Job Description P45464 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:02:41 GMT 2012 Rank 13 Aligned Residues 327 % Identity 13% Template c3h5lB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:putative branched-chain amino acid abc PDBTitle: crystal structure of a putative branched-chain amino acid2 abc transporter from silicibacter pomeroyi Resolution 1.70 Å

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		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	K	P	A	S	T	N	K	I	A	L	L	L	P	L	N	G	Q	A	A	V	F	G	R	T	I	Q	Q	G	F	E	A	A	K	N	I	G	T	Q	P	V	A	A	Q	V	A	A	A	P	A	A	D	V	A	E	Q	P	Q	P	Q	T	V	D	G	V	A	S	P	A	Q	A	S	V	S	D	L	T	G	E
Query Conservation
Alig confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	A	Q	S	S	D	P	V	V	I	G	C	P	A	P	L	T	G	I	V	A	A	D	G	I	E	F	Q	R	G	I	Q	M	A	A	D	E	I	N	A	V	G	G	I	L	G	R	P	I	E	L	V	F	A	D	T	Q	S	K	G	V	D	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						S	S											S	S	T	T																					T	T	T	B	T	T	B										T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.
Query SS confidence																																																																						.	.
Query Sequence		Q	P	A	A	Q	P	V	P	V	S	A	P	A	T	S	T	A	A	V	S	A	P	A	N	P	S	A	E	L	K	I	Y	D	T	S	S	Q	P	L	S	Q	I	L	S	Q	V	Q	Q	D	G	A	S	I	V	V	G	P	L	L	K	N	N	V	E	E	L	L	K	.	.	S	N	T	P	L	N	V	L	A	L
Query Conservation																																																																						.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	Q	S	A	Q	R	L	I	D	R	D	N	A	S	A	L	I	A	G	Y	N	L	E	N	G	T	A	L	H	D	V	A	A	D	A	G	V	I	A	M	H	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T			S					S			S	S		S											T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																								100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		408	.	410									.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.									.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	I	E	N	R	V	N	I	C	Y	F	A	L	S	P	E	D	E	A	R	D	A	A	R	H	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	G	K	Q	A	P	L	V	L	I	P	R	S	S	L	G	D	R	V	A	N	A	F	A	Q	E	W	Q	K	L	G	G
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	T	V	A	V	H	D	E	M	V	K	S	D	P	D	R	Y	W	G	T	F	Q	Y	D	P	P	E	T	L	Y	G	G	G	F	L	K	F	L	K	D	I	E	D	N	G	E	F	S	R	P	N	N	K	I	A	I	I	T	G	P	G	I	Y	S	V	N	I	A	N	A	I	R	D	G	A	G	E	Y	G	Y
Template Known Secondary structure															T	T	T		T	T				S	S			T																	T	T	S				S	S	S								S	S														G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.		.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		G	T	V	L	Q	Q	K	F	G	S	T	.	S	E	L	R	A	G	V	N	G	G	S	G	I	A	L	T	G	S	P	I	T	L	R	A	T	T	D	S	G	M	T	T	N	N	P	T	L	Q	T	T	P	T	D	D	Q	F	T	N	N	G	G	R	V	D	A	V	Y	I	V	A	T	P	G	E	I	A	F	I
Query Conservation													.
Alig confidence													.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	S	L	F	E	T	V	A	I	P	V	S	D	W	G	P	T	L	A	K	L	R	A	D	P	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	I	V	V	T	H	F	Y	P	Q	D	Q	A	L
Template Known Secondary structure											S	S		S												S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.				620	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.
Query Sequence		K	P	M	I	A	M	R	N	G	S	Q	S	G	A	T	L	Y	A	S	S	R	S	A	Q	G	T	A	G	P	D	F	R	L	E	M	E	G	L	Q	Y	S	E	I	P	M	L	A	G	G	N	L	P	L	M	Q	Q	A	L	S	A	V	N	N	D	Y	S	L	A	R	.	.	.	M	Y	A	M	G	V	D	A
Query Conservation																																																																							.	.	.
Alig confidence		.	.																																									.	.																										.	.	.
Template Conservation		.	.																																									.	.
Template Sequence		.	.	F	M	N	Q	F	M	T	D	P	T	N	S	L	V	Y	L	Q	Y	G	A	S	L	A	A	F	R	D	I	A	G	D	N	S	V	G	V	T	Y	A	T	.	.	V	L	G	T	L	Q	D	E	M	G	D	A	F	A	K	A	Y	K	E	R	Y	G	D	L	S	S	T	A	S	G	C	Q	T	Y	S	A
Template Known Secondary structure		.	.						T	T	S			S							S	G	G	G	S								G	G	G	G	T	T						.	.	S	S				S	S																T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																									.	.
Template SS confidence
				264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.			.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		628	.	630	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.														.	.	.	.	.	670	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	S	L	A	N	H	F	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	R	Q	V	Q	G	F	E	I	N	G	N	T	G	S	L	T	A	N	P	D	C	V	I	N	R	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	W	L	Q	Y	Q	Q	G
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	A	Y	S	I	A	A	A	L	A	G	G	P	G	A	P	Y	D	D	V	Q	N	K	A	V	A	D	R	L	R	S	L	I	F	R	G	P	V	G	T	M	R	F	H	A	D	T	Q	S	A	W	S	Y	P	T	E	T	N	D	P	S	L	G	M	P	H	I	F	S	Q	I	F	D	K
Template Known Secondary structure												T	T	S				T	T																				T	T					B		T	T	T		B	B				T	T	T		S		T	T	S	S									S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.