Job Description P24240 Confidence 98.21% Date Thu Jan 5 11:41:32 GMT 2012 Rank 124 Aligned Residues 283 % Identity 15% Template d2cyga1 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-glycanases Resolution 1.45

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		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	E	D	I	A	L	M	A	E	M	G	F	K	V	F	R	T	S	I	A	W	S	R	L	F	P	Q	G	D	E	I	T	P	N	Q	Q	G	I	A	F	Y	R	S	V	F	E	E	C	K	K	Y	G	I	E	P	L	V	T	L	C	H	F	D	V	P	M	H	L	V	T	E	Y	G	S	W	R	N	R	K	L
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	E	V	V	S	L	Y	K	S	N	N	I	A	R	M	R	L	Y	D	P	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	Q	A	L	R	N	S	N	I	Q	V	L	L	D	V	P	R	S	D	V	Q	S	L	A	S	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T							S	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	S																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		44	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.			.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																	.	.
Query SS confidence																	.	.
Query Sequence		V	E	F	F	S	R	Y	A	R	T	C	F	E	A	F	.	.	D	G	L	V	K	Y	W	L	T	F	N	E	I	N	I	M	L	H	S	P	F	S	G	A	G	L	V	F	E	E	G	E	N	Q	D	Q	V	K	Y	Q	A	A	H	H	Q	L	V	A	S	A	L	A	T	K	I	A	H	E	V	N	P	Q	N
Query Conservation																	.	.
Alig confidence																	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	S	A	A	G	D	W	I	R	R	N	V	V	A	Y	W	P	S	V	S	F	R	Y	I	A	V	G	N	E	L	I	P	G	S	D	L	A	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	L	P	A	M	R	N	I	Y	N	A	L	S	S	A	G	L	Q	N
Template Known Secondary structure		T	T										T	G	G	G	T	T	T	S										S		T	T	T	S	T	T	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G															T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	G	C	M	L	A	G	G	N	F	Y	P	Y	S	C	K	P	E	D	V	W	A	A	L	E	K	D	R	E	N	L	F	F	I	D	V	Q	A	R	G	T	Y	P	A	Y	S	A	R	V	F	R	E	K	G	V	T	I	N	K	A	P	G	D	D	E	I	L	K	N	T	V	D	F	V	S	F	S	Y	Y
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	I	K	V	S	T	A	V	D	T	G	V	L	G	T	S	Y	P	P	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	F	S	S	A	A	Q	A	Y	L	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	V	Q	F	L	A	S	N	G	A	P	L	L	V	N	V	Y
Template Known Secondary structure		T	S								G	G	G	B	S			S	S	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.											.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.			.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		A	S	R	C	A	S	A	E	M	N	A	N	N	S	S	A	A	N	V	V	K	S	L	R	N	P	Y	L	Q	V	S	D	W	G	W	G	I	D	P	L	G	L	R	I	T	M	N	M	M	Y	D	R	Y	.	.	Q	K	P	L	F	L	V	E	N	G	L	G	A	K	D	E	F	A	A	N	G	E	I	N	D
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence		.																																																					.	.																							.	.	.
Template Conservation		.																																																																													.	.	.
Template Sequence		.	P	Y	F	S	Y	T	G	N	P	G	Q	I	S	L	P	Y	A	L	F	T	A	S	G	V	V	V	Q	D	G	R	F	S	Y	Q	N	L	F	D	A	I	V	D	A	V	F	A	A	L	E	R	V	G	G	A	N	V	A	V	V	V	S	E	S	G	W	P	S	A	G	G	G	A	E	A	S	T	.	.	.
Template Known Secondary structure		.								S	T	T	T	S							T				S		S				T	T					S															T	T	T		T	T												S	S	S	S	S	T	T	S	S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																																													.	.	.
Template SS confidence
			203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.						.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.
Query Sequence		D	Y	R	I	S	Y	L	R	E	H	I	R	A	M	G	E	A	I	A	D	G	I	P	L	M	.	.	.	.	.	G	Y	T	T	W	G	C	I	D	L	V	S	A	S	T	G	E	M	S	K	R	Y	G	F	V	F	V	D	R	D	D	A	G	N	G	T	L	T	R	T	R	K
Query Conservation																											.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																						.	.	.	.	.											.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	S	N	A	Q	T	Y	N	Q	N	L	I	R	H	V	G	G	G	T	P	R	R	P	G	K	E	I	E	A	Y	I	F	E	M	F	N	E	.	N	Q	K	A	G	G	I	E	Q	N	F	G	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	N	K	Q	P	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.														G	G	G			S	S	S		S	S							S		S	B			.	T	T	S		S	S	G	G	G				S	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		B	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																					.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.											.	330	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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