Job Description P31434 Confidence 98.18% Date Thu Jan 5 11:47:24 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 360 % Identity 13% Template c1jd7A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the mutant k300r of2 pseudoalteromonas haloplanctis alpha-amylase Resolution 2.25 Å

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		284	.	.	.	.	.	290		.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.									.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.			.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.
Predicted Secondary structure									.																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Query SS confidence									.																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Query Sequence		A	T	V	N	S	F	I	.	D	G	M	A	E	R	N	L	P	L	H	V	F	H	F	.	.	.	.	.	.	.	.	D	C	F	W	M	K	A	F	Q	W	C	D	F	E	W	D	P	L	T	F	P	.	.	D	P	E	G	M	I	R	R	L	K	A	K	G	L	K	I	C	V	W	I	N	P	.	Y	I	G
Query Conservation									.																.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Alig confidence									.									.	.						.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.																							.
Template Conservation																		.	.
Template Sequence		Q	D	V	A	Q	E	C	E	Q	Y	L	G	P	K	G	Y	.	.	A	A	V	Q	V	S	P	P	N	E	H	I	T	G	S	Q	W	W	T	R	Y	Q	P	V	S	Y	E	L	Q	S	R	G	G	N	R	A	Q	F	I	D	M	V	N	R	C	S	A	A	G	V	D	I	Y	V	D	T	L	I	N	H	M	A
Template Known Secondary structure											T					T		.	.									S		B	B		S	S	S	G	G	G	G	G	S	B	S		S	S	S		B	T	T	B															T	T										S
Template Predicted Secondary structure																		.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	K	S	P	V	F	K	E	L	Q	E	K	G	Y	L	L	K	R	P	D	G	S	L	W	Q	W	D	K	W	Q	P	G	L	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	F	T	N	P	D	A	C	K	W	Y	A	D	K	L	K	G	L	V	A	M	G	V	D	C	F
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	S	G	T	G	T	A	G	N	S	F	G	N	K	S	F	P	I	Y	S	P	Q	D	F	H	E	S	C	T	I	N	N	S	D	Y	G	N	D	R	Y	R	V	Q	N	C	E	L	V	G	L	A	D	L	D	T	A	S	N	Y	V	Q	N	T	I	A	A	Y	I	N	D	L	Q	A	I	G	V	K	G	F
Template Known Secondary structure		S	S				B	T	T	S				B	T	T	B		S	S			G	G	G	B					B																S	B	B	T	T	B			B		T	T	S																		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		414	.	.	.																								.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	T	D	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	R	I	P	T	D	V	Q	W	F	D	G	S	D	P	Q	K	M	H	N	H	Y	A	Y	I	Y	N	E	L	V	W	N	V	L	K	D	T	V	G	E	E	E	A	V	L	F	A	R	S	A	S	V
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	F	D	A	S	K	H	V	A	A	S	D	I	Q	S	L	M	A	K	V	N	G	S	P	V	V	F	Q	E	V	I	D	Q	G	G	E	A	V	G	A	S	E	Y	L	S	T	G	L	V	T	E	F	K	Y	S	T	E	L	G	N	T	F	R	N	G	S	L	A	W	L	S	N	F	G	E	G	W	G	F	M
Template Known Secondary structure					T	G	G	G	S										T	T	S		S												S	S		S	S		G	G	G	G	T	T	T	S																		S		G	G	G	G	G	G		S	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.												480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.		.	.	.			.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.				.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.				.	.
Query Sequence		G	A	Q	K	F	P	V	H	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	D	C	Y	A	N	Y	E	S	M	A	E	S	L	R	G	G	L	S	I	G	L	S	.	G	F	G	.	.	F	W	S	H	D	I	G	G	F	E	N	T	A	P	A	H	V	Y	K	R	W	C	A	F	G	L	L	S	S	H
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.				.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.				.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	S	S	A	V	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	G	A	G	N	V	I	T	F	E	D	G	R	L	Y	D	L	A	N	V	F	M	L	A	Y	P	Y	G	Y	P	R	V	M	S	S	Y	D	F	H	G	D	T	D	A	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	V	P
Template Known Secondary structure			G	G	G					S			T	T	G	G	G	T	S	S			T	T	S			G	G	G	T													S			S								B			T	T		T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.													.	.	.	.
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	R	L	H	G	S	K	S	Y	R	V	P	W	A	Y	D	D	E	S	C	D	V	V	R	F	F	T	Q	L	K	C	R	M	M	P	Y	L	Y	R	E	A	A	R	A	N	A	R	G	T	P	M	M	R	A	M	M	M	E	F	P	D	D	P	A	C	D	Y	L	D	R	Q	Y	M	L	G	D	N	V	M	V
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template Sequence		V	H	N	N	G	N	L	E	C	F	A	S	N	W	K	C	E	H	R	W	S	Y	I	A	G	G	V	D	F	R	N	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	N	W	A	V	T	N	W	W	D	N	T	N	N	Q	I	S	F	G	R	.	.	.	.	G	S	S	G	H	M
Template Known Secondary structure		S			T	T				B	S	S	S	S	B			G	G	G	S												T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T											S	S	S							.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.					.	.	.	.	.	.
		617	.	.	620	.	.	.	.				.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.						.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.																							.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.																							.	.	.	.	.
Query Sequence		A	P	V	F	T	E	A	G	.	.	.	D	V	Q	F	Y	L	P	E	G	R	W	T	H	L	W	H	N	D	E	L	D	G	.	.	.	.	.	S	R	W	H	K	Q	Q	H	G	F	L	S	L	P	V	Y	V	R	D	N	T	L	L	A	L	G	N	N	D	Q	R	P
Query Conservation										.	.	.																							.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.																							.	.	.	.	.										.
Template Conservation																																																	.
Template Sequence		A	I	N	K	E	D	S	T	L	T	A	T	V	Q	T	D	M	A	S	G	Q	Y	C	N	V	L	K	G	E	L	S	A	D	A	K	S	C	S	G	E	V	I	T	V	N	S	D	.	G	T	I	N	L	N	I	G	A	W	D	A	M	A	I	H	K	N	A	K	L	N
Template Known Secondary structure						S	S	S		B								S		S						T	T	T			B		T	T	S	S		B	S	S							T	T	.	S						B		T	T							T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.