Job Description P76123 Confidence 99.95% Date Thu Jan 5 12:19:16 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 308 % Identity 15% Template c3fxiA_ PDB info PDB header:immune system Chain: A: PDB Molecule:toll-like receptor 4; PDBTitle: crystal structure of the human tlr4-human md-2-e.coli lps ra complex Resolution 3.10 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.				.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																								.
Query SS confidence																												.	.	.																								.
Query Sequence		I	T	D	L	I	L	H	N	H	P	R	M	K	T	I	T	L	N	D	N	H	I	A	H	L	N	.	.	.	A	K	N	T	T	K	L	E	Y	L	N	L	S	N	N	N	L	L	P	T	N	D	I	.	D	Q	L	I	S	S	K	H	L	W	H	V	L	V	N	G	I	N	N	D	P	L	A	Q	M	Q	Y
Query Conservation																												.	.	.																								.
Alig confidence																												.	.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		L	G	S	Y	S	F	F	S	F	P	E	L	Q	V	L	D	L	S	R	C	E	I	Q	T	I	E	D	G	A	Y	Q	S	L	S	H	L	S	T	L	I	L	T	G	N	P	I	Q	S	L	A	L	G	A	F	S	G	L	S	S	L	Q	K	L	V	A	V	E	T	N	L	A	S	L	E	N	F	P	I	G	H
Template Known Secondary structure		B		T	T				S		T	T							T	T								T	T	S	S	T	T		S	S							T	T								T	T	T	T	T	T		T	T							T	T	S					S	T	T		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		69	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	T	A	V	R	N	I	I	D	D	T	N	E	V	T	I	D	L	S	G	L	N	L	T	T	Q	P	P	G	L	Q	N	F	T	S	I	N	L	D	N	N	Q	F	T	H	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	T	L	K	E	L	N	V	A	H	N	L	I	Q	S	F	K	L	P	E	Y	F	S	N	L	T	N	L	E	H	L	D	L	S	S	N	K	I	Q	S	I	Y	C	T	D	L	R	V	L	H	Q	M	P	L	L	N	L	S	L	D	L	S	L	N	P	M	N	F	I	Q	P	G	A	F	K	E	I	R	L
Template Known Secondary structure			T	T								S	S									G	G	G	T	T		T	T								S	S							G	G	G	G	T	T	G	G	G		S	S								T	T								T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	K	L	T	L	R	N	N	F	D	S	L	N	V	M	K	T	C	I	Q	G	L	A	G	L	E	V	H	R	L	V	L	G	E	F	R	N	E	G	N	L	E	K	F	D	K	S	A	L	E	G	L	C	N	L	T	I	E	E	F	R	L	A	Y	L	D	Y	Y	L	D	D	I	I	D	L	F	N	C	L	T
Template Known Secondary structure								S			S	S											T	T	T												T	T	S				S				T	T	T	T	G	G	G	G	G	S											S	S					S	T	T	T	S	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																													124	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	T	N	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	S	S	F	S	L	V	S	V	T	I	E	R	V	K	D	F	S	Y	N	F	G	W	Q	H	L	E	L	V	N	C	K	F	G	Q	F	P	T	L	K	L	K	S	L	K	R	L	T	F	T	S	N	K	G	G	N	A	F	S	E	V	D	L	P	S	L	E	F	L	D	L	S	R	N	G	L	S	F	K
Template Known Secondary structure		S		S								B		T	T											S						S		B		S	S							S	S								S		B	S		S	B							T	T								S	S			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	L	V	K	L	S	L	N	S	N	A	L	E	S	I	N	F	P	Q	G	R	N	V	S	I	T	H	I	S	M	N	N	N	A	L	R	N	I	D	I	D	R	L	S	S	V	T	Y	F	S	A	A	H	N	Q	L	E	F	V	Q	L	E	S	C	E	W	L	Q	Y	L	N	L	S	H	N	Q	L	T	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	C	C	S	Q	S	D	F	G	T	T	S	L	K	Y	L	D	L	S	F	N	G	V	I	T	M	S	S	N	F	L	G	L	E	Q	L	E	H	L	D	F	Q	H	S	N	L	K	Q	M	S	E	F	S	V	F	L	S	L	R	N	L	I	Y	L	D	I	S	H	T	H	T	R	V	A	F	N	G	I	F	N
Template Known Secondary structure										T		S									S		S										T		T	T							T	T	S				S	T	B	T	T	B	T	T	T	T		T	T							T	T	S				B			T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.		.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		I	V	A	G	N	K	N	E	L	L	L	L	D	L	S	H	N	K	L	T	S	L	H	N	D	L	F	P	N	L	N	T	L	L	I	N	N	N	L	L	S	E	I	.	K	I	F	Y	S	N	F	C	N	V	Q	T	L	N	A	A	N	N	Q	L	K	Y	I	N	L	D	F	L	T	Y	L	P	S	I	K	S
Query Conservation																																													.
Alig confidence																																													.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	S	S	L	E	V	L	K	M	A	G	N	S	F	Q	E	N	F	L	P	D	I	F	T	E	L	R	N	L	T	F	L	D	L	S	Q	C	Q	L	E	Q	L	S	P	T	A	F	N	S	L	S	S	L	Q	V	L	N	M	S	H	N	N	F	F	S	L	D	T	F	P	Y	K	C	L	N	S	L	Q	V
Template Known Secondary structure		T		S	S					B		T	T			B	G	G	G				S			T	T			S					B		T	T	S				S			T	T	S	G	G	G		S	S					B		T	T	S			S	S				S	G	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.		.	.	.
Predicted Secondary structure																					.
Query SS confidence																					.
Query Sequence		L	R	L	D	N	N	K	I	T	H	I	D	T	N	N	T	S	D	I	.	G	T	L
Query Conservation																					.
Alig confidence																					.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	Y	S	L	N	H	I	M	T	S	K	K	Q	E	L	Q	H	F	P	S	S	L
Template Known Secondary structure						S	S						S				T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		549	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.