Job Description P0A7B1 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:05:15 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 640 % Identity 38% Template c2o8rA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:polyphosphate kinase; PDBTitle: crystal structure of polyphosphate kinase from2 porphyromonas gingivalis Resolution 2.70 Å

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		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	K	L	Y	I	E	K	E	L	S	W	L	S	F	N	E	R	V	L	Q	E	A	A	D	K	S	N	P	L	I	E	R	M	R	F	L	G	I	Y	S	N	N	L	D	E	F	Y	K	V	R	F	A	E	L	K	R	R	I	I	I	S	E	E	Q	G	S	N	S	H	S	R	H	L	L	G	K	I	Q	S
Query Conservation
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	Y	P	F	F	R	R	D	X	S	W	L	S	F	N	E	R	V	L	X	E	A	A	D	R	T	L	P	V	Y	D	R	I	K	F	L	S	I	F	S	S	N	L	E	E	F	Y	T	V	R	V	A	Y	H	Q	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	K	H	I	L	Q	A	I	R	E
Template Known Secondary structure																											T	T	S																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.												.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.		.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		R	V	L	K	A	D	Q	E	F	D	G	L	.	Y	N	E	L	L	L	E	M	A	R	N	Q	I	F	L	I	N	E	R	Q	L	S	V	N	Q	Q	N	W	L	R	H	Y	F	K	Q	Y	L	R	Q	H	I	T	P	I	L	I	N	P	D	T	D	L	V	Q	F	L	K	D	D	Y	T	Y	L	A	V	E	I
Query Conservation														.
Alig confidence														.																																																					.
Template Conservation																																																																			.
Template Sequence		T	V	I	R	Q	D	E	L	Y	Y	R	I	F	Y	D	Q	I	L	P	T	L	E	E	H	G	I	R	L	R	T	H	A	P	T	H	P	D	H	K	A	Y	L	R	R	F	F	H	E	E	I	F	P	L	L	Y	P	X	L	L	L	P	S	K	V	R	.	T	F	I	R	S	G	R	V	Y	L	A	V	R	L
Template Known Secondary structure																	T								T	T					S	S																		T	T	G	G	G								T	T	T	S		.					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.		.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.				.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.
Query Sequence		I	R	G	D	T	I	.	.	.	R	Y	A	L	L	E	I	P	S	D	K	V	P	R	F	V	N	L	P	P	E	A	P	R	R	R	K	P	M	I	L	L	D	N	I	L	R	Y	C	L	D	D	I	F	K	G	F	F	D	Y	D	A	L	N	A	Y	S	M	K	M	T	R	D	A	E	Y	D	L	V	H	E
Query Conservation								.	.	.
Alig confidence								.	.	.																																															.	.	.																						.
Template Conservation																																																									.	.	.																						.
Template Sequence		K	E	K	E	T	D	E	A	Y	S	Y	A	L	L	N	V	P	T	D	G	L	P	R	F	V	E	L	P	R	L	Q	T	D	T	F	Y	Y	Y	S	F	L	E	D	I	I	K	E	H	L	D	V	V	F	P	G	.	.	.	Y	E	V	X	D	S	Y	S	I	K	V	S	R	D	A	D	L	L	L	D	A	.
Template Known Secondary structure				S	S			S											T	T	T	S		S								T	T		S													T	T						T	T	.	.	.	S													S	S	S						.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.																						.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.				.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	E	A	S	L	M	E	L	M	S	S	S	L	K	Q	R	L	T	A	E	P	V	R	F	V	Y	Q	R	D	M	P	N	A	L	V	E	V	L	R	E	K	L	T	I	S	R	Y	D	S	I	V	P	G	G	R	Y	H	N	F	K	D	F	I	N	F	P	N	V	G	K	A	N	L	V	N	K	P	L	P	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	R	F	X	Y	D	G	R	X	P	D	E	V	L	R	Y	I	C	S	S	C	D	I	D	P	E	E	A	I	R	S	G	N	Y	V	.	N	L	Q	D	L	A	X	L	P	N	P	F	A	P	R	L	E	T	L	T	P	E	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T										T	T	T	T				T	T	T						S	S		.		G	G	G	G	G	G				S	S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template SS confidence
																						264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		319	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	H	I	W	F	D	K	A	Q	F	R	N	G	F	D	A	I	R	E	R	D	V	L	L	Y	Y	P	Y	H	T	F	E	H	V	L	E	L	L	R	Q	A	S	F	D	P	S	V	L	A	I	K	I	N	I	Y	R	V	A	K	D	S	R	I	I	D	S	M	I	H	A	A	H	N	G	K	K	V	T	V
Query Conservation
Alig confidence												.	.
