Job Description P09373 Confidence 99.46% Date Thu Jan 5 11:02:15 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 412 % Identity 16% Template c1hk8A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:anaerobic ribonucleotide-triphosphate reductase; PDBTitle: structural basis for allosteric substrate specificity2 regulation in class iii ribonucleotide reductases:3 nrdd in complex with dgtp Resolution 2.45 Å

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		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.			.	.	170	.	.	.	.	.	.	.				.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.											.	.	.
Query SS confidence																		.	.											.	.	.
Query Sequence		V	Y	T	P	D	I	L	R	C	R	K	S	G	V	L	T	.	.	G	L	P	D	A	Y	G	R	G	R	.	.	.	I	I	G	D	Y	R	R	V	A	L	Y	G	I	D	Y	L	M	K	D	K	L	A	Q	F	T	S	L	Q	A	D	L	E	N	G	V	N	L	E	Q	T	I	R	L	R	E	E	I	A	E
Query Conservation																		.	.											.	.	.
Alig confidence																		.	.											.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	V	P	S	F	I	M	K	A	H	E	S	G	I	I	H	V	H	D	I	D	Y	S	P	A	L	P	F	T	N	C	C	L	V	D	L	K	G	M	L	E	N	G	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S											T	S				T	T	T	T	T	T	T	T	S																S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		49	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	H	R	A	L	G	Q	M	K	E	M	A	A	K	Y	G	Y	D	I	S	G	P	A	T	N	A	Q	E	A	I	Q	W	T	Y	F	G	Y	L	A	A	V	K	S	Q	N	G	A	A	M	S	F	G	R	T	S	T	F	L	D	V	Y	I	E	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	N	A	Q	I	E	T	P	K	S	I	G	V	A	T	A	I	M	A	Q	I	T	A	Q	V	A	S	H	Q	Y	G	.	G	T	T	F	A	N	V	D	K	V	L	S	P	Y	V	K	R	T	Y	A	K	H	I	E	D	A	E	K	W	Q	I	A	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T							S	S																	T	T	S	S	S	.					T	T																							T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
																94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.		.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
					292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.				.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																														.	.	.												.	.
Query SS confidence		.	.	.																																																														.	.	.												.	.
Query Sequence		.	.	.	L	K	A	G	K	I	T	E	Q	E	A	Q	E	M	V	D	H	L	V	M	K	L	R	M	V	R	F	L	R	T	P	E	Y	D	E	L	F	S	G	D	P	I	W	A	T	E	S	I	G	G	M	G	L	D	G	R	T	L	V	T	K	.	.	.	N	S	F	R	F	L	N	T	L	Y	T	.	.
Query Conservation		.	.	.																																																														.	.	.												.	.
Alig confidence		.	.	.						.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.								.	.	.												.	.
Template Conservation										.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	N	Y	A	Q	S	K	.	T	E	K	D	V	Y	D	A	F	Q	A	Y	E	Y	E	V	N	T	L	F	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	Q	T	P	F	V	T	I	T	F	.	.	.	.	.	.	G	T	G	T	D	W	T	E	R	M	I	Q	K	A	I	L	K	N	R	I	K	G	L
Template Known Secondary structure										.																						T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	S									.	.	.	.	.	.					S																		B
Template Predicted Secondary structure										.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.		.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.										.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.							200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
				364	.	.	.	.	.		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.								.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
Predicted Secondary structure		.	.							.														.	.	.	.	.	.	.																													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.							.														.	.	.	.	.	.	.																													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	M	G	P	S	P	E	.	P	N	M	T	I	L	W	S	E	K	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	N	F	K	K	F	A	A	K	V	S	I	D	T	S	S	L	Q	Y	E	N	D	D	L	M	R	P	D	F	.	N	N	D	D	Y	A	I	A	C	C	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.							.														.	.	.	.	.	.	.																													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.							.														.	.	.	.	.	.	.																													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	R	D	G	I	T	P	I	F	P	K	L	V	M	F	V	E	E	G	V	N	L	Y	K	D	D	P	N	Y	D	I	K	Q	L	A	L	E	C	A	S	K	R	M	Y	P	D	I	I	S	A	K	N	N	K	A	I	T	G	S	S	V	P	V	S	P	M	G	C	R	S	F	L	S	V	W	K	D	S	T	G
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	B			S		S								T	T	T	T	S	S	T	T	S	T	T																														T		S	S					B	T	T	T	B						B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		223	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470						.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		S	P	M	I	V	G	K	Q	M	Q	F	F	G	A	R	A	N	L	A	K	T	M	L	Y	A	I	N	G	G	V	D	E	K	L	K	M	Q	V	G	P	K	S	E	P	I	K	G	D	V	.	.	.	.	.	L	N	Y	D	E	V	M	E	R	M	D	H	F	M	D	W	L	A	K	Q	Y	I	T	A	L	N
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.
