Job Description P0AAE2 Confidence 99.62% Date Thu Jan 5 11:12:41 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 433 % Identity 8% Template c3dh4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:sodium/glucose cotransporter; PDBTitle: crystal structure of sodium/sugar symporter with bound galactose from2 vibrio parahaemolyticus Resolution 2.70 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.		.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.
Query SS confidence																																																																														.
Query Sequence		R	G	L	S	T	R	H	I	R	F	M	A	L	G	S	A	I	G	T	G	L	F	Y	G	S	A	D	A	I	K	M	A	G	P	S	V	L	L	A	Y	I	I	G	G	I	A	A	Y	I	I	M	R	A	L	G	E	M	S	V	H	N	P	A	A	S	S	F	S	R	Y	A	Q	E	N	L	G	.	P	L	A
Query Conservation																																																																														.
Alig confidence																																																																		.												.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		K	S	L	P	W	W	A	V	G	A	S	L	I	A	A	N	I	S	A	E	Q	F	I	G	M	S	G	S	G	Y	S	I	G	L	A	I	A	S	Y	E	W	M	S	A	I	T	L	I	I	V	G	K	Y	F	L	P	I	F	I	E	K	G	I	Y	.	T	I	P	E	F	V	E	K	R	F	N	K	K	L	K
Template Known Secondary structure		S																	S					T									T		G	G	G																		T							T	T			.	S									T
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.		.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		G	Y	I	T	G	W	T	Y	C	F	E	I	L	I	V	A	I	A	D	V	T	A	F	G	I	Y	M	G	V	W	F	P	T	V	P	H	W	I	W	V	L	S	V	V	L	I	I	C	A	V	N	L	M	S	V	K	V	F	G	E	L	E	F	W	F	S	F	F	K	V	A	T	I	I	I	M	I	V	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	I	L	A	V	F	W	I	S	L	Y	I	F	V	N	L	T	S	V	L	Y	L	G	G	L	A	L	E	T	I	L	G	I	P	L	M	Y	S	I	L	G	L	A	L	F	A	L	V	Y	S	I	V	V	W	T	D	V	I	Q	V	F	F	L	V	L	G	G	F	M	T	T	Y	M	A	V	S	F	I	G	G
Template Known Secondary structure															T																	T	T																	T	T				S																										T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
						166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	A	G	F	G	I	I	I	W	G	I	G	N	G	G	Q	P	T	G	I	H	N	L	W	S	N	G	G	F	F	S	N	G	W	L	G	M	V	M	S	L	Q	M	V	M	F	A	Y	G	G	I	E	I	I	G	I	T	A	G	E	A	K	D	P	E	K	S	I	P	R	A	I	N	S	V	P	M
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																																																															.
Template Conservation																																																																				.
Template Sequence		T	D	G	W	F	A	G	V	S	K	M	V	D	A	A	P	G	H	F	E	M	I	L	D	Q	S	N	P	Q	Y	M	N	L	P	G	I	A	V	L	I	G	G	L	W	V	A	N	L	Y	Y	W	G	F	N	Q	Y	I	I	Q	R	T	L	A	A	K	S	.	V	S	E	A	Q	K	G	I	V	F	A	A	F
Template Known Secondary structure		T	S														G	G	G	G		S	S			S	S	S	S	G	G	G	G	S		T	T					S	T									T	T	T	T									S	S	S		.
Template Predicted Secondary structure																																																																				.
Template SS confidence
		214	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	L	V	F	Y	V	G	T	L	F	V	I	M	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	W	N	Q	V	G	T	A	G	S	P	F	V	L	T	F	Q	H	M	G	I	T	F	A	A	S	I	L	N	F	V	V	L	T	A	S	L	S	A	I	N	S	D	V	F	G
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	L	I	V	P	F	L	V	V	L	P	G	I	A	A	Y	V	I	T	S	D	P	Q	L	M	A	S	L	G	D	I	A	A	T	N	L	P	S	A	A	N	A	D	K	A	Y	P	W	L	T	Q	F	L	P	V	G	V	K	G	V	V	F	A	A	L	A	A	A	I	V	S	S	L	A	S	M	L	N	S
Template Known Secondary structure						G	G	G	T	T																						T	T			S					S	S	S	G	G	G							T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	R	M	L	H	G	M	A	E	Q	G	S	A	P	K	I	F	S	K	T	S	R	R	G	I	P	W	V	T	V	L	V	M	T	T	A	L	L	F	A	V	Y	L	N	Y	I	M	P	E	N	V	F	L	V	I	A	S	L	A	T	F	A	T	V	W	V	W	I	M	I	L	L	S	Q	I	A	F	R	R
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.
Template Conservation							.	.	.
Template Sequence		T	A	T	I	F	.	.	.	T	M	D	I	Y	K	E	Y	I	S	P	D	S	G	D	H	K	L	V	N	V	G	R	T	A	A	V	V	A	L	I	I	A	C	L	I	A	P	M	L	G	G	I	G	Q	A	F	Q	Y	I	Q	E	Y	T	G	L	V	S	P	G	I	L	A	V	F	L	L	G	L	F	W	K
Template Known Secondary structure							.	.	.				T							S		S		S	S																					G	G	G	G	G	G		S											T	T	T															T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.
Template SS confidence
		373	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	L	P	P	E	E	V	K	A	L	K	F	K	V	P	G	G	V	A	T	T	I	G	G	L	I	F	L	L	F	I	I	G	L	I	G	Y	H	P	D	T	R	I	S	L	Y	V	G	F	A	W	I	V	V	L	L	I	G	W	M	F	K	R	R	H	D	R	Q	L	A	E	N	Q
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	G	A	I	I	G	V	V	A	S	I	P	F	A	L	F	L	K	F	M	P	L	S	M	P	F	M	D	Q	M	L	Y	T	L	L	F	T	M	V	V	I	A	F	T	S	L	S	T	S	I	N	D	D	D	P	K	G	I
Template Known Secondary structure		T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	S	S	S																									T	T		S	S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		450	.	.	.												.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.