Job Description P0ADE4 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:20:47 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 448 % Identity 15% Template c2qdzA_ PDB info PDB header:protein transport Chain: A: PDB Molecule:tpsb transporter fhac; PDBTitle: structure of the membrane protein fhac: a member of the2 omp85/tpsb transporter family Resolution 3.15 Å

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		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	P	G	V	P	V	L	I	G	G	T	D	V	V	L	R	G	G	A	R	T	D	K	D	Y	L	K	L	L	D	T	R	P	A	I	G	T	V	L	N	Q	G	D	Y	E	N	F	K	K	S	L	T	S	I	A	L	R	K	G	Y	F	D	S	E	F	T	K	A	Q	L	G	I	A	L	G	L	H	K	A
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.																																													.	.	.
Template Conservation																																.	.	.																																													.	.	.
Template Sequence		A	T	S	G	H	T	V	T	V	H	A	V	D	L	D	F	G	V	E	G	R	L	F	D	P	A	P	L	V	Q	.	.	.	D	Y	L	N	R	P	L	D	N	E	Q	L	F	L	L	V	K	A	L	S	A	A	L	Y	D	R	G	Y	A	T	S	I	V	T	F	V	P	P	G	V	V	D	G	V	.	.	.
Template Known Secondary structure			B				S	S	S	S									S	S	S				S		S	T	T	S	T	.	.	.	T	S	S	S	S		B		S	T	T															T	T		T	T												T	T		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.																																													.	.	.
Template SS confidence
		53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.				.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200		.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		F	W	D	I	D	Y	N	S	G	E	R	Y	R	F	G	H	V	T	F	E	G	S	Q	.	I	R	D	E	Y	L	Q	N	L	V	P	F	K	E	G	D	E	Y	E	S	K	D	L	A	E	L	N	R	R	L	S	A	T	G	W	F	N	S	V	V	V	A	P	Q	F	D	K	A	R	E	T	K	V	L	P	L
Query Conservation																									.
Alig confidence		.																							.																																													.	.	.	.
Template Conservation		.																																																																				.	.	.	.
Template Sequence		.	L	K	L	K	V	E	W	G	R	I	K	G	W	L	I	D	G	K	P	L	E	G	T	R	D	R	M	M	V	F	S	A	M	P	G	W	Q	D	K	V	L	N	V	F	D	I	D	Q	A	I	Y	N	I	N	N	G	G	K	T	G	N	I	T	I	V	P	A	.	.	.	.	D	E	Y	G	Y	S	Y	L
Template Known Secondary structure		.																T	T					S											S	T	T		T	T		B															S	S	S											.	.	.	.	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.																																																																				.	.	.	.
Template SS confidence
			127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.					.	.	.	.	.	.	200	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.						.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.								.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	V	V	S	P	R	T	E	N	T	I	E	T	G	V	.	.	.	.	.	G	Y	S	T	D	V	G	P	R	V	K	A	T	W	K	K	P	W	M	N	S	Y	G	H	S	L	T	T	S	T	S	I	S	.	.	.	.	.	.	.	A	P	E	Q	T	L	D	F	S	Y	K	M	P	L	L	K	N	P	L
Query Conservation																		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	Q	L	Q	R	R	A	L	P	R	V	S	L	G	M	D	N	S	G	P	G	T	P	E	N	G	R	Y	K	Y	N	A	S	V	T	A	N	D	L	L	G	L	N	D	T	L	G	L	Y	I	G	N	R	Y	Y	R	D	A	G	H	D	A	E	R	N	Y	D	L	M	Y	S	V	P	L	G	R	T	R	L
Template Known Secondary structure										S											S		S	S	S		S	S													S	S	S	S	S													S			S	S															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340							.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.						.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Q	Y	Y	L	V	Q	G	G	F	K	R	T	D	L	N	.	.	.	.	.	.	D	T	E	S	D	S	T	T	L	V	A	S	R	Y	W	D	L	S	S	G	W	Q	R	A	I	N	L	R	W	S	L	D	H	F	T	Q	.	.	.	.	.	G	E	I	T	N	T	T	M	L	F	Y	P	G	V	M	I	S
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	Q	T	G	Y	S	T	Y	R	N	L	L	K	T	R	Y	G	Q	Y	Q	S	A	G	N	S	R	S	F	G	L	K	A	T	R	L	L	Y	R	D	T	R	S	Q	F	S	V	Y	G	G	L	K	L	R	Q	N	K	N	Y	L	A	G	T	R	L	D	V	S	S	K	H	Y	S	D	V	T	V	G	M	Q
Template Known Secondary structure															S	S	S	S																								S	S																				T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	R	S	R	G	G	L	M	P	T	W	G	D	S	Q	R	Y	S	I	D	Y	S	N	T	A	W	G	S	D	V	D	F	S	V	F	Q	A	Q	N	V	W	I	R	T	L	Y	D	R	H	R	F	V	T	R	G	T	L	G	W	I	E	T	G	D	F	D	K	V	P	P	D	L	R	F	F	A	G	G	D
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.																			.																																	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.																			.																																	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	T	Q	R	.	.	.	.	G	A	N	A	Y	F	G	D	L	S	F	T	R	G	V	G	V	G	.	N	V	S	R	F	N	G	S	L	A	W	T	R	Y	M	A	L	A	G	Q	P	I	Q	W	A	S	Q	L	G	F	Q	Y	.	.	.	.	S	R	Q	Q	L	L	N	S	Y	Q	I	T	V	G	D	E
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	S	S																	.																		T	T														.	.	.	.		S	S		S	S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.																			.																																	.	.	.	.
Template SS confidence
		362	.	.	.	.					.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.		.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.					.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510								.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.			.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Query Sequence		R	S	I	R	G	Y	K	Y	K	S	I	A	P	K	Y	A	N	G	D	L	K	G	A	S	K	L	I	T	G	S	L	E	Y	Q	Y	N	V	.	.	.	.	.	.	.	T	G	K	W	W	G	A	V	F	V	D	S	G	E	A	V	S	D	.	.	I	R	R	S	D	F	K	T	G	T	G	V	G	V	R	W
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	T	V	R	G	Y	N	L	R	T	S	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	S	G	V	Y	L	S	N	T	L	T	V	P	V	Q	F	S	L	L	G	K	Q	A	S	V	A	P	F	V	G	A	D	V	G	A	L	K	S	N	H	P	D	A	R	T	I	R	M	A	G	L	A	A	G	V	R	F
Template Known Secondary structure					T	T						S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		S	S					S														S	S															S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.										460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.					.	.	.	.	.	570	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.
Query Sequence		E	S	P	V	G	P	I	K	L	D	F	A	V	P	V	A	D	K	D	E	.	.	.	.	H	G	L	Q	F	Y	I	G	L	G
Query Conservation																						.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	P	Y	A	R	M	S	F	T	Y	S	K	P	V	G	A	Q	P	G	G	A	P	R	A	P	V	W	L	Y	I	N	A	G
Template Known Secondary structure				S	S												S		S		S	S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.