Alig confidence								.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			.	.	.	.	.
Template Conservation								.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	I	L	D	G	.	R	N	N	L	G	V	V	T	L	N	L	P	R	I	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	Y	I	G	T	Q	F	N	E	Q	K	F	V	E	L	F	N	E	R	M	D	L	C	F	E	A	L	M	C	R	I	S
Template Known Secondary structure			B			T	T	.		B															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure								.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		303	.	.	.	.	.		.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.														520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	I	H	Y	M	H	D	K	Y	S	Y	E	A	S	L	M	A	L	H	D	R	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	T	M	A	C	G	I	A	G	L	S	V	A	A	D	S	L	S	A	I	K	Y	A	K	V	K	P	I	R	D	E	D	G	L	A	I	D	F	E	I	E	G	E
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	L	K	G	V	K	A	T	V	A	P	I	L	Y	Q	E	G	A	F	G	V	R	L	K	P	D	D	D	I	I	E	L	F	K	N	G	R	S	S	V	S	L	G	Y	I	G	I	H	E	L	N	I	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T	T		B	G	G	G						T	S	S	T	T	S	S				T	T	S	B	T					T	T	T	T	S																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.										.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	P	Q	F	G	N	N	D	P	R	V	D	D	L	A	V	D	L	V	E	R	F	M	K	K	I	Q	K	L	H	T	Y	R	D	A	I	P	T	Q	S	V	L	T	I	T	S	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	G	K	K	T	G	N	T	P	D	G	R	R	A	G	A	P	F	G	P	G	A
Query Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.				.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.				.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	G	R	D	.	.	.	.	.	.	I	G	R	E	I	L	T	K	M	N	A	H	L	K	Q	W	T	E	R	T	G	F	A	F	S	L	Y	S	T	P	A	E	N	L	C	Y	R	F	C	K	L	D	T	E	K	Y	G	S	V	K	D	V	T	D	K	G	.	.	.	.	.	.	W	Y	T	N	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	T	S		.	.	.	.	.	.																					S											T	T																	T	T	T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.					T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.				.	.	.	.	.	.																																																									.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						412	.	.							.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470							.	.	.	.	.
		635	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	M	H	G	R	D	Q	K	G	A	V	A	S	L	T	S	V	A	K	L	P	F	A	Y	A	K	D	G	I	S	Y	T	F	S	I	V	P	N	A	L	G	K	D	D	E	V	R	K	T	N	L	A	G	L	M	D	G	Y	F	H	H	E	A	S	I	E	G	G	Q	H	L	N	V	N
Query Conservation
Alig confidence																							.																.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.																.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	H	V	S	V	E	E	N	I	T	P	F	E	K	I	S	R	E	A	P	Y	.	H	F	I	A	T	G	G	H	I	S	Y	V	E	L	P	.	.	.	.	.	.	D	M	K	N	N	L	K	G	L	E	A	V	W	D	Y	A	A	Q	.	.	.	.	.	.	H	L	D	Y	F	G	V	N
Template Known Secondary structure		T				T	T	S															.		T	T		T	T	B									.	.	.	.	.	.			T	T															.	.	.	.	.	.			S
Template Predicted Secondary structure																							.																.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.							.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.							530	.	.	.	.	.	.	.