Job Description P45464 Confidence 99.98% Date Thu Jan 5 12:02:41 GMT 2012 Rank 26 Aligned Residues 326 % Identity 12% Template d1ewka_ SCOP info Periplasmic binding protein-like I Periplasmic binding protein-like I L-arabinose binding protein-like Resolution 2.20

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.															.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.		.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		I	A	L	L	L	P	L	N	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	V	F	G	R	T	I	Q	Q	G	F	E	A	A	K	N	I	G	T	Q	P	V	A	A	Q	.	V	A	A	A	P	A	A	D	V	A	E	Q	P	Q	P	Q	T	V	D	G	V	A	S	P	A	Q	A	S	V
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	A	L	F	S	V	H	H	Q	P	P	A	E	K	V	P	E	R	K	C	G	E	I	R	E	Q	Y	G	I	Q	R	V	E	A	M	F	H	T	L	D	K	I	N	A	D	P	V	L	L	P	N	I	T	L	G	S	E	I	R	D	S	C	W	H	S	S	V	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	B					T	T	T	G	G	G	T					B		T	T	T	T																		S	S	S	S	T	T											T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
		324	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.	400	.
Predicted Secondary structure																																																																												.	.
Query SS confidence																																																																												.	.
Query Sequence		S	D	L	T	G	E	Q	P	A	A	Q	P	V	P	V	S	A	P	A	T	S	T	A	A	V	S	A	P	A	N	P	S	A	E	L	K	I	Y	D	T	S	S	Q	P	L	S	Q	I	L	S	Q	V	Q	Q	D	G	A	S	I	V	V	G	P	L	L	K	N	N	V	E	E	L	L	K	.	.	S	N	T	P
Query Conservation																																																																												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	S	I	E	F	I	R	K	P	I	A	G	V	I	G	P	G	S	S	S	V	A	I	Q	V	Q	N	L	L	Q	L	F	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		S	S												G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.					.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.
Query Sequence		L	N	V	L	A	L	N	Q	P	E	N	I	.	.	.	.	E	N	R	V	N	I	C	Y	F	A	L	S	P	E	D	E	A	R	D	A	A	R	H	I	R	D	Q	G	K	Q	A	P	L	V	L	I	P	R	S	S	L	G	D	R	V	A	N	A	F	A	Q	E	W	Q	K	L	G	G	G	T	V	L	Q	Q
Query Conservation														.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	P	Q	I	A	Y	S	A	T	S	I	D	L	S	D	K	T	L	Y	K	Y	F	L	R	V	V	P	S	D	T	L	Q	A	R	A	M	L	D	I	V	K	R	Y	N	W	T	Y	V	S	A	V	H	T	E	G	N	Y	G	E	S	G	M	D	A	F	K	E	L	A	A	Q	E	G	L	C	I	A	H	S	D
Template Known Secondary structure							S	S				G	G	G	G		T	T	T		T	T				S	S																	T	T										S	S																		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.				.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		K	F	G	S	T	S	.	.	.	E	L	R	A	G	V	N	G	G	S	G	I	A	L	T	G	S	P	I	T	L	R	A	T	T	D	S	G	M	T	T	N	N	P	T	L	Q	T	T	P	T	D	D	Q	F	T	N	N	G	G	R	V	D	A	V	Y	I	V	A	T	P	G	E	I	A	F	I	K	P	M	I
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	I	Y	S	N	A	G	E	K	S	F	D	R	L	L	R	K	L	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	P	K	A	R	V	V	V	C	F	C	E	G	M	T	V	R	G	L	L	S	A	M
Template Known Secondary structure					T	T															T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	M	R	N	G	S	Q	S	G	A	T	L	Y	A	S	S	R	S	A	Q	G	T	A	G	P	D	F	R	L	E	M	E	G	L	Q	Y	S	E	I	P	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	G	N	L	P	L	M	Q	Q	A	L	S	A	V	N	.	.	.	.	.
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Alig confidence									.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template Conservation									.
Template Sequence		R	R	L	G	V	V	G	.	E	F	S	L	I	G	S	D	G	W	A	D	R	D	E	V	I	E	G	Y	E	V	E	A	N	G	G	I	T	I	K	L	Q	S	P	E	V	R	S	F	D	D	Y	F	L	K	L	R	L	D	T	N	T	R	N	P	W	F	P	E	F	W	Q	H	R	F	Q	C	R	L	P	G
Template Known Secondary structure					T			S	.								T	T	T	T	T						T	T						T	T																			T	T			T	T	T			S		T	T									T	T		B		T	T
Template Predicted Secondary structure									.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310		.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
																					613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	Y	S	L	A	R	M	Y	A	M	G	V	D	A	W	S	L	A	N	H	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	R	Q	V	Q	G	F	E	I	N	G	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	L	L	E	N	P	N	F	K	K	V	C	T	G	N	E	S	L	E	E	N	Y	V	Q	D	S	K	M	G	F	V	I	N	A	I	Y	A	M	A	H	G	L	Q	N	M	H	H	A	L	C	P	G	H	V	G	L	C	D	A	M	K	P	I	D	G	R	K	L	L	D	F	L	I	K	S	S	F	V	G	V
Template Known Secondary structure			T	T			T	T			S	B			S				T	T	T	T					T	T																							S	T	T		S	S			G	G	G	S	S												T						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		649	650		.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670				.	.			.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.																					.	.	.			.	.
Query SS confidence				.																					.	.	.			.	.
Query Sequence		T	G	.	S	L	T	A	N	P	D	C	V	I	N	R	N	L	S	W	L	Q	Y	Q	.	.	.	Q	G	.	.	Q	V	V	P	V
Query Conservation				.																					.	.	.			.	.
Alig confidence				.																					.	.	.			.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	E	E	V	W	F	D	E	K	G	D	A	P	G	R	Y	D	I	M	N	L	Q	Y	T	E	A	N	R	Y	D	Y	V	H	V
Template Known Secondary structure		T	S							T	T	S															S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.