Job Description P46883 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:04:33 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 604 % Identity 22% Template c1n9eA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:lysyl oxidase; PDBTitle: crystal structure of pichia pastoris lysyl oxidase pplo Resolution 1.65 Å

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		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.								.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	H	P	L	N	A	L	T	A	D	E	I	K	Q	A	V	E	I	V	K	A	S	A	D	F	K	P	N	T	.	.	.	.	.	.	.	R	F	T	E	I	S	L	L	P	P	D	K	E	A	V	W	A	F	A	L	E	N	K	P	V	D	Q	P	R	K	A	D	V	I	M	L	D	G	K	H	I	I	E
Query Conservation																																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.																									.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		K	T	N	I	W	T	S	L	A	K	E	E	V	Q	E	V	L	D	L	L	H	S	T	Y	N	I	T	E	V	T	K	A	D	F	F	S	N	Y	V	L	W	I	E	T	L	K	P	N	K	T	E	A	L	T	Y	L	D	E	D	G	D	.	L	P	P	R	N	A	R	T	V	V	Y	F	G	E	G	E	E	G
Template Known Secondary structure		S			T	T																			S					G	G	G			T	T	S																						S				.														S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
		195	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.				.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query Sequence		A	V	V	D	L	Q	N	N	K	L	L	S	W	Q	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	D	A	H	G	M	V	L	L	D	D	F	A	S	V	Q	N	I	I	N	N	.	.	.	S	E	E	F	A	A	A	V	K	K	R	G	I	T	D	A	K	K	V	I	T	T	P	L
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	F	E	E	L	K	V	G	P	L	P	V	S	D	E	T	T	I	E	P	L	S	F	Y	N	T	N	G	K	S	K	L	P	F	E	V	G	H	L	D	R	I	K	S	A	A	K	S	S	F	L	N	K	N	L	N	T	T	I	M	R	D	V	L	E	G	L	I	G	V	P	Y	E	D	M	G	C	H	S	A
Template Known Secondary structure										S	S	S			T	T								T	T		T	T			S				G	G	G																				T	S												S	S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
		256	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									310	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	V	G	Y	F	D	G	K	D	G	L	K	Q	D	A	R	L	L	K	V	I	S	Y	L	D	V	G	D	G	N	Y	W	A	H	P	I	E	N	L	V	A	V	V	D	L	E	Q	K	K	I	V	K	I	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																										.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.																										.
Template Sequence		A	P	Q	L	H	D	P	.	.	.	.	A	T	G	A	T	V	D	Y	G	T	C	N	I	N	T	E	N	D	A	E	N	L	V	P	T	.	G	F	F	F	K	F	D	M	T	G	R	D	V	S	Q	W	K	M	L	E	Y	I	Y	N	N	K	V	Y	T	S	A	E	E	L	Y	E	A	M	Q	K	D	D	F
Template Known Secondary structure		S	S					T	.	.	.	.	T	T														S	S	S		G	G	G				.										S	S		G	G	G									T	T				S	S										S	T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.																										.
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.					.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.									.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350			.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		P	V	V	P	V	P	M	T	A	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	G	R	D	R	V	A	P	A	V	K	P	M	Q	I	I	E	P	E	G	K	N	Y	T	I	T	G	.	.	D	M	I	H	W	R	N	W	D	F	H	L	S	M	N	S	R	V	G	P	M	I	S	T	V	T	Y	N	D	N	G
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.																														.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		V	T	L	P	K	I	D	V	D	N	L	D	W	T	V	I	Q	R	N	D	S	A	P	I	R	H	L	D	D	R	K	S	P	R	L	V	E	P	E	G	R	R	W	A	Y	D	G	E	E	E	Y	F	S	W	M	D	W	G	F	Y	T	S	W	S	R	D	T	G	I	S	F	Y	D	I	T	F	K	G	.	.
Template Known Secondary structure									T	T			G	G	G			S			T	T					T	T	T	T	S								T	T								T	T	T	T					T	T									T	T	T										T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	K	R	K	V	M	Y	E	G	S	L	G	G	M	I	V	P	Y	G	D	P	D	I	G	W	Y	F	K	A	Y	L	D	S	G	D	Y	G	M	G	T	L	T	S	P	I	A	R	G	K	D	A	P	S	N	A	V	L	L	N	E	T	I	A	D	Y	T	G	V	P	M	E	I	P	R	A	I	A	V	F	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.																				.																		.																										.
Template Conservation		.	.																				.																		.																										.
Template Sequence		.	.	E	R	I	V	Y	E	L	S	L	Q	E	L	I	A	E	Y	G	S	D	.	D	P	F	N	Q	H	T	F	Y	S	D	I	S	Y	G	V	G	.	N	R	F	S	L	V	P	G	Y	D	C	P	A	T	A	G	Y	F	T	T	D	T	F	E	Y	.	D	E	F	Y	N	R	T	L	S	Y	C	V	F	E
Template Known Secondary structure		.	.																			S	.	S	T	T	G	G	G										S	S	.	S	S					B	T	T	T	B		T	T											T	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																				.																		.																										.
