Job Description P31434 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:47:24 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 729 % Identity 20% Template c3topA_ PDB info PDB header:hydrolase/hydrolase inhibitor Chain: A: PDB Molecule:maltase-glucoamylase, intestinal; PDBTitle: crystral structure of the c-terminal subunit of human maltase-2 glucoamylase in complex with acarbose Resolution 2.88 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.			.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.
Query SS confidence																																				.	.
Query Sequence		W	L	I	Q	P	G	L	N	L	I	H	P	L	Q	V	F	E	V	E	Q	Q	D	N	E	M	V	V	Y	A	A	P	R	D	V	.	.	R	E	R	T	W	Q	L	D	T	P	L	F	T	L	R	F	F	S	P	Q	E	G	I	V	G	V	R	I	E	H	F	Q	G	A	L	N	N	G	P	H	Y	P	L	N
Query Conservation																																				.	.
Alig confidence											.	.	.	.																						.	.						.	.
Template Conservation											.	.	.	.																													.	.
Template Sequence		Y	F	V	N	D	L	Y	S	V	.	.	.	.	S	D	V	Q	Y	N	S	H	G	A	T	A	D	I	S	L	K	S	S	V	Y	A	N	A	F	P	S	T	.	.	P	V	N	P	L	R	L	D	V	T	Y	H	K	N	E	M	L	Q	F	K	I	Y	D	P	N	K	N	R	Y	E	V	P	V	P	L	N	I
Template Known Secondary structure				S	S		S				.	.	.	.							S	S									S						T	T	S	S	S		.	.	B		S	S									S	S	S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.																													.	.
Template SS confidence
		997	.	.	1000	.	.	.	.	.					.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.			.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.
Query SS confidence																																		.
Query Sequence		I	L	Q	D	V	K	V	T	I	E	N	T	E	R	Y	A	E	F	K	S	G	N	L	S	A	R	V	S	K	G	E	F	.	W	S	L	D	F	L	R	N	G	E	R	I	T	G	S	Q	V	K	N	N	G	Y	V	Q	D	T	N	N	Q	R	N	Y	M	F	E	R	L	D	L	G	V	G	E	T	V	Y	G
Query Conservation																																		.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																		.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		P	S	M	P	S	S	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	Q	L	Y	D	V	L	I	K	K	N	P	F	G	I	E	I	R	R	K	S	T	G	T	I	I	W	D	S	Q	L	.	.	.	.	.	.	L	G	F	T	F	S	D	M	F	I	R	I	S	T	R	L	P	S	K	.	Y	L	Y	G
Template Known Secondary structure			S	S					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T									T	T	T	T							T	T	S									S	.	.	.	.	.	.	S						T	T									S	S	S	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		1071	.	.	.	.	.	.	.											.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110							.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.		1130	.	.	.
		165	.	.	.	.	170	.				.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.		.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.					.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.																.																				.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.																.																				.	.	.	.
Query Sequence		L	G	E	R	F	T	A	.	.	.	L	V	R	N	G	Q	T	V	E	T	W	N	R	D	G	.	G	T	S	T	E	Q	A	Y	K	N	I	P	F	Y	M	T	N	R	G	.	.	.	.	Y	G	V	L	V	N	H	P	Q	C	V	S	F	E	V	G	S	E	K	V	S	K	V	Q	F	S	V	E	S	E	Y
Query Conservation									.	.	.																.																				.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.																.																				.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																																																																			.	.
Template Sequence		F	G	E	T	E	H	R	S	Y	R	R	D	L	E	W	H	T	W	G	M	F	S	R	D	Q	P	P	G	Y	K	K	N	S	Y	G	V	H	P	Y	Y	M	G	L	E	E	D	G	S	A	H	G	V	L	L	L	N	S	N	A	M	D	V	T	F	Q	.	.	P	L	P	A	L	T	Y	R	T	T	G	G	V
Template Known Secondary structure			S	S	S			S	S	S	B				S	S						S						S		T	T				S											S	S	S											S	S							.	.	T	T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Template SS confidence
		1134	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.			.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	Y	F	V	I	D	G	P	T	P	K	A	V	L	D	R	Y	T	R	F	T	G	R	P	A	L	P	P	A	W	S	F	G	L	W	L	T	T	S	F	T	T	N	Y	D	E	A	T	V	N	S	F	I	D	G	M	A	E	R	N	L	P	L	H	V	F	H	F	D	C	F	W	M	K	A	F	Q	W	C
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.																																		.	.
