Job Description P31434 Confidence 95.34% Date Thu Jan 5 11:47:24 GMT 2012 Rank 120 Aligned Residues 98 % Identity 33% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

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		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	E	G	M	I	R	R	L	K	A	K	G	L	K	I	C	V	W	I	N	P	.	Y	I	G	Q	K	S	P	V	F	K	E	L	Q	E	K	G	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																								.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	D	R	L	V	T	E	A	H	N	R	G	I	K	I	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T	G	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	S	S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G	A	A	G	Y	N	A	A	E	W	F	Q
Template Known Secondary structure													T	T										S				T	T	S							T	T		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G	G	G	G			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I	L	V	V	S	T	G	T	K	A	D	E	D	N	P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L	T	V	D	F	E	S	T	W	G	L	L
Template Known Secondary structure		S		S																S	S	T	T	S									S	S				S		S					T	T							T	T	T									S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
																																												367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.							.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	R	P	D	G	S	L	W	Q	W	D	K	W	Q	P	G	L	A	I	Y	D	F	T	N	P	D	.	.	.	.	.	.	A	C	K	W	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A	L	N	K	D	F	K	L	T	N	A	G	N	P	A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D	Q	A	G	E	S	P	A	Y	Q	A	I
Template Known Secondary structure				S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B		T	T	S					B		S	S	S		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	D	K	L	K	G	L	V	A	M	G	V	D	C	F	K	T	D	F	G	E	R	I	P	T	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	D	A	A	K	G	W	I	A	R	G	V	D	G	L	R	L	D	A	V	K	H	I	Y	H	S
Template Known Secondary structure											T	T							T	T	G	G	G	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		371	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Please cite: Protein structure prediction on the web: a case study using the Phyre server
Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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