Job Description P52697 Confidence 99.75% Date Thu Jan 5 12:06:01 GMT 2012 Rank 49 Aligned Residues 313 % Identity 9% Template c1pi6A_ PDB info PDB header:protein binding Chain: A: PDB Molecule:actin interacting protein 1; PDBTitle: yeast actin interacting protein 1 (aip1), orthorhombic crystal form Resolution 2.50 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.							.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.		.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.																							.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.																							.
Query Sequence		T	V	Y	I	A	S	P	E	S	Q	Q	I	H	V	W	N	L	N	H	E	G	A	L	T	L	T	Q	V	V	.	.	.	.	.	.	D	V	P	G	Q	V	Q	P	M	V	V	S	P	D	K	R	Y	L	Y	V	G	V	.	R	P	E	F	R	V	L	A	Y	R	I	A	P	D	D	G	A	L	T	F	A	A
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.																							.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.																							.																						.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		Q	Y	L	C	S	G	D	E	S	G	K	V	I	V	W	G	W	T	F	D	K	E	S	N	S	V	E	V	N	V	K	S	E	F	Q	V	L	A	G	P	I	S	D	I	S	W	D	F	E	G	R	R	L	C	V	V	G	E	G	R	D	N	F	G	V	F	I	S	W	D	S	G	N	S	L	G	E	V	S	.
Template Known Secondary structure									T	T	S											T	T	T	T														S	S									T	T	S										S	S		S						S	S	S			B		B				.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		77	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.		.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.
Query SS confidence																																																																.
Query Sequence		E	S	A	L	P	G	S	P	T	H	I	S	T	D	H	Q	G	Q	F	V	F	V	G	S	Y	N	A	G	N	V	S	V	T	R	L	E	D	G	L	P	V	G	V	V	D	V	V	E	G	L	D	G	C	H	S	A	N	I	S	P	D	N	.	R	T	L	W	V	P	A	L	K	Q	D	R	I	C	L	F	T
Query Conservation																																																																.
Alig confidence		.	.																																																													.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	G	H	S	Q	R	I	N	A	C	H	L	K	Q	S	R	P	M	R	S	M	T	V	G	D	D	G	S	V	V	F	Y	Q	G	P	P	F	K	F	S	A	S	D	R	T	H	H	K	Q	G	S	F	V	R	D	V	E	F	S	P	D	S	G	E	F	V	I	T	V	G	S	D	R	K	I	S	C	F	D
Template Known Secondary structure		.	.	S		S	S									S	S	S	S								B	T	T							T	T	T	B								S	S	S		T	T		B								S	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	S	D	D	G	H	L	V	A	Q	D	P	A	E	V	T	T	V	E	G	A	G	P	R	H	M	V	F	H	P	N	E	Q	Y	A	Y	C	V	N	E	L	N	S	S	V	D	V	W	E	L	K	D	P	H	G	N	I	E	C	V	Q	T	L	D	M	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.
Template Sequence		G	K	S	G	E	F	L	K	Y	I	E	D	D	Q	E	P	V	Q	G	G	I	.	.	.	.	F	A	L	S	W	L	D	S	Q	K	F	A	T	V	G	A	D	A	T	I	R	V	W	D	V	T	T	S	K	C	V	Q	K	W	T	L	D	K	Q	Q	L	G	N	Q	Q	V	G	V	V	A	T	G	N	G	R
Template Known Secondary structure		T	T	T										T	T					S			.	.	.	.						S	S	S	S							T	T	T							T	T	T	T										T	T	S	G	G	G										T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.
Template SS confidence
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.					.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	I	S	L	S	L	D	G	T	L	N	F	Y	E	L	G	H	D	E	V	L	K	T	I	S	G	H	N	K	G	I	T	A	L	T	V	N	P	L	I	S	G	S	Y	D	G	R	I	M	E	W	S	S	S	S	M	H	Q	D	H	S	N	L	I	V	S	L	D	N	S	K	A	Q	E	Y	S	S	I	S	W
Template Known Secondary structure							T	T	S							T	T												S	S							T	T	T	T					T	T	S					T	T	T	T								S									S	T	T							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	D	T	L	K	V	N	G	I	T	K	H	E	F	G	S	Q	P	K	V	A	S	A	N	N	D	G	F	T	A	V	L	T	N	D	D	D	L	L	I	L	Q	S	F	T	G	D	I	I	K	S	V	R	L	N	S	P	G	S	A	V	S	L	S	Q	N	Y	V	A	V	G	L	E	E	G	N	T	I	Q	V
Template Known Secondary structure		T	S					T	T							S	S									S	S	S							T	T	S							T	T	T										S	S									S	S							T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
												222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.					.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	N	F	S	D	T	R	W	A	A	D	I	H	I	T	P	D	G	R	H	L	Y	A	C	D	R	T	A	S	L	I	T	V	F	S	V	S	E	D	G	S	V	L	S	K	E	G	F	Q	P	T	E	T	Q	P	R	G	F	N	V	D	H	.	.	.	.	S	G	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.															.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																																		.															.	.
Template Sequence		F	K	L	S	D	L	E	V	S	F	D	L	K	T	P	L	R	A	K	P	S	Y	I	S	I	S	P	S	E	T	Y	I	.	A	A	G	D	V	M	G	K	I	L	L	Y	D	L	.	.	Q	S	R	E	V	K	T	S	R	W	A	F	R	T	S	K	I	N	A	I	S	W	K	P	A	E	E	I	E	E	D
Template Known Secondary structure				T	T									S	S			S	S	S								T	T	S	S			.					T	T	S							T	.	.	T	T	T							S				S	S
Template Predicted Secondary structure																																		.															.	.
Template SS confidence
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.		.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.			.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.		.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		Y	L	I	A	A	G	Q	K	S	H	H	I	S	V	Y	E	I	V	G	E	Q	G	L	L	H	E	K	G	R	Y	A	V	G	Q	G	P	M	.	W	V	V	V	N	A
Query Conservation																																							.
Alig confidence										.													.	.	.														.
Template Conservation										.													.	.	.
Template Sequence		L	V	A	T	G	S	L	D	.	T	N	I	F	I	Y	S	V	K	R	P	M	.	.	.	K	I	I	K	A	L	N	A	H	K	D	G	V	N	N	L	L	W	E	T
Template Known Secondary structure								T	T	.	S							S	S		T	T	.	.	.						S	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure										.													.	.	.
Template SS confidence
		555	.	.	.	.	560	.	.		.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.				.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.