Job Description P31434 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:47:24 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 733 % Identity 20% Template c2qmjA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:maltase-glucoamylase, intestinal; PDBTitle: crystral structure of the n-terminal subunit of human maltase-2 glucoamylase in complex with acarbose Resolution 1.90 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	W	L	I	Q	P	G	L	N	L	I	H	P	L	Q	V	F	E	V	E	Q	Q	D	N	E	M	V	V	Y	A	A	P	R	D	V	R	E	R	T	W	Q	L	D	T	P	L	F	T	L	R	F	F	S	P	Q	E	G	I	V	G	V	R	I	E	H	F	Q	G	A	L	N	N	G	P	H	Y	P	L	N	I
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.																				.								.	.
Template Conservation												.	.	.																				.								.	.
Template Sequence		Y	Y	S	K	N	H	S	Y	H	V	.	.	.	E	G	N	L	V	N	T	N	A	G	F	T	A	R	L	K	N	L	P	.	S	S	P	V	F	G	S	.	.	N	V	D	N	V	L	L	T	A	E	Y	Q	T	S	N	R	F	H	F	K	L	T	D	Q	T	N	N	R	F	E	V	P	H	E	H	V	Q	S
Template Known Secondary structure					S	S		S				.	.	.								S	S										S	.				T	T	S		.	.	B		S											T	T									T	T	S								S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.																				.								.	.
Template SS confidence
		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.				.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80			.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.
Query SS confidence																																	.
Query Sequence		L	Q	D	V	K	V	T	I	E	N	T	E	R	Y	A	E	F	K	S	G	N	L	S	A	R	V	S	K	G	E	F	.	W	S	L	D	F	L	R	N	G	E	R	I	T	G	S	Q	V	K	N	N	G	Y	V	Q	D	T	N	N	Q	R	N	Y	M	F	E	R	L	D	L	G	V	G	E	T	V	Y	G	L
Query Conservation																																	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		F	S	G	N	A	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	Y	Q	V	E	I	S	R	Q	P	F	S	I	K	V	T	R	R	S	N	N	R	V	L	F	D	S	S	.	.	.	.	.	.	I	G	P	L	L	F	A	D	Q	F	L	Q	L	S	T	R	L	.	P	S	T	N	V	Y	G	L
Template Known Secondary structure				S				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S								T	T								T	T	T							G	G	.	.	.	.	.	.	G	S						T	T									.	S		S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		119	120	.	.	.	.	.												.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.							.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.		.	.	.	.	.	.	.	180
		166	.	.	.	170	.				.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.			.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.						.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.																.	.																.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.																.	.																.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	R	F	T	A	.	.	.	L	V	R	N	G	Q	T	V	E	T	W	N	R	D	G	.	.	G	T	S	T	E	Q	A	Y	K	N	I	P	F	Y	M	.	.	.	.	.	T	N	R	G	Y	G	V	L	V	N	H	P	Q	C	V	S	F	E	V	G	S	E	K	V	S	K	V	Q	F	S	V	E	S	E
Query Conservation								.	.	.																.	.																.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.																.	.																.	.	.	.	.																					.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		G	E	H	V	H	Q	Q	Y	R	H	D	M	N	W	K	T	W	P	I	F	N	R	D	T	T	P	N	G	N	G	T	N	L	Y	G	A	Q	T	F	F	L	C	L	E	D	A	S	G	L	S	F	G	V	F	L	M	N	S	N	A	M	E	V	V	L	Q	.	.	P	A	P	A	I	T	Y	R	T	I	G	G
Template Known Secondary structure			S	S			S	S	S	S				S	S													S	T	T					S											S	T	T												S								.	.	T	T	T							S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.			.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	L	E	Y	F	V	I	D	G	P	T	P	K	A	V	L	D	R	Y	T	R	F	T	G	R	P	A	L	P	P	A	W	S	F	G	L	W	L	T	T	S	F	T	T	N	Y	D	E	A	T	V	N	S	F	I	D	G	M	A	E	R	N	L	P	L	H	V	F	H	F	D	C	F	W	M	K	A	F	Q	W
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.																																		.
Template Conservation																																														.	.																																		.
Template Sequence		I	L	D	F	Y	V	F	L	G	N	T	P	E	Q	V	V	Q	E	Y	L	E	L	I	G	R	P	A	L	P	S	Y	W	A	L	G	F	H	L	S	R	Y	E	Y	G	.	.	T	L	D	N	M	R	E	V	V	E	R	N	R	A	A	Q	L	P	Y	D	V	Q	H	A	D	I	D	Y	M	D	E	R	R	.
Template Known Secondary structure											S	S																				G	G	G	G	S						S				.	.	S														T	T										G	G	G	S	B	T	T	B	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.																																		.
Template SS confidence
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.			.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.							.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.																				.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.																				.
Query Sequence		C	D	F	E	W	D	P	L	T	F	P	D	P	E	G	M	I	R	R	L	K	A	K	G	L	K	I	C	V	W	I	N	P	Y	I	G	Q	K	.	.	.	.	.	.	S	P	V	F	K	E	L	Q	E	K	G	Y	L	L	K	R	P	D	G	.	S	L	W	Q	W	D	K	W	Q	P	G	L	A	I	Y	D
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.																				.
Alig confidence		.																																						.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	D	F	T	Y	D	S	V	D	F	K	G	F	P	E	F	V	N	E	L	H	N	N	G	Q	K	L	V	I	I	V	D	P	A	I	S	N	N	S	S	S	S	K	P	Y	G	P	Y	D	R	G	S	D	M	K	I	W	V	N	S	S	D	G	V	T	P	L	I	G	E	V	W	P	G	Q	T	V	F	P	D
Template Known Secondary structure		.	T	T				T	T	T	T	T	T											T	T									S								S	S	S												T		B		B		T	T	S	S	S	B						T	T						B
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			336	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	N	P	D	A	C	K	W	Y	A	D	K	L	K	G	L	V	A	.	M	G	V	D	C	F	K	T	D	F	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	I	P	T	D	V	Q	W	F	D	G	S	D	P
Query Conservation																					.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																																															.
