Job Description P31434 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:47:24 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 558 % Identity 14% Template c2xn1B_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:alpha-galactosidase; PDBTitle: structure of alpha-galactosidase from lactobacillus acidophilus ncfm2 with tris Resolution 2.30 Å

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		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.		.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure																																												.
Query SS confidence																																												.
Query Sequence		I	V	G	V	R	I	E	H	F	Q	G	A	L	N	N	G	P	H	Y	P	L	N	I	L	Q	D	V	K	V	T	I	E	N	T	E	R	Y	A	E	F	K	S	.	G	N	L	S	A	R	V	S	K	G	E	F	W	S	L	D	F	L	R	N	G	E	R	I	T	G	S	Q	V	K	N	N	G	Y	V	Q	D
Query Conservation																																												.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.					.																																			.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Template Sequence		T	L	I	V	T	L	E	D	K	V	S	K	L	E	Y	D	L	L	Y	T	I	Y	R	D	R	P	V	I	V	R	S	V	.	.	.	.	.	.	Q	V	H	N	H	G	E	E	A	V	Y	L	E	K	V	A	S	M	Q	M	D	Y	V	D	K	D	F	E	V	I	T	L	P	G	A	H	A	N	E	.	.	.
Template Known Secondary structure										T	T	T	T											T	T	S	S							.	.	.	.	.	.						S	S	S															S	S											B	T	T	B		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.							.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		T	N	N	Q	R	N	Y	M	F	E	R	L	D	L	G	V	G	E	T	V	Y	G	L	G	E	R	F	T	A	L	V	R	N	G	Q	T	V	.	E	T	W	N	R	D	G	G	T	S	T	E	Q	A	Y	K	N	I	P	F	Y	M	T	N	R	G	Y	G	V	L	V	N	H	P	Q	C	V	S	F	E	V	G
Query Conservation																																							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.												.	.																			.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.												.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	R	R	V	Q	R	E	N	I	G	Q	G	.	.	I	K	V	F	S	S	Y	R	G	T	S	S	H	Q	M	N	P	F	M	A	L	V	D	H	D	T	N	E	F	M	G	E	A	Y	G	F	A	L	A	Y	S	G	N	H	K	F	E	V	E	R	D	Q	F	G	Q	I	H	V	N	T	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.										S		.	.								S	S	S	S		S	S										T	T			S	S	S	B										S	S										T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.												.	.
Template SS confidence
								207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.			.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.					.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.								.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	K	V	S	K	V	Q	F	S	V	E	S	E	Y	L	.	.	.	.	E	Y	F	V	I	D	G	P	T	P	K	A	V	L	D	R	Y	T	R	F	T	G	R	P	A	L	P	P	A	W	S	F	G	L	.	.	.	.	.	.	.	W	L	T	T	S	F	T	T	N	Y	D	E	A	T	V	N	S	F	I
Query Conservation																		.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.							.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		I	N	D	Y	N	F	K	W	K	L	N	P	N	E	E	F	Q	T	P	E	V	L	M	V	Y	S	D	Q	G	L	N	K	M	S	Q	A	F	H	S	L	I	H	E	R	I	M	R	S	K	F	K	D	Q	I	R	P	V	L	V	N	N	W	E	A	T	Y	F	.	.	D	F	N	E	D	K	L	K	T	I	V
Template Known Secondary structure					T	T							T	T														S	B																	T				T	T	T	T	S													T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.			.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.						.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.		.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.														.																						.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.														.																						.
Query Sequence		D	G	M	A	E	R	N	L	P	L	H	V	F	H	F	D	C	F	W	M	K	A	F	Q	.	.	.	.	.	W	C	D	F	E	W	D	P	L	T	F	P	D	.	P	E	G	M	I	R	R	L	K	A	K	G	L	K	I	C	V	W	I	N	P	.	Y	I	G	Q	K	S	P	V	F	K	E	L	Q	E	K
Query Conservation																										.	.	.	.	.														.																						.
Alig confidence										.	.															.	.	.	.	.														.																						.															.
Template Conservation										.	.																																																																						.
Template Sequence		D	K	A	K	K	L	G	L	.	.	E	M	F	V	L	D	D	G	W	F	G	H	R	D	D	D	N	S	S	L	G	D	W	K	V	Y	K	K	K	F	P	N	G	L	G	H	F	A	D	Y	V	H	E	Q	G	L	K	F	G	L	W	F	E	P	E	M	I	S	Y	E	S	N	L	Y	K	E	H	P	D	.
Template Known Secondary structure								T		.	.							T	T	S	B	T	T		S	S	T	T	S		T	T			S	B		T	T	T		T	T												T	T									T	T				S	S	S							G	G	.
Template Predicted Secondary structure										.	.																																																																						.