Template SS confidence
				369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.		.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.		.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		462	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		R	Y	A	G	P	.	E	Y	K	H	Q	E	M	G	Q	P	N	V	S	T	E	R	R	E	L	V	V	R	W	I	S	T	V	G	N	Y	D	Y	I	F	D	W	I	F	H	E	N	G	T	I	G	I	D	A	G	A	T	G	I	E	A	V	K	G	V	K	A	K	T	M	H	D	E	T	A	K	D	D	T	R
Query Conservation							.
Alig confidence							.								.																						.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.																						.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	Q	E	D	Y	S	L	L	R	H	T	G	A	.	S	Y	S	A	I	T	Q	N	P	T	L	N	V	R	F	I	S	T	I	G	N	.	D	Y	N	F	L	Y	K	F	F	L	D	G	T	L	E	V	S	V	R	A	A	G	Y	I	Q	A	G	Y	W	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	S	A	P
Template Known Secondary structure					S	S		S						T	.	T																					.										T	T	S										B									T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	G	G
Template Predicted Secondary structure															.																						.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.		.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.		.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.									.	510	.	.	.
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.				.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.			.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.																												.	.
Query SS confidence																																														.	.	.																												.	.
Query Sequence		Y	G	T	L	I	D	H	N	I	V	G	T	T	H	Q	H	I	Y	N	F	R	L	D	L	D	V	D	G	E	N	N	S	L	V	A	M	D	P	V	V	K	P	N	T	.	.	.	A	G	G	P	R	T	S	T	M	Q	V	N	Q	Y	N	I	G	N	E	Q	D	A	A	Q	K	F	D	.	.	P	G	T	I
Query Conservation																																														.	.	.																												.	.
Alig confidence																																														.	.	.																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	L	K	I	H	D	V	L	S	G	S	F	H	D	H	V	L	N	Y	K	V	D	L	D	V	G	G	T	K	N	R	A	S	K	Y	V	M	K	D	V	D	V	E	Y	P	W	A	P	G	T	V	Y	N	T	K	Q	I	A	R	E	V	L	E	K	E	D	F	N	G	I	N	W	P	E	N	G	Q	G	I
Template Known Secondary structure		G						T	T																		T	T	S	S																	T	T	S	T	T															B			T	T		B				G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.
		616	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660		.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.
Query SS confidence																																															.
Query Sequence		R	L	L	S	N	P	N	K	E	N	R	M	G	N	P	V	S	Y	Q	I	I	P	Y	A	G	G	T	H	P	V	A	K	G	A	Q	F	A	P	D	E	W	I	Y	H	R	.	L	S	F	M	D	K	Q	L	W	V	T	R	Y	H	P	G	E	R	F	P	E	G	K	Y	P	N	R	S	T	H	D	T	G	L
Query Conservation																																															.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.															.																									.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.																																								.
Template Sequence		L	L	I	E	S	A	E	E	T	N	S	F	G	N	P	R	A	Y	N	I	M	P	G	G	G	.	.	.	.	.	.	G	V	H	R	I	V	K	N	S	R	S	G	P	E	T	Q	N	W	A	R	S	N	L	F	L	T	K	H	K	D	E	E	L	R	S	S	T	A	L	.	N	T	N	A	L	Y	D	P	P
Template Known Secondary structure												T	T	S											S		.	.	.	.	.	.					S		S			T	T		S	S	T	T	G	G	G	G	S	S								T	T				S			T	T	.		T	T		S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.																																								.
Template SS confidence
		595	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.							620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.		.	660	.	.	.	.	.	.	.
		695	.	.	.	.			700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.			.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.																													.	.
Query SS confidence							.	.																													.	.
Query Sequence		G	Q	Y	S	K	.	.	D	N	E	S	L	D	N	T	D	A	V	V	W	M	T	T	G	T	T	H	V	A	R	A	E	E	W	P	.	.	I	M	P	T	E	W	V	H	T	L	L	K	P	W	N	F	F	D	E	T	P	T	L	G	A	L	K	K
Query Conservation							.	.																													.	.
Alig confidence							.	.																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	N	F	N	A	F	L	D	D	E	S	L	D	G	E	D	I	V	A	W	V	N	L	G	L	H	H	L	P	N	S	N	D	L	P	N	T	I	F	S	T	A	H	A	S	F	M	L	T	P	F	N	Y	F	D	S	E	N	S	R	D	T	T	Q	Q
Template Known Secondary structure				G	G	G	G		S			B		T	T																	G	G	G	S	S		B		S	S	S	S										S	S	S	S	S		T	T	T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.