I	V	A	E	H	V	W	K	D	V	K	D	P	T	T	F	T	N	E	N	P	V	G
Template Known Secondary structure																S	G	G	G		T	T		G	G	G	T									T	T							S	S			T	T							T	S									T	T		S		T	T	T				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	P	Y	R	V	T	S	W	K	M	G	Q	N	I	V	Y	S	R	V	K	D	Y	W	A	A	N	L	P	V	N	R	G	R	W	N	F	D	T	I	R	Y	D	Y	Y	L	D	D	N	V	A	F	E	A	F	K	A	G	A	F	D	L	R	M	E	N	D	A	K	N	W	A	T	R	Y	T	G	K	N	F
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	P	F	T	V	I	D	T	F	T	P	Q	L	Y	I	Q	C	R	N	P	N	Y	W	D	A	A	.	.	.	.	.	.	N	L	E	V	D	C	L	R	V	P	Q	I	A	N	N	D	Q	L	L	G	K	I	V	N	S	E	L	D	W	T	S	S	F	V	P	D	I	D	R	T	Y	A	A	A	N	P	N
Template Known Secondary structure		S	S	S									S	S								T	T		T	T	G	G	.	.	.	.	.	.	G													S										T	T			S							T	T					T	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.							.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.							.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	K	K	Y	I	I	K	D	E	Q	K	N	E	S	A	Q	D	T	R	W	L	A	F	N	I	Q	R	P	.	.	.	.	.	.	V	F	S	D	R	R	V	R	E	A	I	T	L	A	F	D	F	E	W	M	N	K	A	L	F	Y	N	A	W	S	R	T	N	S	Y	F	Q	N	T	E	Y	A	A	R	N	Y
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	H	H	Y	W	Y	P	A	A	G	T	Q	A	F	M	V	N	F	K	N	P	D	P	A	K	K	E	A	L	D	N	V	D	F	R	R	A	F	S	M	A	L	D	R	Q	T	I	I	D	I	A	F	Y	G	S	G	T	V	N	D	F	A	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T		S	S								T																						T	T	T		S						T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.			.	.	.	440
Predicted Secondary structure																																																							.																					.	.
Query SS confidence																																																							.																					.	.
Query Sequence		P	D	A	A	E	L	V	L	L	A	P	M	K	K	D	L	P	S	E	V	F	T	Q	I	Y	Q	P	P	V	S	K	G	D	G	Y	D	R	D	N	L	L	K	A	D	K	L	L	N	E	A	G	W	V	.	L	K	G	Q	Q	R	V	N	A	T	T	G	Q	P	L	S	F	E	L	L	.	.	L	P	A	S
Query Conservation																																																							.																					.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.																					.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	Y	A	F	E	A	W	S	D	E	A	T	H	K	K	Y	K	G	F	N	T	Y	D	V	E	G	S	K	K	L	L	A	K	A	G	F	K	D	V	N	G	D	G	F	V	E	T	P	S	G	K	S	F	E	L	L	I	Q	S	P	N	G	W	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G	G	G	G											G	G	G	S														T					S	S	S	S	S				T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.					.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.
Query Sequence		S	N	S	Q	W	V	L	P	F	Q	H	S	L	Q	R	L	G	I	N	M	D	I	R	K	V	D	N	S	Q	I	T	N	R	M	R	S	R	D	Y	D	M	M	P	R	V	W	R	A	M	P	W	P	S	S	D	L	Q	I	S	W	S	S	E	Y	I	.	.	.	.	N	S	T	Y	N	A	P	G	V	Q	S
Query Conservation																																																																			.	.	.	.
Alig confidence																																																																			.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	N	N	T	V	Q	L	A	V	E	Q	L	Q	E	V	G	I	K	A	K	A	R	T	P	E	F	A	V	Y	N	Q	A	M	L	E	G	T	Y	D	V	A	Y	T	N	Y	F	H	G	A	D	P	F	T	Y	W	N	S	G	Y	N	S	A	L	Q	S	G	D	G	M	P	R	F	A	M	H	Y	F	T	D
Template Known Secondary structure																T	T	T																			T	T			S										S	S	T										G	G	G	G	S	S	T	T			S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	I	D	S	L	I	N	Q	I	I	A	A	Q	G	N	K	E	K	L	L	P	L	G	R	A	L	D	R	V	L	T	W	N	Y	Y	M	L	P	M	W	Y	M	A	E	D	R	L	A	W	W	D	K	F	S	Q	P	A	V	R	P	I	Y	S	L	G	I	D	T	W	W
Query Conservation
Alig confidence																.
Template Conservation																.
Template Sequence		K	K	L	D	G	L	L	D	S	F	Y	K	T	A	.	D	K	N	E	Q	L	A	I	A	H	G	I	Q	K	I	I	A	E	N	Q	V	T	I	P	V	M	S	G	A	W	M	Y	Q	Y	N	T	T	R	F	T	G	W	W	S	E	E	N	P	K	G	R	P	S	V	W	A
Template Known Secondary structure									T	T	T	T	S			.																				T		S														T	T	T						B	T	T	B			S					S	T
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.		.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.