Template SS confidence
		357	.	.	360	.	.	.	.			.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		G	Y	L	L	K	R	P	D	G	S	L	W	Q	W	D	K	W	Q	P	G	L	A	I	Y	D	F	T	N	P	D	A	C	K	W	Y	A	D	K	L	K	G	L	V	.	A	M	G	V	D	C	F	K	T	D	F	G	E	R	I	P	T	D	V	Q	W	F	D	G	S	D	P	Q	K	M	H	N	H	Y	A	Y
Query Conservation																																													.
Alig confidence		.														.	.	.	.																										.
Template Conservation		.														.	.	.	.
Template Sequence		.	Y	L	M	H	V	P	G	R	K	P	C	P	S	.	.	.	.	R	N	Q	Y	V	L	E	L	G	R	K	E	V	R	D	N	I	F	E	Q	M	V	K	I	L	D	S	K	K	I	D	Y	I	K	W	D	M	N	R	S	L	S	D	I	Y	E	S	D	L	P	A	D	Q	Q	G	E	A	Y	H	R	Y	V
Template Known Secondary structure		.	G	B				T	T	S					B	.	.	.	.	T	T	B			B		T	T	S																T	T	S											S				S				T	T	S		G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.														.	.	.	.
Template SS confidence
			434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.					.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.							.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Y	N	E	L	V	W	N	V	L	K	D	T	V	G	E	E	E	A	V	L	F	A	R	S	A	S	V	G	A	.	.	.	.	.	.	Q	K	F	P	V	H	W	G	G	D	C	Y	A	N	Y	E	S	M	A	E	S	L	R	G	G	L	S	I	G	L	S	G	F	G	F	W	S	H	D	I	G	G	F	E
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.
Template Sequence		L	G	Y	Y	D	L	L	N	K	L	V	T	R	Y	P	D	.	.	I	L	F	E	G	C	S	G	G	G	G	R	F	D	V	G	Q	A	Y	Y	T	P	Q	I	W	A	S	D	N	T	D	A	I	E	R	L	K	I	Q	Y	G	T	S	L	V	Y	P	Q	S	M	M	T	S	H	V	S	V	S	P	N	E	Q
Template Known Secondary structure																T	T	.	.	S						B	T	B	B	T	T		S					T	T		S					B	S															T	T	T	S		G	G	G								S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.			.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	T	A	P	A	H	V	Y	K	R	W	C	A	F	G	L	L	S	S	H	S	R	L	H	G	S	K	S	Y	R	V	P	W	A	Y	D	D	E	S	C	D	V	V	R	F	F	T	Q	L	K	C	R	M	M	P	Y	L	Y	R	E	A	A	R	A	N	A	R	G	T	P	M	M	R	A	M	M	M	E	F	P
Query Conservation
Alig confidence													.	.											.	.	.	.	.																																	.	.
Template Conservation													.	.											.	.	.	.	.																																	.	.
Template Sequence		N	G	R	I	T	P	F	N	T	R	G	.	.	A	V	A	M	W	G	D	L	G	Y	.	.	.	.	.	E	L	D	L	T	K	M	S	D	E	E	S	D	Q	V	V	K	Q	V	T	E	Y	K	K	I	R	E	V	T	Q	F	G	.	.	T	L	Y	R	L	K	A	S	A	S	N	Q	C	A	W	M	M	V
Template Known Secondary structure		T											.	.				T	T	S					.	.	.	.	.		S		G	G	G																										S	.	.								G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure													.	.											.	.	.	.	.																																	.	.
Template SS confidence
		587	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.			.	.	600	.	.	.	.	.	.	.						.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.			640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.		.	.	630		.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.			.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.				.																						.	.
Query SS confidence																																	.				.																						.	.
Query Sequence		D	D	P	A	C	D	Y	L	D	R	Q	Y	M	L	G	D	N	V	M	V	A	P	V	F	T	E	A	G	D	V	Q	.	F	Y	L	.	P	E	G	R	W	T	H	L	W	H	N	D	E	L	D	G	S	R	W	H	K	.	.	Q	Q	H	G	F	L	S	L	P	V	Y	V	R
Query Conservation																																	.				.																						.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.																								.				.																						.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.
Template Sequence		D	S	N	.	.	.	.	.	K	N	E	A	V	V	T	V	V	N	V	M	A	H	A	Q	P	Y	C	T	K	T	K	L	A	G	L	D	P	D	K	R	Y	K	N	L	E	T	D	E	V	F	G	G	D	E	L	M	H	L	G	F	Y	D	P	I	E	R	G	D	F	K	A	K
Template Known Secondary structure			T	T	.	.	.	.	.	S											S			S	S										S			T	T	S					T	T	T												T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		658	.	660						.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.