Template Sequence		Y	T	N	P	N	C	A	V	W	W	T	K	E	F	E	L	F	H	N	Q	V	E	F	D	G	I	W	I	D	M	N	E	V	S	N	F	V	D	G	S	V	S	G	C	S	T	N	N	L	N	N	P	P	F	T	P	R	I	L	D	G	Y	L	F	C	K	T	L	C	M	D	A	V	Q	H	W	G	.	K	Q
Template Known Secondary structure		T	T	S																T	T	S			S						S	T	T	T			S	S	S	B	S	T	T					S	T	T	T	S		S				S		G	G	G		T	T	T	T	S	B		T	T				T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.
Template SS confidence
		415	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.		.	.
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	K	M	H	N	H	Y	A	Y	I	Y	N	E	L	V	W	N	V	L	K	D	T	V	G	E	E	E	A	V	L	F	A	R	S	A	S	V	G	A	Q	K	F	P	V	H	W	G	G	D	C	Y	A	N	Y	E	S	M	A	E	S	L	R	G	G	L	S	I	G	L	S	G	F	G	F	W	S	H	D	I	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	D	I	H	N	L	Y	G	Y	S	M	A	V	A	T	A	E	A	A	K	T	V	F	P	N	K	R	S	F	I	L	T	R	S	T	F	A	G	S	G	K	F	A	A	H	W	L	G	D	N	T	A	T	W	D	D	L	R	W	S	I	P	G	V	L	E	F	N	L	F	G	I	P	M	V	G	P	D	I	C
Template Known Secondary structure					G	G	G																	S	T	T	B							S	S			T	T	G	G	G	T							S		B	S	S																	T	T			S						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.			.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.			.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.													.	.
Query SS confidence																														.	.													.	.
Query Sequence		G	F	E	N	T	A	P	A	H	V	Y	K	R	W	C	A	F	G	L	L	S	S	H	S	R	L	H	G	.	.	S	K	S	Y	R	V	P	W	A	Y	D	D	.	.	E	S	C	D	V	V	R	F	F	T	Q	L	K	C	R	M	M	P	Y	L	Y	R	E	A	A	R	A	N	A	R	G	T	P	M	M	R
Query Conservation																														.	.													.	.
Alig confidence																														.	.													.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	A	L	D	T	P	E	E	L	C	R	R	W	M	Q	L	G	A	F	Y	P	F	S	R	N	H	N	G	Q	G	Y	K	D	Q	D	P	A	S	F	G	A	D	S	L	L	L	N	S	S	R	H	Y	L	N	I	R	Y	T	L	L	P	Y	L	Y	T	L	F	F	R	A	H	S	R	G	D	T	V	A	R
Template Known Secondary structure			S	B	S															T	T	S	S	S							S	S	S				S	G	G	G	G		T	T																	T														T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.		.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.																							.
Query SS confidence																																					.																							.
Query Sequence		A	M	M	M	E	F	P	D	D	P	A	C	D	Y	L	D	R	Q	Y	M	L	G	D	N	V	M	V	A	P	V	F	T	E	A	G	.	D	V	Q	F	Y	L	P	E	G	R	W	T	H	L	W	H	N	D	E	L	D	G	.	S	R	W	H	K	Q	Q	H	G	F	L	S	L	P	V	Y	V	R	D	N	T
Query Conservation																																					.																							.
Alig confidence																																					.																							.
Template Conservation
Template Sequence		P	L	L	H	E	F	Y	E	D	N	S	T	W	D	V	H	Q	Q	F	L	W	G	P	G	L	L	I	T	P	V	L	D	E	G	A	E	K	V	M	A	Y	V	P	D	A	V	W	Y	D	Y	E	T	G	S	Q	V	R	W	R	K	Q	K	V	E	M	E	L	P	G	D	K	I	G	L	H	L	R	G	G	Y
Template Known Secondary structure								T	T		G	G	G	T	T			S					T	T	T								S	T	T		S								S	S					T	T	T			B		S			S									T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		654	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.									.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.		.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		L	L	A	L	G	N	N	D	Q	R	P	D	Y	V	W	H	E	G	T	A	F	H	L	F	N	L	Q	D	G	H	E	A	V	C	E	V	P	A	A	D	G	S	V	I	F	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	K	A	A	R	T	G	N	T	I	T	V	T	G	.	A	G	E	A	K	N	W	T	L	C	L
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence																															.																.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																															.
Template Sequence		I	F	P	T	Q	Q	P	N	T	T	T	L	A	S	R	K	N	P	L	G	L	I	I	A	L	D	E	N	K	.	E	A	K	G	E	L	F	W	D	D	G	E	T	K	D	T	V	A	N	K	V	Y	L	L	C	E	F	S	V	T	Q	N	R	L	E	V	N	I	S	Q	S	T	Y	K	D	P	N	N	L	A
Template Known Secondary structure										S	S					T	T	S										T	T	S	.											S	S	B	T	T	T	T	T	T	T											S	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		734	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.		.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.
		739	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.									.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	V	V	K	V	N	G	L	Q	D	G	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	S	E	Q	G	L	V	V	K	P	Q	G	N	A	L	T	I	T
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	N	E	I	K	I	L	G	T	E	E	P	S	N	V	T	V	K	H	N	G	V	P	S	T	S	P	T	V	T	Y	D	S	N	L	K	V	A	I	I	T
Template Known Secondary structure									S												T	T	B											T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		813	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.