Template Conservation																																													.	.																																		.	.
Template Sequence		L	D	F	Y	V	F	L	G	P	T	P	E	L	V	T	Q	Q	Y	T	E	L	I	G	R	P	V	M	V	P	Y	W	S	L	G	F	Q	L	C	R	Y	G	Y	Q	.	.	N	D	S	E	I	A	S	L	Y	D	E	M	V	A	A	Q	I	P	Y	D	V	Q	Y	S	D	I	D	Y	M	E	R	Q	L	.	.
Template Known Secondary structure										S	S																				G	G	G	G	S						T	T			.	.	S															T										G	G	G	S	S	T	T		.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.																																		.	.
Template SS confidence
		1212	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.					.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370		.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.																		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.																		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	E	W	D	P	L	T	F	P	D	P	E	G	M	I	R	R	L	K	A	K	G	L	K	I	C	V	W	I	N	P	Y	I	G	Q	K	.	.	.	.	S	P	V	F	K	E	L	Q	E	K	G	Y	L	L	K	R	P	.	D	G	S	L	W	Q	W	D	K	W	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																							.	.	.	.																		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.																															.	.	.	.																		.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.
Template Sequence		D	F	T	L	S	P	.	K	F	A	G	F	P	A	L	I	N	R	M	K	A	D	G	M	R	V	I	L	I	L	D	P	A	I	S	G	N	E	T	Q	P	Y	P	A	F	T	R	G	V	E	D	D	V	F	I	K	Y	P	N	D	G	D	I	V	W	G	K	V	W	P	D	F	P	D	V	V	V	N	G	S
Template Known Secondary structure		T	T				G	.	G	G	T	T												T									S								S												T		B		B		S	S	S			B										S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		1288	.	1290	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.
													382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.									.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	L	A	I	Y	D	F	T	N	P	D	A	C	K	W	Y	A	D	K	L	K	G	L	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	M	G	V	D	C	F	K	T	D	F	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	W	D	S	Q	V	E	L	Y	R	A	Y	V	A	F	P	D	F	F	R	N	S	T	A	K	W	W	K	R	E	I	E	E	L	Y	N	N	P	Q	N	P	E	R	S	L	K	F	D	G	M	W	I	D	M	N	E	P	S	S	F	V	N	G	A	V	S	P	G	C	R	D	A	S	L	N	H	P	P	Y
Template Known Secondary structure		S									T							B		T	T	S																S		S	S		G	G	G					S						S	T	T	T			S	S	S	S	S	S	S	S					T	T	T	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1367	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.
																420	.	.	.	.	.	.	.	.					.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	P	T	D	V	Q	W	F	.	.	.	.	D	G	S	D	P	Q	K	M	H	N	H	Y	A	Y	I	Y	N	E	L	V	W	N	V	L	K	D	T	V	G	E	E	E	A	V	L	F	A	R	S	A	S	V	G	A	Q	K	F	P	V	H	W	G	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.																												.
Template Conservation																																																								.
Template Sequence		M	P	H	L	E	S	R	D	R	G	L	S	S	K	T	L	C	M	E	S	Q	Q	I	L	P	D	G	S	L	V	Q	H	Y	N	V	H	N	L	Y	G	W	S	Q	T	R	P	T	Y	E	A	V	Q	E	V	.	T	G	Q	R	G	V	V	I	T	R	S	T	F	P	S	S	G	R	W	A	G	H	W	L	G
Template Known Secondary structure				S		T	T	G	G	G	T	T	T	T	T	S			T	T						S	S	S									G	G	G																	.		S	S							S	S			T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																								.
Template SS confidence
		1447	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.			.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.
Query SS confidence																																																														.	.
Query Sequence		D	C	Y	A	N	Y	E	S	M	A	E	S	L	R	G	G	L	S	I	G	L	S	G	F	G	F	W	S	H	D	I	G	G	F	E	N	T	A	P	A	H	V	Y	K	R	W	C	A	F	G	L	L	S	S	H	S	R	L	H	G	.	.	S	K	S	Y	R	V	P	W	A	Y	D	D	E	S	C	D	V	V
Query Conservation																																																														.	.
