Job Description P76473 Confidence 99.76% Date Thu Jan 5 12:23:18 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 365 % Identity 13% Template c3rceA_ PDB info PDB header:transferase/peptide Chain: A: PDB Molecule:oligosaccharide transferase to n-glycosylate proteins; PDBTitle: bacterial oligosaccharyltransferase pglb Resolution 3.40 Å

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		2	.	.	.	.		.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.																.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	V	R	Y	.	L	I	G	L	F	A	F	I	A	C	Y	Y	L	L	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	R	L	L	W	Q	P	D	E	T	R	Y	A	E	I	S	R	E	M	L	A	S	G	D	W	I	V	P	H	L	L	G	L	R	Y	F	E	K	P	I	A	G
Query Conservation							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	S	I	K	Y	T	C	I	L	I	L	I	A	F	A	F	S	V	L	C	R	L	Y	W	V	A	W	A	S	E	F	Y	E	F	F	F	N	D	Q	L	M	I	T	T	N	D	G	Y	A	F	A	E	G	A	R	D	M	I	A	G	F	H	.	.	.	.	.	.	Q	P	N	D	L	S	Y	F	G	S	S	L
Template Known Secondary structure																							T							S	S		G	G	G			T	T					S																	S			.	.	.	.	.	.		T	T	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.							.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		66	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.			.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure																.																																																					.	.
Query SS confidence																.																																																					.	.
Query Sequence		Y	W	I	N	S	I	G	Q	W	L	F	G	A	N	.	N	F	G	V	R	A	G	V	I	F	A	T	L	L	T	A	A	L	V	T	W	F	T	L	R	L	W	R	D	K	R	L	A	L	L	A	T	V	I	Y	L	S	L	F	I	V	Y	A	I	G	T	Y	.	.	A	V	L	D	P	F	I	A	F	W	L
Query Conservation																.																																																					.	.
Alig confidence																.																												.																									.	.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		S	T	L	T	Y	W	L	Y	S	I	L	P	F	S	F	E	S	I	I	L	Y	M	S	T	F	F	A	S	L	I	V	V	P	I	I	L	I	A	R	E	Y	K	.	L	T	T	Y	G	F	I	A	A	L	L	G	S	I	A	N	S	Y	Y	N	R	T	M	S	G	Y	Y	D	T	D	M	L	V	L	V	L	P
Template Known Secondary structure											S		S	S														G	G	G	G											T	T	.													T	T	S						T	S	S	T	T			S	G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.		180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																																							.
Query SS confidence																																							.
Query Sequence		V	A	G	M	C	S	F	W	L	A	M	Q	A	Q	T	W	K	G	K	S	A	G	F	L	L	L	G	I	T	C	G	M	G	V	M	T	K	.	G	F	L	A	L	A	V	P	V	L	S	V	L	P	W	V	A	T	Q	K	R	W	K	D	L	F	I	Y	G	W	L	A	V	I	S	C	V	L	T	V	L	P
Query Conservation																																							.
Alig confidence																.	.	.	.																				.
Template Conservation																.	.	.	.
Template Sequence		M	L	I	L	L	T	F	I	R	L	T	I	N	K	.	.	.	.	D	I	F	T	L	L	L	S	P	I	F	I	M	I	Y	L	W	W	Y	P	S	S	Y	S	L	N	F	A	M	I	G	L	F	G	L	Y	T	L	V	F	H	R	K	E	K	I	F	Y	L	A	I	A	L	M	I	I	A	L	S	M	L	A
Template Known Secondary structure																.	.	.	.		T																S		G	G	G																				T	T																S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.					.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		W	G	L	A	I	A	Q	R	E	P	N	F	W	H	Y	F	F	W	V	E	H	I	Q	R	F	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	A	Q	H	R	A	P	F	W	Y	Y	V	P	V	I	I	A	G	S	L	P	W	L	G	L	L	P
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	Q	Y	K	L	A	L	I	V	L	L	F	A	I	F	A	F	K	E	E	K	I	N	F	Y	M	I	W	A	L	I	F	I	S	I	S	I	L	H	L	S	G	G	A	F	M	Y	F	N	V	N	E	T	I	M	E	V	N	T	I	D	P	E	V	F	M	Q	R	I	S	S	S	V	L	V	F	I	L	S	F
Template Known Secondary structure																			S	T	T																														T	T	T	T		G	G	G														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.							.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	L	Y	T	G	W	K	N	R	K	H	S	A	T	V	Y	L	L	S	W	T	I	M	P	L	L	F	F	S	V	A	K	G	K	L	P	T	Y	I	L	S	C	F	A	S	L	A	M	L	M	A	H	Y	A	L	L	A	.	.	.	.	.	.	A	K	N	N	P	L	A	L	R	I	N	G	W	I	N	I
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.																						.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.																						.	.	.	.
Template Sequence		I	G	F	I	L	L	C	K	D	H	.	.	K	S	M	L	L	A	L	P	M	L	A	L	G	F	M	A	L	R	A	G	L	.	.	.	.	R	F	T	I	Y	A	V	P	V	M	A	L	G	F	G	Y	F	L	Y	A	F	F	N	F	L	E	K	K	Q	I	K	L	S	L	R	N	K	N	I	L	L	I	L
Template Known Secondary structure									T	T	T	.	.	S	S	G	G	G	G															G	.	.	.	.	G	G	G	G	G	G																						S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.																						.	.	.	.
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.			.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.					.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	G	V	T	G	I	I	A	T	F	V	V	S	P	W	G	P	M	N	T	P	V	W	Q	T	F	E	S	Y	K	V	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	A	F	F	S	I	S	P	A	L	M	H	I	Y	Y	Y	K	S	S	T	V	F	T	S	Y	E	A	S	I	L	N	D	L
Template Known Secondary structure																						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450