Job Description P45464 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:41 GMT 2012 Rank 25 Aligned Residues 334 % Identity 16% Template c3sm9A_ PDB info PDB header:signaling protein Chain: A: PDB Molecule:metabotropic glutamate receptor 3; PDBTitle: crystal structure of metabotropic glutamate receptor 3 precursor in2 presence of ly341495 antagonist Resolution 2.26 Å

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		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.										.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.		.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Query Sequence		K	A	F	K	P	A	S	T	N	K	I	A	L	L	L	P	L	N	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	V	F	G	R	T	I	Q	Q	G	F	E	A	A	K	N	I	G	T	Q	P	V	A	A	Q	.	V	A	A	A	P	A	A	D	V	A	E	Q	P	Q	P	Q	T	V	D	G	V	A	S	P
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	I	K	I	E	G	D	L	V	L	G	G	L	F	P	I	N	E	K	G	T	T	E	E	C	G	R	I	N	E	D	R	G	I	Q	R	L	E	A	M	L	F	A	I	D	E	I	N	K	D	D	Y	L	L	P	G	V	K	L	G	V	H	I	L	D	T	C	S	R	D	T	Y	A	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S																	S						T	T	T	T																		S	S	S	S	T	T											T	T						.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		A	Q	A	S	V	S	D	L	T	G	E	Q	P	A	A	Q	P	V	P	V	S	A	P	A	T	S	T	A	A	V	S	A	P	A	N	P	S	A	E	L	K	I	Y	D	T	S	S	Q	P	L	S	Q	I	L	S	Q	V	Q	Q	D	G	A	S	I	.	V	V	G	P	L	L	K	N	N	V	E	E	L	L	K
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	Q	S	L	E	F	V	R	A	S	L	L	I	A	G	V	I	G	G	S	Y	S	S	V	S	I	Q	V	A	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T											S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																			81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
				398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.					.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.																	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	S	N	T	P	L	N	V	L	A	L	N	Q	P	E	N	I	.	.	.	.	E	N	R	V	N	I	C	Y	F	A	L	S	P	E	D	E	A	R	D	A	A	R	H	I	R	D	Q	G	K	Q	A	P	L	V	L	I	P	R	S	S	L	G	D	R	V	A	N	A	F	A	Q	E	W	Q	K	L	G	G
Query Conservation		.	.																	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	R	L	F	Q	I	P	Q	I	S	Y	A	S	T	S	A	K	L	S	D	K	S	R	Y	D	Y	F	A	R	T	V	P	P	D	F	Y	Q	A	K	A	M	A	E	I	L	R	F	F	N	W	T	Y	V	S	T	V	A	S	E	G	D	Y	G	E	T	G	I	E	A	F	E	Q	E	A	R	L	R	N	I
Template Known Secondary structure				G	G	G	T						S	S				G	G	G	G		T	T	T	T	T	T				S	S			T														T	T										S	S																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.		.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		G	T	V	L	Q	Q	K	F	G	S	T	.	S	E	L	R	A	G	V	N	G	G	S	G	I	A	L	T	G	S	P	I	T	L	R	A	T	T	D	S	G	M	T	T	N	N	P	T	L	Q	T	T	P	T	D	D	Q	F	T	N	N	G	G	R	V	D	A	V	Y	I	V	A	T	P	G	E	I	A	F	I
Query Conservation													.
Alig confidence													.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	I	A	T	A	E	K	V	G	R	I	R	K	S	Y	D	S	V	I	R	E	L	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	N	A	R	V	V	V	L	F	M	R	S	D	D	S	R	E	L
Template Known Secondary structure																									T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.		.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.																.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query SS confidence																								.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Query Sequence		K	P	M	I	A	M	R	N	G	S	Q	S	G	A	T	L	Y	A	S	S	R	S	.	A	Q	G	T	A	G	P	D	F	R	L	E	M	E	G	L	Q	Y	S	E	I	P	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	G	N	L	P	L	M	Q	Q	A	L	S	A	V	N	N	.
Query Conservation																								.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Alig confidence		.	.	.																				.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation		.	.	.
Template Sequence		.	.	.	I	A	A	A	S	R	A	N	A	S	F	T	W	V	A	S	D	G	W	G	A	Q	E	S	I	I	K	G	S	E	H	V	A	Y	G	A	I	T	L	E	L	A	S	Q	P	V	R	Q	F	D	R	Y	F	Q	S	L	N	P	Y	N	N	H	R	N	P	W	F	R	D	F	W	E	Q	K	F	Q	C
Template Known Secondary structure		.	.	.							T	T									T	T	T	T	T						T	T		T	T	T	T	T	T																				T			T	T	T		T	T		T	T										T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.
Template SS confidence
					260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
																				614	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.																											.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	S	L	A	R	M	Y	A	M	G	V	D	A	W	S	L	A	N	H	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	M	R	Q	V	Q	G	F	E	I	N	G	N	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	Q	N	H	R	R	V	C	D	K	H	L	A	I	D	S	S	N	Y	E	Q	E	S	K	I	M	F	V	V	N	A	V	Y	A	M	A	H	A	L	H	K	M	Q	R	T	L	C	P	N	T	T	K	L	C	D	A	M	K	I	L	D	G	K	K	L	Y	K	D	Y	L	L	K	I	N	F	T	A	P	F
Template Known Secondary structure		B					S		B			T	T					T	T	T					T	T																							S	T	T		S	S							S										T	G	G	G						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
		650	.			.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.																				.	.
Query SS confidence				.	.																				.	.
Query Sequence		G	S	.	.	L	T	A	N	P	D	C	V	I	N	R	N	L	S	W	L	Q	Y	Q	.	.	Q	G	Q	V	V	P	V
Query Conservation				.	.																				.	.
Alig confidence				.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	D	S	I	V	K	F	D	T	F	G	D	G	M	G	R	Y	N	V	F	N	F	Q	N	V	G	G	K	Y	S	Y	L
Template Known Secondary structure										T	T		B													S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.