Alig confidence																																																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	T	A	A	W	D	Q	L	K	K	S	I	I	G	M	M	E	F	S	L	F	G	I	S	Y	T	G	A	D	I	C	G	F	F	Q	D	A	E	Y	E	M	C	V	R	W	M	Q	L	G	A	F	Y	P	F	S	R	N	H	N	T	I	G	T	R	R	Q	D	P	V	S	W	D	V	A	F	V	N	I	S
Template Known Secondary structure				B	S	S	T																	T			S				B	T	T		S	B	S															T	T	S	S	S							S	S	S				S	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1526	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.
Query SS confidence																																																																			.
Query Sequence		R	F	F	T	Q	L	K	C	R	M	M	P	Y	L	Y	R	E	A	A	R	A	N	A	R	G	T	P	M	M	R	A	M	M	M	E	F	P	D	D	P	A	C	D	Y	L	D	R	Q	Y	M	L	G	D	N	V	M	V	A	P	V	F	T	E	A	G	.	D	V	Q	F	Y	L	P	E	G	R	W	T	H	L
Query Conservation																																																																			.
Alig confidence																																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	V	L	Q	T	R	Y	T	L	L	P	Y	L	Y	T	L	M	H	K	A	H	T	E	G	V	T	V	V	R	P	L	L	H	E	F	V	S	D	Q	V	T	W	D	I	D	S	Q	F	L	L	G	P	A	F	L	V	S	P	V	L	E	R	N	A	R	N	V	T	A	Y	F	P	R	A	R	W	Y	D	Y
Template Known Secondary structure																													S				G	G	G	T		T	T		T	T	T	T	T			S	S				T	T	T								S	S	S										S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1606	.	.	.	1610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1680	.	.	.	.	.
		639	640	.	.	.	.	.	.		.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.		.
Predicted Secondary structure										.																																																																			.		.	.	.
Query SS confidence										.																																																																			.		.	.	.
Query Sequence		W	H	N	D	E	L	D	G	.	S	R	W	H	K	Q	Q	H	G	F	L	S	L	P	V	Y	V	R	D	N	T	L	L	A	L	G	N	N	D	Q	R	P	D	Y	V	W	H	E	G	T	A	F	H	L	F	N	L	Q	D	G	H	E	A	V	C	E	V	P	A	A	D	G	S	V	I	F	.	T	.	.	.
Query Conservation										.																																																																			.		.	.	.
Alig confidence										.																																																		.																	.		.	.	.
Template Conservation																																																												.
Template Sequence		Y	T	G	V	D	I	N	A	R	G	E	W	K	T	L	P	A	P	L	D	H	I	N	L	H	V	R	G	G	Y	I	L	P	W	Q	E	P	A	L	N	T	H	L	S	R	Q	K	F	M	G	F	K	I	A	L	D	D	E	.	G	T	A	G	G	W	L	F	W	D	D	G	Q	S	I	D	T	Y	G	K	G
Template Known Secondary structure		T	T			B				S	S									T	T								T											S	S					T	T	S									B	T	T	.	B											S	S	S	T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																																												.
Template SS confidence
		1686	.	.	.	1690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1740	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1760	.	.	.	.
								714	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	L	K	A	A	R	T	G	N	T	I	T	V	T	G	A	G	E	A	K	N	W	T	L	C	L	R	N	V	V	K	V	N	G	L	Q	D	G	S	Q	A	E	S	E	Q	G	L	V	V	K	P	Q	G	N	A	L	T	I	T	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.
Template Sequence		L	Y	Y	L	A	S	F	S	A	S	Q	N	T	M	Q	S	H	I	I	F	N	N	Y	I	T	G	T	N	P	L	K	L	G	Y	I	E	I	W	G	V	G	S	V	P	.	.	.	.	V	T	S	V	S	I	S	V	S	G	M	V	I	T	P	S	F
Template Known Secondary structure												S	S										S	S			S	S	S			B											S	S		.	.	.	.			S						S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		1765	.	.	.	.	1770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.					.	1810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.