Template Conservation												.	.
Template Sequence		L	L	S	K	H	L	E	Q	A	P	.	.	S	L	X	E	G	I	R	R	K	D	Y	L	I	H	V	P	Y	Y	T	Y	D	Y	V	V	R	L	L	X	E	A	A	I	S	P	D	V	S	E	I	R	L	T	Q	Y	R	V	A	E	N	S	S	I	I	S	A	L	E	A	A	A	Q	S	G	K	K	V	S	V
Template Known Secondary structure		B							T	S	S	.	.	S															T	T	B		S												T		T	T									S				S														T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.
Template SS confidence
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.			.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.			.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.
Query SS confidence																																																				.	.
Query Sequence		V	V	E	L	Q	A	R	F	D	E	E	A	N	I	H	W	A	K	R	L	T	E	A	G	V	H	V	I	F	S	A	P	G	L	K	I	H	A	K	L	F	L	I	S	R	K	E	N	G	E	.	.	V	V	R	Y	A	H	I	G	T	G	N	F	N	E	K	T	A	R	L	Y	T	D	Y	S	L	L	T	A
Query Conservation																																																				.	.
Alig confidence										.	.	.	.																																							.	.
Template Conservation										.	.	.	.
Template Sequence		F	V	E	L	K	A	R	F	.	.	.	.	N	L	R	L	S	E	R	X	R	R	S	G	I	R	I	V	Y	S	X	P	G	L	K	V	H	A	K	T	A	L	I	L	Y	H	T	P	A	G	E	R	P	Q	G	I	A	L	L	S	T	G	N	F	N	E	T	T	A	R	I	Y	S	D	T	T	L	X	T	A
Template Known Secondary structure							S			.	.	.	.												T								T	T			B													S	S	S										S	S		S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.					.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	A	R	I	T	N	E	V	R	R	V	F	N	F	I	E	N	P	Y	R	P	V	T	F	D	Y	L	M	V	S	P	Q	N	S	R	R	L	L	Y	E	M	V	D	R	E	I	A	N	A	Q	Q	G	L	P	S	G	I	T	L	K	L	N	N	L	V	D	K	G	L	V	D	R	L	Y	A	A	S	S	S	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	T	D	I	V	H	D	V	Y	R	L	F	R	I	L	D	G	D	P	E	P	A	R	F	S	R	L	L	V	A	R	Y	N	X	G	E	A	I	T	N	L	I	E	R	E	I	E	N	V	K	R	G	K	R	G	Y	X	L	L	K	X	N	G	L	Q	D	K	N	V	I	T	Q	L	Y	R	A	S	E	A	G
Template Known Secondary structure																	T	T					S			S	S				T	T	T	T																		T	T										S		B															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
		557	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	P	V	N	L	L	V	R	G	M	C	S	L	I	P	N	L	E	G	I	S	D	N	I	R	A	I	S	I	V	D	R	Y	L	E	H	D	R	V	Y	I	F	E	N	G	G	D	K	K	V	Y	L	S	S	A	D	W	M	T	R	N	I	D	Y	R	I	E	V	A	T	P	L	L	D	P	R	L	K	Q	R
Query Conservation
Alig confidence																					.
Template Conservation																					.
Template Sequence		V	E	I	D	L	I	V	R	G	I	C	C	L	V	P	D	X	P	Q	.	S	R	N	I	R	V	T	R	L	V	D	X	Y	L	E	H	S	R	I	W	C	F	H	N	G	G	K	E	E	V	F	I	S	S	A	D	W	X	K	R	N	L	Y	N	R	I	E	T	A	C	P	V	L	D	P	T	L	R	R	E
Template Known Secondary structure									S	S		B		S			S	S	G	G	.	G	T	T								S	S	S											G	G	G	S							S			B							T	S	B								S
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		561	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		637	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	D	I	I	D	I	L	F	S	D	T	V	K	A	R	Y	I	D	K	E	L	S	N	R	Y	V	P	R	G	N	R	R	K	V	R	A	Q	L	A	I	Y	D	Y	I	K	S	L	E	Q
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	I	D	I	L	E	I	Q	L	R	D	N	I	K	A	C	R	I	D	S	S	L	N	N	I	Y	K	H	N	S	D	E	K	P	V	R	A	Q	A	A	I	Y	R	Y	L	K	G	K	E	E
Template Known Secondary structure														S	S						T	T									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.